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- PDB-6jwr: Crystal structure of Plasmodium falciparum HPPK-DHPS wild type wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jwr
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum HPPK-DHPS wild type with Pteroate
要素7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE / TIM barrel / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / dihydropteroate synthase activity / mitochondrial envelope / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-PH2 / PTEROIC ACID / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
Model detailsCrystal structure of Plasmodium falciparum HPPK-DHPS wild type with Pteroate
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Yuthavong, Y.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Synchrotron Light Research Institute タイ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The structure of Plasmodium falciparum hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase reveals the basis of sulfa resistance.
著者: Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Talawanich, Y. / Noytanom, K. / Liwnaree, B. / Poen, S. / Yuthavong, Y.
履歴
登録2019年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase
B: 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,99619
ポリマ－171,9152
非ポリマー2,08117
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area50740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.726, 137.006, 138.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthetase


分子量: 85957.492 Da / 分子数: 2 / 断片: HPPK-DHPS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PPPK-DHPS / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q25704

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非ポリマー , 7種, 202分子

#2: 化合物 ChemComp-PT1 / PTEROIC ACID / プテロイン酸


分子量: 312.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N6O3
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PH2 / 2-AMINO-6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDRO-3H-PTERIDIN-4-ONE / 6-ヒドロキシメチル-7,8-ジヒドロプテリン


分子量: 195.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 % / Mosaicity: 0.346 °
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M bicine buffer pH 9.0, 0.5-0.6 M Ca acetate and 20%w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 57513 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 356489
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.696.10.46153870.9350.1980.5030.95794.3
2.69-2.86.10.37756850.9540.1630.4110.97699.5
2.8-2.936.20.25756880.980.1110.280.95799.9
2.93-3.086.20.1757460.9920.0740.1860.97299.9
3.08-3.286.30.10757390.9960.0460.1170.93699.9
3.28-3.536.30.06957770.9980.0290.0750.87299.9
3.53-3.886.30.04557600.9990.0190.0490.808100
3.88-4.446.20.04358380.9980.0180.0471.11100
4.44-5.596.10.03458440.9990.0150.0370.9499.9
5.59-3060.012604910.0050.0130.76299.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JWQ

6jwq


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 8.785 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.313
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 5226 9.9 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
obs0.2154 47686 91.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 120 Å2 / Biso mean: 52.044 Å2 / Biso min: 10.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å2-0 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9052 0 139 185 9376
Biso mean--44.55 33.35 -
残基数----1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.98712603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.728326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60151081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96425.568449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.228151782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7961534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 286 -
Rwork0.229 2316 -
all-2602 -
obs--62.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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