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万見
- PDB-6kbr: Crystal structure of Human KLK4 and SPINK2 derived KLK4 inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kbr
タイトルCrystal structure of Human KLK4 and SPINK2 derived KLK4 inhibitor complex
要素
  • K41043
  • Kallikrein-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protein engineering / Cystine knot protein / Protease inhibitor / Structural analysis / PROTEIN BINDING / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biomineral tissue development / acrosome assembly / amelogenesis / endopeptidase inhibitor activity / spermatid development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / acrosomal vesicle / secretory granule ...biomineral tissue development / acrosome assembly / amelogenesis / endopeptidase inhibitor activity / spermatid development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / acrosomal vesicle / secretory granule / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine protease inhibitor Kazal-type 2 / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / : ...Serine protease inhibitor Kazal-type 2 / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease inhibitor Kazal-type 2 / Kallikrein-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kawaguchi, Y. / Nishimiya, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: A protein scaffold, engineered SPINK2, for generation of inhibitors with high affinity and specificity against target proteases.
著者: Nishimiya, D. / Kawaguchi, Y. / Kodama, S. / Nasu, H. / Yano, H. / Yamaguchi, A. / Tamura, M. / Hashimoto, R.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-4
C: K41043
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4003
ポリマ－34,3082
非ポリマー921
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.208, 41.620, 43.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-4 / Enamel matrix serine proteinase 1 / Kallikrein-like protein 1 / KLK-L1 / Prostase / Serine protease 17


分子量: 27048.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK4, EMSP1, PRSS17, PSTS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9Y5K2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 K41043 / SPINK2


分子量: 7259.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Origami vector p7308 (その他) / 参照: UniProt: P20155*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Lithium chloride, polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→72.577 Å / Num. obs: 20687 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.245 / Num. unique obs: 1283

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BDG

2bdg


解像度: 2→72.577 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 4.053 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22584 897 5 %RANDOM
Rwork0.18541 ---
obs0.18747 16901 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 10.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20.01 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→72.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 6 110 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9771.9522904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09234533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1075276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47725.05787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.18115339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.053158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0550.9521110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0540.9481109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7311.4141384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.731.4181385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7051.1511027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7051.1511027
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7041.6461521
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.9087.812415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.9077.8122416
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 72 -
Rwork0.185 1211 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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