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- PDB-6kbf: Crystal structure of plasmodium lysyl-tRNA synthetase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kbf
タイトルCrystal structure of plasmodium lysyl-tRNA synthetase in complex with a cladosporin derivative 3
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D4X / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Zhou, J. / Fang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)21778064 中国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Atomic Resolution Analyses of Isocoumarin Derivatives for Inhibition of Lysyl-tRNA Synthetase.
著者: Zhou, J. / Zheng, L. / Hei, Z. / Li, W. / Wang, J. / Yu, B. / Fang, P.
履歴
登録2019年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,97412
ポリマ－119,5622
非ポリマー1,41210
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10600 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area39050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.932, 70.822, 101.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 59781.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: PFNF54_04763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7JP72, lysine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 670分子

#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-D4X / (3~{S})-3-[[(1~{S},3~{S})-3-methylcyclohexyl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydro-2~{H}-isoquinolin-1-one


分子量: 289.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tri-sodium citrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→47.07 Å / Num. obs: 87690 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 29.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.92-1.975.31.3135919191.7
8.59-47.076.10.041034198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YCV

4ycv


解像度: 1.92→43.845 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 4255 4.86 %
Rwork0.1802 83352 -
obs0.182 87607 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.38 Å2 / Biso mean: 44.9515 Å2 / Biso min: 15.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→43.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7903 0 96 660 8659
Biso mean--39.35 47.82 -
残基数----1007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-1.98860.30184210.27827678809992
1.9886-2.06830.31254090.250684088817100
2.0683-2.16240.27414310.229683598790100
2.1624-2.27640.25694370.20983628799100
2.2764-2.4190.24864030.199184018804100
2.419-2.60580.24194260.189883918817100
2.6058-2.8680.2254220.181983718793100
2.868-3.28280.214360.176584208856100
3.2828-4.13550.18664540.157984058859100
4.1355-43.85690.18394160.15638557897399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -50.908 Å / Origin y: -8.8197 Å / Origin z: 23.3897 Å
111213212223313233
T0.2685 Å2-0.0264 Å20.0947 Å2-0.2186 Å2-0.0027 Å2--0.2575 Å2
L0.5753 °2-0.1843 °20.2809 °2-1.1801 °2-0.1825 °2--1.1873 °2
S0.0249 Å °0.0231 Å °0.0466 Å °-0.3934 Å °-0.043 Å °-0.2879 Å °0.0811 Å °0.1798 Å °-0.0154 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA79 - 582
2X-RAY DIFFRACTION1allB79 - 581
3X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 5
7X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 922
8X-RAY DIFFRACTION1allE1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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