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- PDB-6kbb: Role of the DEF/Y motif of Swc5 in histone H2A.Z deposition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kbb
タイトルRole of the DEF/Y motif of Swc5 in histone H2A.Z deposition
要素
  • Histone H2A type 1-D
  • Histone H2B type 2-E
  • SWR1-complex protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Swr1 complex / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere ...Swr1 complex / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / heterochromatin formation / Metalloprotease DUBs / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / nucleosome / nucleosome assembly / antibacterial humoral response / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
BCNT-C domain / SWR1-complex protein 5/Craniofacial development protein 1/2 / Bucentaur or craniofacial development / Bucentaur C-terminal (BCNT-C) domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site ...BCNT-C domain / SWR1-complex protein 5/Craniofacial development protein 1/2 / Bucentaur or craniofacial development / Bucentaur C-terminal (BCNT-C) domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-D / SWR1-complex protein 5 / Histone H2B type 2-E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.365 Å
データ登録者Huang, Y. / Zhou, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China) 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Role of a DEF/Y motif in histone H2A-H2B recognition and nucleosome editing.
著者: Huang, Y. / Sun, L. / Pierrakeas, L. / Dai, L. / Pan, L. / Luk, E. / Zhou, Z.
履歴
登録2019年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Histone H2A type 1-D
D: Histone H2B type 2-E
F: SWR1-complex protein 5
A: Histone H2A type 1-D
B: Histone H2B type 2-E
E: SWR1-complex protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1086
ポリマ－62,1086
非ポリマー00
水1,06359
1
C: Histone H2A type 1-D
D: Histone H2B type 2-E
F: SWR1-complex protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0543
ポリマ－31,0543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
2
A: Histone H2A type 1-D
B: Histone H2B type 2-E
E: SWR1-complex protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0543
ポリマ－31,0543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.072, 65.521, 84.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 16 through 98)
21chain C
12(chain B and resid 31 through 123)
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLYGLY(chain A and resid 16 through 98)AD16 - 986 - 88
21THRTHRGLYGLYchain CCA16 - 986 - 88
12ARGARGSERSER(chain B and resid 31 through 123)BE31 - 12310 - 102
22ARGARGSERSERchain DDB31 - 12310 - 102

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Histone H2A type 1-D / Histone H2A.3 / Histone H2A/g


分子量: 10466.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2AD, H2AFG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20671
#2: タンパク質 Histone H2B type 2-E / Histone H2B-GL105 / Histone H2B.q / H2B/q


分子量: 11645.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST2H2BE, H2BFQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16778
#3: タンパク質 SWR1-complex protein 5


分子量: 8942.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWC5, AOR1, YBR231C, YBR1529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38326
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate tribasic dihydrate, pH 5.3, 19.5% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.365→50 Å / Num. obs: 20109 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.235
反射 シェル解像度: 2.365→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.953 / Num. unique obs: 1999

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CV5

2cv5


解像度: 2.365→44.986 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 969 4.93 %
Rwork0.1876 --
obs0.1894 19642 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.14 Å2 / Biso mean: 50.6289 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.365→44.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3008 0 0 59 3067
Biso mean---45.97 -
残基数----381
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A512X-RAY DIFFRACTION8.488TORSIONAL
12C512X-RAY DIFFRACTION8.488TORSIONAL
21B566X-RAY DIFFRACTION8.488TORSIONAL
22D566X-RAY DIFFRACTION8.488TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3648-2.48950.2661190.2492164228378
2.4895-2.64540.28541420.23192688283098
2.6454-2.84960.2771330.218327432876100
2.8496-3.13630.25781510.207227582909100
3.1363-3.590.21751280.193327452873100
3.59-4.52240.19371590.154827542913100
4.5224-44.9940.20551370.171228212958100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.88910.4289-0.1835.45684.93844.54410.45250.13170.3811-0.035-1.14240.6062-1.79170.55630.74311.2839-0.0695-0.17171.123-0.28541.0442-22.661-37.837106.112
23.4427-1.1523-1.62921.27850.95953.8538-0.13280.24260.0093-0.08040.1878-0.0898-0.20390.7695-0.07220.54390.0405-0.070.4004-0.1160.4234-33.284-33.224111.296
32.0145-8.413-7.57016.02365.41854.8553-0.1946-0.3016-0.30020.00510.7954-0.22090.13381.5542-0.5170.63620.091-0.1030.6699-0.16380.454-31.909-30.058121.922
42.88980.11262.8411.95151.97226.4973-0.1315-0.0718-0.04970.59620.5331-0.36710.33020.2762-0.3560.49310.1444-0.00540.3316-0.04280.3511-37.413-48.42101.945
53.59310.9754-0.09483.09360.45756.8071-0.0391-0.314-0.08120.5796-0.02870.22320.1613-0.92810.05620.34760.0760.06720.33970.08160.2694-48.253-51.1998.117
60.8154-1.5464-1.57074.34084.90395.69480.3609-0.0025-0.1410.1554-0.1508-0.23570.22470.011-0.16960.6740.0243-0.03820.488-0.05210.5495-42.455-31.2104.608
73.25070.89150.75684.93241.89554.26640.0140.51080.3253-0.20850.2046-0.6131-0.190.7875-0.21190.28650.0570.06540.3411-0.03090.3526-36.089-43.18993.163
80.40940.3880.60791.37861.27191.1329-0.558-1.01480.58350.98880.1623-0.105-0.6317-1.25470.42060.85560.2652-0.05560.723-0.21290.4839-42.831-39.36112.95
91.43420.8109-0.64460.57840.18193.28490.0594-1.14320.43040.6560.29570.34671.14310.94450.29231.20760.2575-0.25070.93-0.19070.5786-31.436-37.731126.615
102.9063-0.8666-0.25774.13590.87813.9220.1015-0.5770.02690.8560.2537-0.89880.70840.384-0.32370.83160.3168-0.13480.6154-0.08340.3717-31.927-48.566115.082
118.17266.02743.95876.749-0.02216.21670.7608-0.0068-0.8793-0.193-0.77770.70361.03220.96840.11390.62510.18590.02970.91420.08150.7511-64.951-41.14886.604
122.11091.58132.74633.30420.27185.42220.16721.12270.2236-0.25980.29620.2335-0.368-0.056-0.4270.53250.14780.05910.36910.08990.467-49.002-38.71986.473
133.5285-3.6095-3.45373.87024.00864.9883-0.4598-1.1510.29321.22220.2692-0.3472-0.33030.60890.07810.40630.078-0.04330.49580.03050.3787-64.741-31.78589.305
143.12790.2371-0.49482.99661.39894.5777-0.2061-0.0831-0.28820.16870.0422-0.01230.23920.02550.19420.22680.00240.00850.24150.00770.2713-65.2-36.22477.66
154.0756-3.5027-3.26455.77615.50725.3181-0.3312-0.39730.32620.32890.68860.3296-0.05211.0051-0.4470.346-0.0235-0.00250.4658-0.09310.4008-54.596-39.14974.655
164.7465-1.7355-1.00061.50380.04530.4671-0.0007-0.05880.67580.18650.1097-0.2972-0.1575-0.0458-0.11220.2486-0.0049-0.00460.2-0.03880.2709-75.469-21.23677.447
175.5225-3.5286-4.99514.643.48077.9329-0.25260.226-0.67470.04020.17581.1636-0.1625-0.24230.12530.246-0.02790.07020.34280.04980.2913-92.479-21.60776.101
189.55083.6591-1.5132.84730.02422.6703-0.20580.94570.4395-0.99350.34370.3862-0.0258-0.0956-0.18530.2602-0.0097-0.01790.32050.05220.2628-85.252-17.37667.673
196.645-2.7378-1.62332.5549-2.50477.52130.20870.64430.4499-0.4543-0.6146-0.2907-0.2135-0.43440.32420.36490.0436-0.01860.35820.06430.327-75.849-18.02764.732
203.5281-2.18180.12767.6260.980.8797-0.1738-0.1785-0.32920.43360.04510.02020.1884-0.07130.07770.1721-0.02150.02190.19430.03390.2263-80.519-30.02979.572
213.5902-2.7959-0.07251.5741-0.60190.70140.07010.8001-0.4054-0.1804-0.1995-0.3170.03090.12560.19810.278-0.00760.01160.3351-0.06750.3901-64.458-30.53369.043
224.6504-1.07381.34193.769-1.08465.6834-0.1375-0.33970.84650.22460.0059-0.561-0.21410.01440.10650.2196-0.03650.00050.2445-0.09740.464-61.178-21.16177.252
232.3053-0.9366-2.07762.50861.08911.91330.0533-1.1722-0.96340.3083-0.03050.8433-0.6426-2.0967-0.17980.8087-0.19160.3921.3589-0.12221.4131-90.53-33.19179.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 17:22 )C17 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 23:38 )C23 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 39:45 )C39 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 46:73 )C46 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 74:98 )C74 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 32:38 )D32 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 39:56 )D39 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 57:84 )D57 - 84
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 85:91 )D85 - 91
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 92:123 )D92 - 123
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND RESID 15:19 )F15 - 19
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 20:31 )F20 - 31
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 16:22 )A16 - 22
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 23:38 )A23 - 38
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 39:45 )A39 - 45
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 46:73 )A46 - 73
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 74:80 )A74 - 80
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 81:89 )A81 - 89
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 90:100 )A90 - 100
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 32:56 )B32 - 56
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 57:91 )B57 - 91
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 92:124 )B92 - 124
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 26:31 )E26 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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