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万見
- PDB-6kb0: X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-5,8,11,1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kb0
タイトルX-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-5,8,11,14-eicosatetraynoic acid (ETYA) co-crystals obtained by soaking
要素Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Protein-ligand complex / PPAR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation ...regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / lipoprotein metabolic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / NFAT protein binding / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of cholesterol storage / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / epidermis development / positive regulation of lipid biosynthetic process / phosphatase binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / intracellular receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of blood pressure / lactation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / response to nutrient / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MDM2/MDM4 family protein binding / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to starvation / gluconeogenesis / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / wound healing / Heme signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / fatty acid metabolic process / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / regulation of circadian rhythm / response to insulin / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / gene expression / defense response to virus / response to ethanol / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / cell differentiation / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
icosa-5,8,11,14-tetraynoic acid / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kamata, S. / Suda, K. / Saito, K. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H05107 日本
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: PPAR alpha Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates.
著者: Kamata, S. / Oyama, T. / Saito, K. / Honda, A. / Yamamoto, Y. / Suda, K. / Ishikawa, R. / Itoh, T. / Watanabe, Y. / Shibata, T. / Uchida, K. / Suematsu, M. / Ishii, I.
履歴
登録2019年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2453
ポリマ－30,8561
非ポリマー3882
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.736, 61.725, 52.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 30856.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ITY / icosa-5,8,11,14-tetraynoic acid / 5,8,11,14-eicosatetraynoic acid


分子量: 296.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris(pH 6.5), 25 %(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→42.9 Å / Num. obs: 58620 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 12.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.019 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.35-1.373.70.1487.428290.9840.090.17494.6
7.39-42.930.01480.53740.9990.0090.01696.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.35 Å42.9 Å
Translation5.41 Å42.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1-2575-000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VI8

3vi8


解像度: 1.35→39.223 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.95
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1951 5528 4.86 %
Rwork0.1803 --
obs0.1811 58543 95.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.4855 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 28 189 2307
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.3653 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 188 -
Rwork0.2187 3526 -
obs--93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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