PDB-6kak: Crystal structure of FKRP in complex with Mg ion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kak

タイトル

Crystal structure of FKRP in complex with Mg ion

要素

Fukutin-related protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pentose metabolic process / pentitol metabolic process / creatine metabolic process / filtration diaphragm assembly / connective tissue development / connective tissue replacement / reproductive process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / localization of cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.056 Å

データ登録者

Kuwabara, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2019年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kak.cif.gz	689.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kak.ent.gz	576.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kak_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kak_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	6kak_validation.xml.gz	70.2 KB	表示
CIF形式データ	6kak_validation.cif.gz	100.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kak	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kajC 6kalC 6kamC 6kanC 6l7sC 6l7tC 6l7uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l7s-d 6kan-d 6l7u-d 6l7t-d 6kaj-d 6kam-d 6kal-d 1de4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fukutin-related protein

B: Fukutin-related protein

C: Fukutin-related protein

D: Fukutin-related protein

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.822, 119.419, 258.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase

分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H9S5

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-8% PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5), and 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.056→49.406 Å / Num. obs: 147651 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 18.68
反射シェル	解像度: 2.056→2.0794 Å / Num. unique obs: 4318

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.056→49.406 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	7466	5.06 %
R_work	0.1964	-	-
obs	0.1979	147623	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.056→49.406 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13516	0	123	943	14582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	19225
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.042	9023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2541

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.056-2.0794	0.3435	230	0.3192	4318	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0794-2.1039	0.3162	223	0.2828	4615	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1039-2.1295	0.3205	215	0.2684	4625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1295-2.1565	0.2942	238	0.252	4613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1565-2.1848	0.2902	269	0.2418	4635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1848-2.2148	0.293	265	0.2398	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2148-2.2464	0.2787	234	0.2285	4651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.2799	0.2223	246	0.2259	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2799-2.3156	0.284	248	0.2252	4635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3156-2.3535	0.2341	243	0.2169	4657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3941	0.2471	269	0.2116	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3941-2.4376	0.2526	248	0.221	4632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4376-2.4845	0.2638	262	0.2076	4657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4845-2.5352	0.2617	254	0.214	4654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5352-2.5904	0.2535	257	0.213	4645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5904-2.6506	0.2398	206	0.2134	4720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6506-2.7169	0.2614	226	0.2088	4652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7169-2.7904	0.2291	269	0.2028	4661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7904-2.8725	0.2369	278	0.1999	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8725-2.9652	0.2411	241	0.2022	4715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9652-3.0711	0.2552	269	0.2178	4690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0711-3.1941	0.261	242	0.2167	4682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1941-3.3394	0.2362	245	0.2079	4706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3394-3.5154	0.2335	246	0.2007	4697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5154-3.7356	0.2136	235	0.195	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7356-4.0239	0.2049	267	0.1727	4702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0239-4.4286	0.1855	253	0.1628	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4286-5.0689	0.1857	257	0.1541	4787	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0689-6.3841	0.2102	278	0.1866	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3841-49.406	0.1869	253	0.1724	5021	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4728	0.0835	0.1222	0.465	0.1231	0.3586	0.0025	-0.056	0.0253	-0.0011	-0.0481	0.1027	0.0378	-0.0529	0	0.1481	0.0103	0.0193	0.2133	-0.005	0.1948	-5.9904	241.7166	37.8565
2	0.4333	-0.4128	0.5203	0.949	0.0859	0.7529	-0.0313	0.0984	0.1102	0.1426	0.0129	-0.2319	0.1168	-0.007	-0	0.196	0.0382	-0.0911	0.1879	0.0149	0.2319	31.7399	245.4899	63.0255
3	0.61	0.2862	0.1008	0.883	0.3551	0.4725	0.0084	0.0375	-0.1006	-0.1116	0.0564	-0.1952	-0.0228	0.0178	-0	0.2134	0.0078	0.0581	0.1979	-0.0238	0.2387	24.3545	244.2152	18.153
4	-0.1257	0.1849	-0.4545	0.4199	0.2644	-0.0248	0.1238	-0.0417	0.0112	0.0914	-0.0689	-0.1577	0.0325	-0.0363	0	0.3083	0.0073	-0.0656	0.1989	-0.0101	0.3545	10.031	214.3848	18.4666
5	0.3669	-0.2732	0.2292	1.0235	-0.3236	0.6285	0.0331	-0.0576	-0.0771	0.013	0.0392	0.0962	0.0549	-0.0663	0	0.3061	-0.0139	-0.0532	0.1913	0.014	0.3083	-0.6734	199.4915	15.8568
6	0.2173	-0.0097	-0.1266	0.7985	-0.2591	0.3512	-0.0325	-0.0465	-0.0216	-0.0056	-0.1292	-0.1868	-0.0315	0.0456	-0	0.1188	0.0048	-0.0193	0.2364	0.0192	0.2287	43.8237	279.0711	38.6492
7	0.1519	-0.0728	-0.3525	0.7612	0.2545	0.9737	-0.0325	0.0671	-0.0247	0.1044	-0.0235	0.1232	-0.0342	-0.1107	0	0.1855	0.0369	0.0551	0.2323	-0.0367	0.1907	6.5103	275.1779	64.2795
8	0.0605	-0.1545	-0.0107	0.0553	-0.2218	0.0876	-0.0889	0.0419	0.0212	-0.0165	0.1779	0.2846	0.0467	-0.06	-0	0.2341	-0.0355	-0.0279	0.2715	0.0152	0.2408	7.6925	270.5749	24.2971
9	0.0555	0.0125	-0.0184	-0.0495	0.0335	0.0583	-0.0666	0.0116	0.0039	-0.0958	0.0441	-0.0431	-0.0143	0.0391	0	0.2247	0.0033	-0.0025	0.2351	-0.0334	0.2903	16.166	269.6738	34.0104
10	0.0363	-0.1421	-0.1513	0.0633	-0.2084	0.1245	-0.0683	0.013	-0.0291	-0.1255	0.0396	0.0117	0.0715	0.0211	-0	0.237	0.0007	-0.0351	0.2316	-0.0226	0.22	14.29	270.3446	20.0742
11	0.0706	0.0494	-0.0233	0.0411	-0.0751	0.1251	-0.2441	0.1553	0.1788	-0.6304	0.2573	0.3763	-0.0608	-0.033	0	0.4132	-0.025	-0.1445	0.3081	0.0153	0.2389	10.5722	279.3479	8.8981
12	0.0481	0.3434	-0.0382	0.0761	0.12	0.099	-0.126	0.0672	0.0474	-0.1278	0.0291	-0.004	-0.0399	-0.023	-0	0.3064	0.0126	-0.0604	0.2394	0.0276	0.2448	18.42	285.5105	13.3472
13	-0.0436	-0.177	0.0832	0.1214	-0.3482	0.0652	-0.1514	-0.1871	0.5486	-0.7457	0.3919	-0.0288	-0.3137	0.1646	-0	0.2043	0.0841	-0.2134	0.2095	0.0921	0.1498	10.0881	281.7318	15.4996
14	0.0067	0.0168	-0.074	0.0559	0.0071	-0.0701	0.1192	0.0217	0.2744	0.1938	-0.0416	0.107	-0.3182	-0.0077	0	0.3524	0.0486	0.0132	0.2721	0.0162	0.3059	11.9524	291.4932	29.8733
15	0.0483	-0.0031	-0.0189	0.5092	-0.1825	0.0671	0.1063	-0.0377	-0.0383	0.0316	-0.0577	0.0587	-0.0251	0.0184	-0	0.3658	0.0066	-0.0175	0.2612	0.0213	0.2424	28.772	302.354	22.1055
16	0.2727	-0.06	-0.2569	0.5557	-0.2883	0.6883	0.2014	-0.0604	0.0239	0.1392	-0.0925	0.0177	-0.2725	0.2373	0	0.4109	-0.1425	0.0627	0.2631	-0.031	0.2082	35.4521	322.5312	19.6404

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 289 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 290 through 493 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 46 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 273 through 336 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 337 through 490 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 47 through 289 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 290 through 493 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 47 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 84 through 111 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 112 through 139 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 140 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 175 through 217 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 218 through 250 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 251 through 272 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 273 through 315 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 316 through 485 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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