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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kai | ||||||
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タイトル | Crosslinked alpha(Ni)-beta(Fe) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Light | ||||||
![]() | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Photolysis / Hybrid | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shibayama, N. / Park, S.Y. / Ohki, M. / Sato-Tomita, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work. 著者: Shibayama, N. / Sato-Tomita, A. / Ohki, M. / Ichiyanagi, K. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 268.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 214.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 84.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ka9C ![]() 6kaeC ![]() 6kahC ![]() 6kaoC ![]() 6kapC ![]() 6kaqC ![]() 6karC ![]() 6kasC ![]() 6katC ![]() 6kauC ![]() 6kavC ![]() 6l5vC ![]() 6l5wC ![]() 6l5xC ![]() 6l5yC ![]() 6lcwC ![]() 6lcxC ![]() 1j40S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1340分子 ![](data/chem/img/HNI.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/2FU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/2FU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-HNI / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.6 詳細: 20%w/v PEG 3350, 50 mM citrate-ammonium buffer, 150 mM dipotassium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→19.88 Å / Num. obs: 202119 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 900680 / Scaling rejects: 431 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1J40 解像度: 1.45→19.88 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 18.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.67 Å2 / Biso mean: 19.151 Å2 / Biso min: 5.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→19.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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