PDB-6ka0: Silver-bound E.coli Malate dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ka0

タイトル

Silver-bound E.coli Malate dehydrogenase

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / silver nano-particle / dehydrogenase / glyoxylate cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MDH is a major silver target in E. coli
著者: Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ka0.cif.gz	445.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ka0.ent.gz	370.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ka0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6ka0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6ka0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ka1C 5kkaS 5z3w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e0b-1 1emd-1 6bal-4 4e0b-2 6ka1-1 6bal-2 6itl-1 1ib6-2 1mld-1 1ib6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, peak near 65k or 130k in Tris buffer
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.860, 152.830, 78.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 32368.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Dimer or tetramer in solution / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: mdh / プラスミド: pRHis-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61889, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350 20%, DL-Malic acid 0.1M (pH 5.5) / PH範囲: 5.5-6.0 / Temp details: Room temprature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月12日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97914 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.22→50.94 Å / Num. obs: 55114 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 211450 / Scaling rejects: 53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.22-2.28	3.8	0.682	15464	4017	0.714	0.4	0.794	2.1	98.3
9.93-50.94	3.7	0.032	2385	642	0.998	0.018	0.037	33.4	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.14_3260:000	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2	2	データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KKA

5kka

解像度: 2.22→48.161 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	2728	4.95 %
R_work	0.2195	-	-
obs	0.2221	55057	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.63 Å² / B_iso mean: 59.8502 Å² / B_iso min: 24.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.22→48.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8744	0	37	1	8782
B_iso mean	-	-	56.7	60.61	-
残基数	-	-	-	-	1211

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.22-2.2604	0.3869	152	0.3219	2726	2878	98
2.2604-2.3039	0.4065	132	0.3191	2761	2893	98
2.3039-2.3509	0.3435	149	0.3039	2686	2835	98
2.3509-2.402	0.3404	144	0.2861	2754	2898	98
2.402-2.4579	0.3241	137	0.2911	2745	2882	97
2.4579-2.5193	0.3217	151	0.2753	2632	2783	95
2.5193-2.5874	0.3784	151	0.2808	2742	2893	99
2.5874-2.6636	0.3561	145	0.2701	2787	2932	100
2.6636-2.7495	0.3188	136	0.2703	2766	2902	100
2.7495-2.8478	0.3314	142	0.2594	2803	2945	100
2.8478-2.9618	0.294	168	0.2719	2807	2975	100
2.9618-3.0966	0.3529	122	0.2593	2753	2875	100
3.0966-3.2598	0.3298	131	0.2541	2816	2947	100
3.2598-3.464	0.2921	142	0.2366	2770	2912	99
3.464-3.7314	0.272	164	0.2135	2763	2927	99
3.7314-4.1067	0.2333	156	0.1875	2737	2893	98
4.1067-4.7005	0.2128	141	0.1664	2675	2816	96
4.7005-5.9204	0.2309	134	0.182	2786	2920	98
5.9204-48.1722	0.1729	131	0.158	2820	2951	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6081	0.0844	0.1027	0.7759	0.4308	1.2123	0.2144	0.0775	-0.0985	-0.1203	-0.0751	-0.8805	0.0362	-0.0749	-0.166	0.1755	0.0064	0.0527	0.3088	0.0748	0.5722	-1.284	21.0116	14.8528
2	0.6645	-1.1243	0.1128	2.5281	0.6382	1.1079	0.3291	0.2018	0.0885	-0.0754	0.0177	-0.5366	0.0714	-0.1286	-0.1058	0.1475	0.091	-0.168	0.2837	0.2099	0.8143	4.5101	19.6067	23.0917
3	1.1328	0.1293	-0.0072	0.2756	0.2601	1.9431	0.1449	-0.2087	-0.0998	0.1855	0.0191	-0.5861	0.5734	0.0691	-0.0486	0.4895	0.0657	-0.3388	0.2667	0.1229	0.9963	5.1422	10.2079	29.2395
4	1.1468	-0.0939	-0.1523	1.8551	0.8224	1.0142	0.3158	-0.296	-0.0757	0.7565	-0.3277	-0.3245	0.3909	-0.2902	0.0206	0.4456	-0.177	-0.1714	0.4542	0.1105	0.3825	-11.36	21.5826	37.1431
5	0.3103	-0.2603	-0.0595	1.2172	0.3651	1.1893	0.1662	-0.1611	-0.0076	0.0857	-0.1474	-0.7355	-0.1564	-0.0846	-0.0363	0.2374	-0.0112	-0.0158	0.3047	0.0583	0.5152	-1.25	60.5412	30.9573
6	0.6917	1.1822	-0.0946	3.3736	1.7167	2.7006	0.0566	0.0704	-0.3015	-0.1072	0.3121	-0.7201	-0.2063	0.3054	-0.1374	0.2885	-0.017	0.1395	0.4246	0.1339	0.7511	3.0543	63.0493	22.2939
7	1.6774	0.1198	-0.2258	1.2246	-0.1373	0.9974	-0.0634	0.1169	-0.0606	-0.2963	-0.0298	-0.3269	-0.2839	0.2759	-0.2467	0.664	-0.1029	0.4383	0.3694	0.3273	0.9418	3.6777	71.6341	16.4032
8	0.7511	0.1187	-0.0308	2.3996	0.8296	1.3255	0.1995	0.1849	0.0624	-1.2695	-0.391	-0.1044	-0.642	-0.295	0.1446	0.7893	0.2424	0.0579	0.4382	0.0644	0.3312	-12.8391	59.7728	9.4322
9	0.4235	-0.0028	-0.2032	0.9127	0.3725	0.7926	0.2085	-0.1676	-0.0594	-0.2634	-0.3237	0.026	0.0081	-0.2407	0.0892	0.2198	0.02	-0.0273	0.4752	-0.0354	0.2916	-23.9748	19.364	13.9643
10	1.2735	0.9584	1.0472	1.1753	0.6413	1.3009	0.2841	-0.1564	-0.084	0.1341	-0.457	0.4222	0.1431	-0.7651	0.0417	0.2912	0.0136	-0.0022	0.6709	-0.1706	0.4841	-31.2627	18.2792	13.4925
11	1.6061	0.1742	-0.4329	2.9206	1.2445	2.9993	0.0579	-0.2202	-0.2784	-0.3184	-0.2905	0.3752	0.417	-0.2732	0.2518	0.4981	0.1092	-0.0907	0.4491	-0.0847	0.3241	-27.6842	12.8005	-1.1126
12	0.8865	0.5424	-0.0491	2.608	0.395	0.379	0.0199	0.0395	-0.1194	-1.4979	-0.225	-0.1332	-0.2622	-0.1917	-0.0806	0.681	0.1428	0.0456	0.3991	-0.017	0.2674	-18.4589	25.986	-3.9026
13	0.2743	-0.1314	0.2558	1.1291	0.2323	0.6685	-0.0045	0.2072	0.1206	-0.2823	0.1504	-0.2214	-0.4724	0.3035	-0.1654	1.4136	0.0053	0.5008	0.4922	-0.0058	0.4019	-4.9191	34.5689	-9.6178
14	1.6671	0.4012	0.6014	0.4079	0.0549	0.9646	0.2794	0.3529	0.002	-0.5966	0.1239	-0.4523	-0.3588	0.323	0.9315	0.8155	0.0291	0.4912	0.5509	-0.0975	0.669	0.0802	23.8445	-6.4135
15	2.5344	-0.4044	0.7221	1.5118	-0.4158	1.8391	-0.0085	-0.0115	-0.2198	-0.695	-0.1933	0.0052	-0.3147	-0.1141	0.2448	0.3885	0.1204	0.0065	0.367	-0.0521	0.3485	-16.1329	24.7394	5.2944
16	0.6578	0.0757	0.0744	1.3012	1.1975	1.1012	-0.3461	-0.0039	0.364	-1.3746	-0.0425	0.1041	-0.6965	-0.2821	0.1181	1.2976	0.1694	-0.1975	0.4949	-0.0534	0.3599	-22.6053	33.8886	-8.6296
17	0.8419	0.438	0.1002	1.2051	0.267	1.3619	0.0994	0.4552	-0.0289	-0.6217	-0.0888	-0.1269	-0.1702	0.1392	-0.0909	1.5826	0.1688	0.2216	0.6311	0.0058	0.4493	-16.4277	20.7905	-18.1154
18	0.7631	0.1757	0.2583	1.2604	0.2055	1.1506	0.1566	0.1185	-0.1485	0.063	-0.6141	0.2424	0.0031	-0.4396	0.2196	0.2425	0.0474	0.029	0.5899	-0.1468	0.3515	-23.9054	61.6473	33.3408
19	1.0426	-0.7953	-0.5365	0.7385	0.2656	0.4185	0.1793	-0.3925	-0.2264	0.0914	-0.5841	0.5494	0.0055	-0.5252	0.1496	0.3386	-0.0199	0.0242	0.8062	-0.333	0.5348	-31.0839	62.6777	34.4214
20	1.1974	-1.0024	1.6072	1.1833	-1.3531	2.1516	-0.4141	-0.03	0.3946	0.4271	-0.4892	0.4325	-0.4966	-0.4918	-0.5001	0.5477	-0.1486	0.1772	0.6283	-0.3625	0.4193	-26.4984	67.9746	48.7316
21	0.718	-0.6338	-0.0519	2.8661	0.6323	0.793	0.1007	-0.2405	0.0731	1.593	-0.4056	-0.1984	0.5124	-0.3088	-0.1737	0.7506	-0.2153	0.0835	0.4603	-0.0937	0.207	-17.0254	55.0804	50.7873
22	1.6347	-0.027	-0.676	1.0143	0.6412	0.7688	-0.1416	0.0239	-0.2421	0.4053	0.0448	-0.111	0.1791	-0.0354	-0.2958	1.2346	-0.081	-0.3426	0.2382	-0.0089	0.4713	-3.2158	46.6069	55.4648
23	1.5175	-0.7072	-0.0754	0.9964	0.4645	1.2437	0.0547	-0.4337	0.2308	0.5451	0.0279	-0.5982	0.0079	0.2336	0.0482	0.8859	-0.1515	-0.3849	0.5247	-0.0092	0.6867	1.4587	57.7229	51.7372
24	3.3775	-0.1357	-0.7269	2.6242	-0.8735	3.111	0.1236	-0.1217	0.271	0.8154	-0.5238	0.0691	-0.0362	-0.3581	0.3694	0.4198	-0.1059	0.0036	0.4932	-0.0631	0.2858	-15.2639	56.4522	41.5004
25	0.8015	-0.0993	-0.2506	0.5364	-0.1313	0.4369	-0.2575	-0.2938	-0.2071	0.6058	-0.0547	0.1092	0.2049	-0.0269	-0.245	1.2527	-0.3401	0.2581	0.6207	-0.0113	0.299	-20.8486	48.6489	55.279
26	2.606	0.7236	1.6378	0.9303	0.3715	1.0383	-0.1347	0.0256	-0.5624	0.7836	-0.1693	0.1225	0.7771	-0.4519	-0.1407	1.3313	-0.2024	0.5347	0.6453	-0.1714	0.6014	-20.5003	43.9873	56.7019
27	1.1048	-0.758	0.2654	1.1402	0.1982	0.7918	0.0183	-0.4176	-0.0569	0.6714	-0.0222	-0.1113	0.6687	-0.0398	0.0072	1.5875	0.002	-0.1404	0.6426	-0.0849	0.3993	-13.529	59.8826	64.7216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 63 )	A	1 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 78 )	A	64 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 108 )	A	92 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 311 )	A	109 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 63 )	B	1 - 63
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 64 through 79 )	B	64 - 79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 92 through 108 )	B	92 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 109 through 311 )	B	109 - 311
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 48 )	C	1 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 49 through 71 )	C	49 - 71
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 72 through 108 )	C	72 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 109 through 178 )	C	109 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 179 through 195 )	C	179 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 196 through 216 )	C	196 - 216
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 217 through 242 )	C	217 - 242
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 243 through 285 )	C	243 - 285
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 286 through 311 )	C	286 - 311
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1 through 48 )	D	1 - 48
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 49 through 71 )	D	49 - 71
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 72 through 108 )	D	72 - 108
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 109 through 178 )	D	109 - 178
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 179 through 195 )	D	179 - 195
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 196 through 216 )	D	196 - 216
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 217 through 242 )	D	217 - 242
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 243 through 271 )	D	243 - 271
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 272 through 285 )	D	272 - 285
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 286 through 311 )	D	286 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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