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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k9y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human VAT-1 | ||||||
![]() | Synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Phospholipid transfer protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of mitochondrial fusion / 酸化還元酵素 / azurophil granule lumen / mitochondrial outer membrane / oxidoreductase activity / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Watanabe, Y. / Endo, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for interorganelle phospholipid transport mediated by VAT-1. 著者: Watanabe, Y. / Tamura, Y. / Kakuta, C. / Watanabe, S. / Endo, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 259.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 207.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4a27S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38465.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NO3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 78589 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 12.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Num. unique obs: 12336 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4A27 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 40.644 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.24 Å2 / Biso mean: 58.5684 Å2 / Biso min: 27.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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