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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k9j | ||||||
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タイトル | 0.98 A three-dimensional structure of horse heart cytochrome C at 110K | ||||||
![]() | Cytochrome c | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / lipid binding / heme binding / apoptotic process / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sugawara, Y. / Endo, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 0.98 A three-dimensional structure of horse heart cytochrome C at 110K 著者: Sugawara, Y. / Endo, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hrcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11751.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 % / 解説: plate |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1.0-1.5M sodium chloride, 2.7-3.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium phosphate Temp details: ROOM EMERATURE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→25.4 Å / Num. obs: 77173 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.02 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1.01 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / Num. unique obs: 7715 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HRC 解像度: 0.98→10 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→10 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.98→1.02 Å
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