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万見
- PDB-6k9d: glycoside hydrolase family 12 (GH12) englucanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k9d
タイトルglycoside hydrolase family 12 (GH12) englucanase
要素GH12 beta-1, 4-endoglucanase
キーワードHYDROLASE / endoglucanase / beta-jelly-roll
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GH12 beta-1, 4-endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fischeri (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.505 Å
データ登録者Hong, Y. / Tao, T. / Pengjun, S. / Jiaming, C. / Xiaoyu, W. / Chen, H. / Yingguo, B. / Bin, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrates promiscuity of xyloglucanases and endoglucanases of glycoside hydrolase 12 family
著者: Hong, Y. / Tao, T. / Pengjun, S. / Jiaming, C. / Xiaoyu, W. / Chen, H. / Yingguo, B. / Bin, Y.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH12 beta-1, 4-endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1831
ポリマ－24,1831
非ポリマー00
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.631, 88.631, 123.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GH12 beta-1, 4-endoglucanase / glycoside hydrolase 12 family endoglucanase


分子量: 24183.301 Da / 分子数: 1 / 変異: N18Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fischeri (カビ) / 遺伝子: Nfeg12A / Variant: CGMCC 3.15369 / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: A0A1L6CE30, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.45 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% ...詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% (w/v) PEG 20000 using the hanging drop vapor diffusion method in 24-well plates. NfEG12A-N18Y crystals was transferred to a reservoir solution supplemented with 25% (v/v) ethylene glycol to grown. Obtained crystals were cryoprotected with 25% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol. The crystals were mounted on a nylon loop and cooled immediately in liquid nitrogen prior to data collection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1.00919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.505→55.879 Å / Num. obs: 62640 / % possible obs: 79.95 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 1.34
反射 シェル解像度: 1.5048→4.2789 Å / Num. unique obs: 23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Cootモデル構築
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.505→55.879 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 3181 5.08 %
Rwork0.1732 --
obs0.1738 62640 79.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.505→55.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1709 0 0 250 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8062544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6241380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5048-1.52730.353160.243985X-RAY DIFFRACTION3
1.5273-1.55120.3263210.2604273X-RAY DIFFRACTION9
1.5512-1.57660.2976210.2435546X-RAY DIFFRACTION17
1.5766-1.60380.3148320.2758879X-RAY DIFFRACTION27
1.6038-1.63290.2935560.27161274X-RAY DIFFRACTION40
1.6329-1.66430.3112880.2631817X-RAY DIFFRACTION57
1.6643-1.69830.29011410.26212644X-RAY DIFFRACTION83
1.6983-1.73530.25521610.26233156X-RAY DIFFRACTION98
1.7353-1.77560.26561800.24833179X-RAY DIFFRACTION100
1.7756-1.820.241740.22853206X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.86920.22081610.22133206X-RAY DIFFRACTION100
1.8692-1.92420.18921870.19533195X-RAY DIFFRACTION100
1.9242-1.98640.2091760.18033184X-RAY DIFFRACTION100
1.9864-2.05740.19341680.17593227X-RAY DIFFRACTION100
2.0574-2.13970.19851720.17173231X-RAY DIFFRACTION100
2.1397-2.23710.18641920.1733198X-RAY DIFFRACTION100
2.2371-2.35510.19551860.16923217X-RAY DIFFRACTION100
2.3551-2.50260.18511720.18833245X-RAY DIFFRACTION100
2.5026-2.69580.21871880.1853253X-RAY DIFFRACTION100
2.6958-2.96710.21081860.18583255X-RAY DIFFRACTION100
2.9671-3.39640.1771720.16383315X-RAY DIFFRACTION100
3.3964-4.27890.13531480.13433360X-RAY DIFFRACTION100
4.2789-55.81760.15391930.15593514X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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