PDB-6k9d: glycoside hydrolase family 12 (GH12) englucanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k9d

タイトル

glycoside hydrolase family 12 (GH12) englucanase

要素

GH12 beta-1, 4-endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / endoglucanase / beta-jelly-roll

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fischeri (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.505 Å

データ登録者

Hong, Y. / Tao, T. / Pengjun, S. / Jiaming, C. / Xiaoyu, W. / Chen, H. / Yingguo, B. / Bin, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrates promiscuity of xyloglucanases and endoglucanases of glycoside hydrolase 12 family
著者: Hong, Y. / Tao, T. / Pengjun, S. / Jiaming, C. / Xiaoyu, W. / Chen, H. / Yingguo, B. / Bin, Y.

履歴

登録	2019年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k9d.cif.gz	60.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k9d.ent.gz	46.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gm5-1 1olq-2 2bfl-1 1h8v-4 5gm5-4 5gm3-1 2nxa-d 3b7m-2 6k98-d 3i15-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH12 beta-1, 4-endoglucanase

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.631, 88.631, 123.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-470- HOH

#1: タンパク質	GH12 beta-1, 4-endoglucanase / glycoside hydrolase 12 family endoglucanase 分子量: 24183.301 Da / 分子数: 1 / 変異: N18Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fischeri (カビ) / 遺伝子: Nfeg12A / Variant: CGMCC 3.15369 / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: A0A1L6CE30, cellulase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.45 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% ...詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% (w/v) PEG 20000 using the hanging drop vapor diffusion method in 24-well plates. NfEG12A-N18Y crystals was transferred to a reservoir solution supplemented with 25% (v/v) ethylene glycol to grown. Obtained crystals were cryoprotected with 25% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol. The crystals were mounted on a nylon loop and cooled immediately in liquid nitrogen prior to data collection.

結晶

マシュー密度: 5.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.45 %

結晶化

温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1.00919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.505→55.879 Å / Num. obs: 62640 / % possible obs: 79.95 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 1.34
反射シェル	解像度: 1.5048→4.2789 Å / Num. unique obs: 23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
Coot		モデル構築
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.505→55.879 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	3181	5.08 %
R_work	0.1732	-	-
obs	0.1738	62640	79.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.505→55.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1709	0	0	250	1959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	2544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.624	1380
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5048-1.5273	0.3531	6	0.2439	85	X-RAY DIFFRACTION	3
1.5273-1.5512	0.3263	21	0.2604	273	X-RAY DIFFRACTION	9
1.5512-1.5766	0.2976	21	0.2435	546	X-RAY DIFFRACTION	17
1.5766-1.6038	0.3148	32	0.2758	879	X-RAY DIFFRACTION	27
1.6038-1.6329	0.2935	56	0.2716	1274	X-RAY DIFFRACTION	40
1.6329-1.6643	0.3112	88	0.263	1817	X-RAY DIFFRACTION	57
1.6643-1.6983	0.2901	141	0.2621	2644	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6983-1.7353	0.2552	161	0.2623	3156	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7353-1.7756	0.2656	180	0.2483	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7756-1.82	0.24	174	0.2285	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.8692	0.2208	161	0.2213	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8692-1.9242	0.1892	187	0.1953	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9242-1.9864	0.209	176	0.1803	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9864-2.0574	0.1934	168	0.1759	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0574-2.1397	0.1985	172	0.1717	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1397-2.2371	0.1864	192	0.173	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2371-2.3551	0.1955	186	0.1692	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3551-2.5026	0.1851	172	0.1883	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5026-2.6958	0.2187	188	0.185	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6958-2.9671	0.2108	186	0.1858	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9671-3.3964	0.177	172	0.1638	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3964-4.2789	0.1353	148	0.1343	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2789-55.8176	0.1539	193	0.1559	3514	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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