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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k9d | ||||||
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タイトル | glycoside hydrolase family 12 (GH12) englucanase | ||||||
![]() | GH12 beta-1, 4-endoglucanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / endoglucanase / beta-jelly-roll | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, Y. / Tao, T. / Pengjun, S. / Jiaming, C. / Xiaoyu, W. / Chen, H. / Yingguo, B. / Bin, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrates promiscuity of xyloglucanases and endoglucanases of glycoside hydrolase 12 family 著者: Hong, Y. / Tao, T. / Pengjun, S. / Jiaming, C. / Xiaoyu, W. / Chen, H. / Yingguo, B. / Bin, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24183.301 Da / 分子数: 1 / 変異: N18Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.45 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% ...詳細: NfEG12A-N18Y was concentrated to 10 mg/ml in a buffer containing 100 mM citric acid-Na2HPO4 (pH 7.2). both proteins were crystallized in a mother liquid with 0.1 M citrate (pH 5.0) and 16% (w/v) PEG 20000 using the hanging drop vapor diffusion method in 24-well plates. NfEG12A-N18Y crystals was transferred to a reservoir solution supplemented with 25% (v/v) ethylene glycol to grown. Obtained crystals were cryoprotected with 25% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol. The crystals were mounted on a nylon loop and cooled immediately in liquid nitrogen prior to data collection. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.505→55.879 Å / Num. obs: 62640 / % possible obs: 79.95 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 1.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.5048→4.2789 Å / Num. unique obs: 23 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.505→55.879 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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