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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k8z | ||||||
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タイトル | Pyridoxal Kinase from Leishmania donovani in complex with ADP | ||||||
![]() | Pyridoxal kinase, putative | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Nucleotide binding / ATP binding / Kinase activity / Metal binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Are, S. / Gatreddi, S. / Qureshi, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural attributes and substrate specificity of pyridoxal kinase from Leishmania donovani. 著者: Are, S. / Gatreddi, S. / Jakkula, P. / Qureshi, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35341.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LdCL_300018300 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 228分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 18% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate, 0.32M Calcium Acetate, 4% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→42.98 Å / Num. obs: 44763 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2822 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LHP 解像度: 1.9→42.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.233 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.141 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→42.98 Å
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拘束条件 |
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