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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k8v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-domain of baterial malonyl-CoA reductase | ||||||
![]() | NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SDR domain | ||||||
機能・相同性 | oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into bi-functional malonyl-CoA reductase. 著者: Son, H.F. / Kim, S. / Seo, H. / Hong, J. / Lee, D. / Jin, K.S. / Park, S. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 174.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61269.301 Da / 分子数: 2 / 断片: SDR N-domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: I603_0811 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, Li2SO4, Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 60037 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.317 / Num. unique obs: 2913 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.162 / Rsym value: 0.337 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 175.83 Å2 / Biso mean: 39.448 Å2 / Biso min: 17.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→32.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.202→2.259 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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