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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k8s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of C-domain of baterial malonyl-CoA reductase | ||||||
要素 | NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SDR domain | ||||||
機能・相同性 | oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyrobacter dokdonensis DSW-74 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2020 タイトル: Structural insight into bi-functional malonyl-CoA reductase. 著者: Son, H.F. / Kim, S. / Seo, H. / Hong, J. / Lee, D. / Jin, K.S. / Park, S. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k8s.cif.gz | 292.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k8s.ent.gz | 232.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k8s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6k8s_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6k8s_full_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6k8s_validation.xml.gz | 57.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6k8s_validation.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/6k8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/6k8s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75705.797 Da / 分子数: 2 / 断片: SDR C domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyrobacter dokdonensis DSW-74 (バクテリア) 遺伝子: I603_0811 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A7BFR5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Li2SO4, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 156374 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Num. unique obs: 7610 / CC1/2: 0.736 / Rsym value: 0.187 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.307 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.101 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.26 Å2 / Biso mean: 26.395 Å2 / Biso min: 8.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→29.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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