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万見
- PDB-6k7r: Crystal structure of thymidylate synthase from shrimp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k7r
タイトルCrystal structure of thymidylate synthase from shrimp
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / thymidylate synthase / dUMP / dTMP / shrimp
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Penaeus vannamei (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Ma, Q. / Zang, K. / Liu, C.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Other government1000 talent program 中国
Chinese Academy of Sciences100 talent program 中国
National Natural Science Foundation of China 中国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: J Oceanol Limnol / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of a shrimp thymidylate synthase reveals species-specific interactions with dUMP and raltitrexed.
著者: Liu, C. / Zang, K. / Li, S. / Li, F. / Ma, Q.
履歴
登録2019年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0634
ポリマ－67,4472
非ポリマー6162
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.870, 84.470, 55.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase


分子量: 33723.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus vannamei (甲殻類) / 遺伝子: TS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C6GJB8, UniProt: A0A423U5Z1*PLUS, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The drop contained 1ul protein sample (10 mg/ml protein + 5 mM dUMP incubated for 4 h at 4 degrees) and 1 ul reservoir solution (25% (w/v) PEG 3350, 200 mM Li2SO4, 100 mM Bis-Tris, pH 6.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→43.794 Å / Num. obs: 78034 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 23.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.54→1.545 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6134 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.345 / Rrim(I) all: 0.972 / Rsym value: 0.908 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSJan 26, 2018, built on 20180409データ削減
Aimlessversion 0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K7Q

6k7q


解像度: 1.54→22.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 3915 5.02 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.166 78011 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.794 Å20 Å2-3.0101 Å2
2--0.6315 Å20 Å2
3---1.1626 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→22.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 0 40 523 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014730HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.036401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1669SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes701HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4730HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion578SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5717SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 260 4.63 %
Rwork0.192 5353 -
all0.192 5613 -
obs--93.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72670.28470.13681.1656-0.13580.79740.05720.09040.1102-0.07830.00690.26370.0023-0.1863-0.0642-0.08530.01810.0029-0.04060.0291-0.03116.1289-4.71487.7807
20.7910.21320.130.56070.0850.59070.0512-0.0080.02590.0757-0.0124-0.0850.00060.0894-0.0388-0.03060.00840.0015-0.0425-0.007-0.037542.6079-2.201317.8168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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