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- PDB-6k5w: Solution structure of the chromodomain of yeast Eaf3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k5w
タイトルSolution structure of the chromodomain of yeast Eaf3
要素Chromatin modification-related protein EAF3
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR PROTEIN / HISTONE ACETYL TRANSFERASE / HISTONE DEACETYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


TINTIN complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / histone H3K36me3 reader activity / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex ...TINTIN complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / histone H3K36me3 reader activity / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / histone reader activity / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome assembly / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain ...: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin modification-related protein EAF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Okuda, M. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2020
タイトル: The Eaf3 chromodomain acts as a pH sensor for gene expression by altering its binding affinity for histone methylated-lysine residues.
著者: Okuda, M. / Nishimura, Y.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin modification-related protein EAF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1031
ポリマ－14,1031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8400 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chromatin modification-related protein EAF3 / ESA1-associated factor 3


分子量: 14103.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: EAF3, YPR023C, YP9367.03C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12432

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
122isotropic32D 1H-13C HSQC
131isotropic23D CBCANH
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HNCA
1121isotropic23D HN(CO)CA
1101isotropic23D HNCO
1111isotropic23D HN(CA)CO
191isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic13D CC(CO)NH
171isotropic13D H(CC)(CO)HN
162isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1222isotropic13D (H)CCH-COSY
1131isotropic33D HNHA
1161isotropic23D HNHB
1151isotropic23D HN(CO)HB
1141isotropic23D HNCG
1171isotropic23D HN(CO)CG
1192isotropic32D CGCBH
1232isotropic32D CGCDH
1212isotropic32D CGCEH
1202isotropic32D HBCBCDHD
1182isotropic32D HBCBCGCEHE
1252isotropic22D DQF-COSY
1242isotropic22D 1H-1H TOCSY
1271isotropic33D 1H-15N NOESY
1262isotropic33D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.47 mM [U-13C,15N] Eaf3, 90% H2O/10% D2O13C,15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution21.47 mM [U-13C,15N] Eaf3, 100% D2O13C,15N_D2O100% D2O
solution31.47 mM [U-15N] Eaf3, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.47 mMEaf3[U-13C,15N]1
1.47 mMEaf3[U-13C,15N]2
1.47 mMEaf3[U-15N]3
試料状態詳細: 10 mM potassium phosphate (pH 6.8), 20 mM NaCl, 5 mM deuterated DTT
イオン強度: 30 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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