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万見
- PDB-6k3y: G-quadruplex complex with cyclic dinucleotide 3'-3' cGAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k3y
タイトルG-quadruplex complex with cyclic dinucleotide 3'-3' cGAMP
要素DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / cGAMP / dinucleotide / vacancy
機能・相同性Chem-4BW / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Winnerdy, F.R. / Heddi, B. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Solution Structures of a G-Quadruplex Bound to Linear- and Cyclic-Dinucleotides.
著者: Winnerdy, F.R. / Das, P. / Heddi, B. / Phan, A.T.
履歴
登録2019年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_database_status
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0762
ポリマ－5,4011
非ポリマー6741
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3850 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3') / delta1


分子量: 5401.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] / cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
262isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
151isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM delta1, 1.5 mM cGAMP, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 100% D2Odelta1-cGAMP-D2O100% D2O
solution21 mM delta1, 1.5 mM cGAMP, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2Odelta1-cGAMP-H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMdelta1natural abundance1
1.5 mMcGAMPnatural abundance1
10 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1 mMdelta1natural abundance2
1.5 mMcGAMPnatural abundance2
10 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMpotassium phosphatenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
130 mMcondition_17 1 atm298 K
230 mMcondition_27 1 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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