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- PDB-6k3f: Crystal Structure of beta-Arrestin 2 in Complex with CXCR7 Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k3f
タイトルCrystal Structure of beta-Arrestin 2 in Complex with CXCR7 Phosphopeptide
要素
  • Beta-arrestin-2
  • Peptide from Atypical chemokine receptor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type 2A serotonin receptor binding / platelet activating factor receptor binding / postsynaptic signal transduction / negative regulation of opioid receptor signaling pathway / positive regulation of opioid receptor signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / oculomotor nerve development / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling ...type 2A serotonin receptor binding / platelet activating factor receptor binding / postsynaptic signal transduction / negative regulation of opioid receptor signaling pathway / positive regulation of opioid receptor signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / oculomotor nerve development / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / C-X-C chemokine binding / angiotensin receptor binding / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / protein kinase B binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / C-X-C chemokine receptor activity / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / MAP2K and MAPK activation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / C-C chemokine receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / scavenger receptor activity / C-C chemokine binding / negative regulation of interleukin-12 production / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of calcium ion transport / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / type 1 angiotensin receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / mitogen-activated protein kinase binding / response to morphine / adult walking behavior / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of receptor internalization / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of interleukin-6 production / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of collagen biosynthetic process / D1 dopamine receptor binding / vasculogenesis / coreceptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / clathrin-coated pit / positive regulation of glial cell proliferation / 14-3-3 protein binding / negative regulation of protein ubiquitination / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / cell chemotaxis / G protein-coupled receptor binding / calcium-mediated signaling / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / receptor internalization / recycling endosome / circadian rhythm / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein transport / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / angiogenesis / postsynaptic membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / dendritic spine / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / endosome / protein ubiquitination / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
Atypical chemokine receptor 3 / : / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Atypical chemokine receptor 3 / : / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 3 / Beta-arrestin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Min, K.J. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2015R1A5A1008958 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2B2008142 韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning (MSIP)2014M1A8A1049296 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of beta-Arrestin 2 in Complex with CXCR7 Phosphopeptide.
著者: Min, K. / Yoon, H.J. / Park, J.Y. / Baidya, M. / Dwivedi-Agnihotri, H. / Maharana, J. / Chaturvedi, M. / Chung, K.Y. / Shukla, A.K. / Lee, H.H.
履歴
登録2019年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-2
U: Peptide from Atypical chemokine receptor 3
B: Beta-arrestin-2
V: Peptide from Atypical chemokine receptor 3
C: Beta-arrestin-2
W: Peptide from Atypical chemokine receptor 3
D: Beta-arrestin-2
X: Peptide from Atypical chemokine receptor 3
E: Beta-arrestin-2
Y: Peptide from Atypical chemokine receptor 3
F: Beta-arrestin-2
Z: Peptide from Atypical chemokine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,30212
ポリマ－266,30212
非ポリマー00
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24640 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area106150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.170, 127.910, 206.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Beta-arrestin-2 / Arrestin beta-2


分子量: 42442.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb2 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P29067
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide from Atypical chemokine receptor 3 / chemokine-related protein 1 / C-X-C chemokine receptor type 7 / CXCR-7 / Chemokine orphan receptor ...chemokine-related protein 1 / C-X-C chemokine receptor type 7 / CXCR-7 / Chemokine orphan receptor 1 / G-protein coupled receptor 159 / G-protein coupled receptor RDC1 homolog / RDC-1


分子量: 1940.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25106
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.804 Å / Num. obs: 162425 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.711 / Net I/σ(I): 1.31
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Num. unique obs: 49820 / CC1/2: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W0P

5w0p


解像度: 2.3→46.804 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 5310 5.07 %RANDOM
Rwork0.2332 99472 --
obs0.2358 104788 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.25 Å2 / Biso mean: 25.3474 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16746 0 0 524 17270
Biso mean---19.75 -
残基数----2105
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.33970.36232420.33454941518395
2.3397-2.38230.3182800.33564972525295
2.3823-2.42810.33172410.34284958519995
2.4281-2.47760.33322750.32024944521995
2.4776-2.53150.292650.31235043530895
2.5315-2.59040.33222590.30734896515595
2.5904-2.65520.27862540.3044946520095
2.6552-2.72690.30592560.28684986524295
2.7269-2.80720.27272600.26314980524095
2.8072-2.89780.25952730.25914959523295
2.8978-3.00130.27262490.24614948519795
3.0013-3.12150.25562410.23635012525395
3.1215-3.26350.24522820.22754970525295
3.2635-3.43550.22692680.22064943521195
3.4355-3.65060.23442980.20764957525594
3.6506-3.93240.22482690.19984980524995
3.9324-4.32780.2142720.17994974524695
4.3278-4.95340.18242990.17364943524294
4.9534-6.23820.22512400.21015044528495
6.2382-45.59390.25612860.22265076536295
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.6348 Å / Origin y: 63.5994 Å / Origin z: 51.391 Å
111213212223313233
T0.1738 Å20.0024 Å20.0046 Å2-0.1899 Å2-0.0074 Å2--0.2867 Å2
L-0.015 °20.003 °2-0.0034 °2--0.0165 °2-0.0054 °2---0.0064 °2
S-0.008 Å °0.0056 Å °0.0072 Å °-0.0034 Å °0.0021 Å °-0.0099 Å °-0.0022 Å °-0.0004 Å °0.0042 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 350
2X-RAY DIFFRACTION1allU333 - 345
3X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 346
4X-RAY DIFFRACTION1allV333 - 344
5X-RAY DIFFRACTION1allC8 - 350
6X-RAY DIFFRACTION1allW336 - 344
7X-RAY DIFFRACTION1allD8 - 350
8X-RAY DIFFRACTION1allX333 - 344
9X-RAY DIFFRACTION1allE8 - 346
10X-RAY DIFFRACTION1allY333 - 344
11X-RAY DIFFRACTION1allF8 - 350
12X-RAY DIFFRACTION1allZ336 - 344
13X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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