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- PDB-6k2v: Crystal structure of proteinase K from Engyodontium album -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k2v
タイトルCrystal structure of proteinase K from Engyodontium album
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / XFEL / SFX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / VtrA C-terminal periplasmic domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / VtrA C-terminal periplasmic domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Putative transcriptional regulator ToxR
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sugahara, M. / Motomura, K. / Numata, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Viscosity-adjustable grease matrices for serial nanocrystallography.
著者: Sugahara, M. / Motomura, K. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Joti, Y. / Numata, K. / Tono, K. / Yabashi, M. / Ishikawa, T.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.32025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1014
ポリマ－28,9591
非ポリマー1423
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.280, 68.280, 108.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1169-

HOH

21A-1288-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 変異: S312D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.5 M NaNO3, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.6 Å / Num. obs: 34564 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 240 % / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1694
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
Cootモデル構築
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→32.558 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1665 4.83 %
Rwork0.1584 --
obs0.1596 34481 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 6 201 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9662816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.201717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.64710.34731330.3042664X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.70020.26641350.26172693X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.7610.26591460.23912668X-RAY DIFFRACTION100
1.761-1.83150.23511360.20532705X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.91490.21361420.17022687X-RAY DIFFRACTION100
1.9149-2.01580.18031350.16192711X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.14210.18611330.15542717X-RAY DIFFRACTION100
2.1421-2.30740.19911370.15492720X-RAY DIFFRACTION100
2.3074-2.53950.16011320.16062751X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.90680.21031590.16312743X-RAY DIFFRACTION100
2.9068-3.66150.14661310.14452801X-RAY DIFFRACTION100
3.6615-32.56480.15911460.12952956X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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