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- PDB-6k1t: The structure of Francisella virulence factor BioJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k1t
タイトルThe structure of Francisella virulence factor BioJ
要素Alpha/beta hydrolase fold family protein
キーワードHYDROLASE / virulence factor BioJ
機能・相同性Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase fold family protein
機能・相同性情報
生物種Francisella philomiragia subsp. philomiragia ATCC 25015 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.584 Å
データ登録者Ouyang, S. / Guan, H. / Zhang, S.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of BioJ, a Unique Gatekeeper in Bacterial Biotin Synthesis.
著者: Wei, W. / Guan, H. / Zhu, T. / Zhang, S. / Fan, C. / Ouyang, S. / Feng, Y.
履歴
登録2019年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase fold family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4791
ポリマ－35,4791
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.943, 67.313, 55.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase fold family protein


分子量: 35479.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella philomiragia subsp. philomiragia ATCC 25015 (バクテリア)
遺伝子: BZ13_192 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6YW90
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: counter-diffusion
詳細: 20% (v/v) PEG 6000, 100mM BICINE/sodium hydroxide (pH 9.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→51.32 Å / Num. obs: 37190 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / Num. unique obs: 5609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
autoPROCデータ収集
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.584→40.208 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1808 4.89 %
Rwork0.2067 --
obs0.2082 37007 90.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.584→40.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2443 0 0 216 2659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8083394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7261503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5838-1.62660.27411330.2592832X-RAY DIFFRACTION95
1.6266-1.67450.30071380.24752778X-RAY DIFFRACTION94
1.6745-1.72850.26281370.24272767X-RAY DIFFRACTION93
1.7285-1.79030.2731190.24582691X-RAY DIFFRACTION90
1.7903-1.8620.28581420.23982662X-RAY DIFFRACTION90
1.862-1.94680.3412880.26351742X-RAY DIFFRACTION85
1.9468-2.04940.26861210.21142770X-RAY DIFFRACTION93
2.0494-2.17780.23181500.20682811X-RAY DIFFRACTION94
2.1778-2.34590.26671310.19912854X-RAY DIFFRACTION96
2.3459-2.58190.2181720.20982839X-RAY DIFFRACTION96
2.5819-2.95550.22931630.20712924X-RAY DIFFRACTION98
2.9555-3.72320.21511580.19182832X-RAY DIFFRACTION95
3.7232-40.22050.20591560.1822697X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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