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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0r
タイトルRuvbl1-Ruvbl2 with truncated domain II in complex with phosphorylated Cordycepin
要素
  • RuvB-like 1,RuvB-like 1
  • RuvB-like 2,RuvB-like 2
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / ATPase / Cordycepin
機能・相同性
機能・相同性情報


promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair ...promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair / Ino80 complex / Telomere Extension By Telomerase / protein folding chaperone complex / box C/D snoRNP assembly / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of embryonic development / MLL1 complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / cellular response to estradiol stimulus / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / telomere maintenance / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / euchromatin / chromatin DNA binding / ADP binding / nuclear matrix / beta-catenin binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / UCH proteinases / cellular response to UV / nucleosome / unfolded protein binding / protein folding / ATPase binding / HATs acetylate histones / spermatogenesis / DNA helicase / DNA recombination / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein stabilization / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-CU0 / Chem-CUU / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Zhang, W. / Chen, L. / Li, W. / Ju, D. / Huang, N. / Zhang, E.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2020
タイトル: Chemical perturbations reveal that RUVBL2 regulates the circadian phase in mammals.
著者: Ju, D. / Zhang, W. / Yan, J. / Zhao, H. / Li, W. / Wang, J. / Liao, M. / Xu, Z. / Wang, Z. / Zhou, G. / Mei, L. / Hou, N. / Ying, S. / Cai, T. / Chen, S. / Xie, X. / Lai, L. / Tang, C. / ...著者: Ju, D. / Zhang, W. / Yan, J. / Zhao, H. / Li, W. / Wang, J. / Liao, M. / Xu, Z. / Wang, Z. / Zhou, G. / Mei, L. / Hou, N. / Ying, S. / Cai, T. / Chen, S. / Xie, X. / Lai, L. / Tang, C. / Park, N. / Takahashi, J.S. / Huang, N. / Qi, X. / Zhang, E.E.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RuvB-like 1,RuvB-like 1
B: RuvB-like 1,RuvB-like 1
C: RuvB-like 1,RuvB-like 1
D: RuvB-like 2,RuvB-like 2
E: RuvB-like 2,RuvB-like 2
F: RuvB-like 2,RuvB-like 2
G: RuvB-like 1,RuvB-like 1
H: RuvB-like 1,RuvB-like 1
I: RuvB-like 1,RuvB-like 1
J: RuvB-like 2,RuvB-like 2
K: RuvB-like 2,RuvB-like 2
L: RuvB-like 2,RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,66626
ポリマ－474,62412
非ポリマー5,04214
水1086
1
A: RuvB-like 1,RuvB-like 1
B: RuvB-like 1,RuvB-like 1
C: RuvB-like 1,RuvB-like 1
D: RuvB-like 2,RuvB-like 2
E: RuvB-like 2,RuvB-like 2
F: RuvB-like 2,RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,89913
ポリマ－237,3126
非ポリマー2,5877
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23500 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area74280 Å2
手法PISA
2
G: RuvB-like 1,RuvB-like 1
H: RuvB-like 1,RuvB-like 1
I: RuvB-like 1,RuvB-like 1
J: RuvB-like 2,RuvB-like 2
K: RuvB-like 2,RuvB-like 2
L: RuvB-like 2,RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,76613
ポリマ－237,3126
非ポリマー2,4547
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21630 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area73370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.304, 186.424, 235.176
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 ABCGHIDEFJKL

#1: タンパク質
RuvB-like 1,RuvB-like 1 / 49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa ...49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-54 / INO80 complex subunit H / Nuclear matrix protein 238 / NMP 238 / Pontin 52 / TIP49a / TIP60-associated protein 54-alpha / TAP54-alpha


分子量: 38840.000 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL1, INO80H, NMP238, TIP49, TIP49A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y265, DNA helicase
#2: タンパク質
RuvB-like 2,RuvB-like 2 / 48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa ...48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-51 / INO80 complex subunit J / Repressing pontin 52 / Reptin 52 / TIP49b / TIP60-associated protein 54-beta / TAP54-beta


分子量: 40263.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL2, INO80J, TIP48, TIP49B, CGI-46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y230, DNA helicase

-
非ポリマー , 6種, 20分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-CUU / [(2~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate


分子量: 411.202 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CU0 / [(2~{R},3~{S},4~{S})-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate


分子量: 294.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O10P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES-Na pH 7.5-7.6, 0.2 M MgCl2, 20-21 % PEG400
PH範囲: 7.5-7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.502→235.137 Å / Num. obs: 90883 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 62.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.502→2.81 Å / Rmerge(I) obs: 1.033 / Num. unique obs: 4542 / CC1/2: 0.159 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 1.138

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XSZ

2xsz


解像度: 2.502→49.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.425
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 4436 4.88 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.23 90867 55.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 174.13 Å2 / Biso mean: 70.63 Å2 / Biso min: 26.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9939 Å20 Å2-1.9771 Å2
2--9.0545 Å20 Å2
3----8.0606 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.502→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26860 0 314 6 27180
Biso mean--65.71 43.47 -
残基数----3705
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9262SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4645HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it27493HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4032SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31157SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d27493HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg37371HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.59
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 104 5.72 %
Rwork0.2254 1714 -
all0.2257 1818 -
obs--6.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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