PDB-6jzw: Crystal structure of SufU from Bacillus subtilis with Cys persulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jzw

タイトル

Crystal structure of SufU from Bacillus subtilis with Cys persulfurated

要素

(Zinc-dependent sulfurtransferase SufU) x 2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-sulfur cluster biosynthesis / Sulfur mobilization

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素 / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Takahashi, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Cysteine-Persulfide Sulfane Sulfur-Ligated Zn Complex of Sulfur-Carrying SufU in the SufCDSUB System for Fe-S Cluster Biosynthesis.
著者: Terahata, T. / Shimada, Y. / Maki, C. / Muroga, S. / Sakurai, R. / Kunichika, K. / Fujishiro, T.

履歴

登録	2019年5月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jzw.cif.gz	231.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jzw.ent.gz	186.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jzw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jzw_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jzw_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6jzw_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	6jzw_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/6jzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/6jzw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6jzvC 5xt5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jzv-3 6jzv-2 5dd2-1 1cof-d 5zz0-1 5lsl-1 4psi-1 6jzv-4 4cdl-d 1qpv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

B: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

C: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

D: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

69.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.690, 35.520, 105.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.410, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))
2	1	(chain B and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))
3	1	(chain C and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))
4	1	(chain D and (resid 4 through 40 or resid 42 through 141))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	THR	THR	(chain A and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	A	A	4 - 40	4 - 40
1	2	GLY	GLY	GLU	GLU	(chain A and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	A	A	42 - 103	42 - 103
1	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain A and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	A	A	110 - 141	110 - 141
2	1	ASN	ASN	THR	THR	(chain B and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	B	B	4 - 40	4 - 40
2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	(chain B and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	B	B	42 - 103	42 - 103
2	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain B and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	B	B	110 - 141	110 - 141
3	1	ASN	ASN	THR	THR	(chain C and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	C	C	4 - 40	4 - 40
3	2	GLY	GLY	GLU	GLU	(chain C and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	C	C	42 - 103	42 - 103
3	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 4 through 40 or resid 42 through 103 or resid 110 through 141))	C	C	110 - 141	110 - 141
4	1	ASN	ASN	THR	THR	(chain D and (resid 4 through 40 or resid 42 through 141))	D	D	4 - 40	4 - 40
4	2	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain D and (resid 4 through 40 or resid 42 through 141))	D	D	42 - 141	42 - 141

#1: タンパク質	Zinc-dependent sulfurtransferase SufU / Putative iron-sulfur cluster assembly scaffold protein SufU / Sulfur acceptor protein SufU 分子量: 17256.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / Variant: 168 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32163, 転移酵素
#2: タンパク質	Zinc-dependent sulfurtransferase SufU / Putative iron-sulfur cluster assembly scaffold protein SufU / Sulfur acceptor protein SufU 分子量: 17288.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / Variant: 168 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32163, 転移酵素
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Tris, 10% w/v PEG 8000, 10% w/v PEG 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.64→44.924 Å / Num. obs: 16349 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23.28 % / B_iso Wilson estimate: 52.089 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 1.069 / Net I/σ(I): 20.44 / Num. measured all: 720551 / Scaling rejects: 998

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.64-2.74	22.951	0.97	4.02	75003	3298	3268	0.972	0.992	99.1
2.74-2.84	22.098	0.793	4.53	62051	2819	2808	0.98	0.812	99.6
2.84-3	23.369	0.558	6.4	88872	3806	3803	0.991	0.57	99.9
3-3.2	23.757	0.329	9.47	87949	3711	3702	0.997	0.336	99.8
3.2-3.4	22.738	0.233	13.13	65576	2888	2884	0.998	0.238	99.9
3.4-3.7	23.067	0.161	19.54	74228	3224	3218	0.999	0.165	99.8
3.7-4	23.332	0.108	27.32	55483	2384	2378	0.999	0.111	99.7
4-4.5	22.924	0.077	36.81	60428	2639	2636	0.999	0.079	99.9
4.5-6	24.083	0.07	41.16	87374	3630	3628	1	0.071	99.9
6-10	24.299	0.048	49.55	49911	2061	2054	1	0.049	99.7
10-44.924	23.867	0.038	58.8	13676	578	573	1	0.039	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XT5

5xt5

解像度: 2.64→44.924 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	816	5 %
R_work	0.2422	-	-
obs	0.243	16311	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.47 Å² / B_iso mean: 66.95 Å² / B_iso min: 25.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.64→44.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4238	0	4	26	4268
B_iso mean	-	-	59.61	48.94	-
残基数	-	-	-	-	554

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2543	X-RAY DIFFRACTION	11.495	TORSIONAL
1	2	B	2543	X-RAY DIFFRACTION	11.495	TORSIONAL
1	3	C	2543	X-RAY DIFFRACTION	11.495	TORSIONAL
1	4	D	2543	X-RAY DIFFRACTION	11.495	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.64-2.8053	0.3479	132	0.3288	2520	2652	99
2.8053-3.0219	0.3312	136	0.3054	2573	2709	100
3.0219-3.3259	0.275	134	0.2715	2545	2679	100
3.3259-3.807	0.2743	135	0.2409	2571	2706	100
3.807-4.7955	0.2302	137	0.205	2590	2727	100
4.7955-44.9306	0.2243	142	0.2308	2696	2838	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8799	-3.5084	0.7716	4.607	-0.0292	6.0712	0.5658	-0.1546	-0.6342	-0.3237	-0.2678	-1.7568	0.7589	0.7344	-0.309	0.5244	0.0409	-0.0099	0.5392	-0.0239	0.968	29.2147	-11.3974	-8.2082
2	7.5023	0.2012	1.9811	7.0129	-1.1876	6.8353	0.1247	0.314	-0.0659	-1.0541	0.0546	0.6474	0.2464	-0.3916	-0.2585	0.546	0.019	-0.0146	0.4274	-0.0198	0.5028	10.52	0.635	-15.5105
3	5.9745	-2.1412	0.451	9.9899	2.0767	2.1067	-0.4209	0.7298	0.324	0.2533	0.0742	0.9294	-0.4816	0.1354	0.4835	0.5211	-0.1023	-0.0495	0.418	0.0703	0.4762	10.1206	5.1332	-15.7658
4	1.0465	-0.6809	0.3907	2.6123	1.2837	3.538	0.2428	-0.4475	0.0423	-0.1539	-0.5254	-0.0958	-0.0075	-0.2234	0.0173	0.2873	-0.0787	-0.0423	0.4659	-0.0367	0.5151	16.7319	3.6214	-12.3314
5	2.8028	-4.4542	0.0864	8.7208	2.8221	6.6576	0.8101	1.2475	-0.3769	-2.7435	-0.6667	-1.0257	-0.5724	-0.1211	-0.6928	0.7926	-0.0729	0.2998	0.5782	-0.0685	0.8373	26.8325	6.3996	-20.7948
6	5.7536	-1.041	-2.1876	4.7631	-2.3461	8.7475	-0.044	-0.341	0.2297	-0.9576	0.0089	-1.4598	-0.3078	0.3502	0.2123	0.3144	-0.0159	0.1117	0.4449	0.0582	0.8756	24.9853	0.8635	-19.6053
7	3.8013	-0.4457	1.4637	5.1622	-0.9051	1.5867	-0.0061	0.1945	0.9137	-0.409	-0.1688	-1.0228	0.1132	0.293	0.0999	0.4351	0.007	0.1311	0.3733	0.0541	0.3397	52.5725	4.5884	46.6746
8	5.1505	0.6898	-0.0192	2.431	-2.3337	3.9413	-0.7406	0.3583	-0.2133	-1.0772	0.6073	0.0833	0.8795	0.3567	0.0409	0.5754	0.0575	0.1208	0.469	-0.017	0.5662	61.6471	-5.2032	46.8407
9	4.0507	-0.8391	1.0272	6.3055	-0.5049	2.72	0.0028	-0.6171	0.1937	0.3247	0.4275	-0.8678	-0.155	0.6975	0.0785	0.4603	-0.001	0.1362	0.5286	-0.0621	0.7073	57.8317	-5.3149	48.9771
10	3.522	-0.4092	1.0459	8.9952	-2.0833	1.6384	-0.0042	0.0086	0.1491	-1.5186	-0.2173	-0.2242	-0.001	-0.1411	-0.008	0.5153	-0.0506	0.1363	0.4807	-0.0524	0.4456	51.5199	-2.5269	46.2219
11	5.5657	-0.6133	1.7003	4.395	-2.7013	4.7662	0.4442	-0.4544	-0.0878	-2.0993	0.025	-0.018	0.0854	0.1645	-0.0347	0.7239	0.0148	0.11	0.4277	0.0698	0.4176	48.9902	-6.4747	35.402
12	4.7039	-1.74	1.6741	5.8726	1.9749	8.7768	0.4485	0.5946	-0.3356	-0.0177	-0.7434	0.3459	0.4639	-1.3391	0.2431	0.9072	-0.3319	0.0328	1.1914	0.1225	0.7723	39.9415	-4.8134	34.3416
13	4.1761	-2.3075	0.5636	6.4179	1.297	7.4455	-0.2521	0.1127	-0.2606	-0.6935	0.3045	-0.1079	-0.1694	-0.6517	0.04	0.566	-0.0648	0.086	0.6436	0.1066	0.3996	51.7643	1.9133	37.7173
14	5.7763	3.9955	-3.0145	5.2695	-1.6034	3.8414	-0.4806	2.3765	-1.0652	-0.4723	0.5921	-0.6155	0.9577	-1.3046	-0.1068	0.6074	-0.0969	-0.207	0.7959	0.1229	0.3087	38.1229	-9.7168	60.2652
15	8.8422	-3.9738	2.3661	5.7432	2.1689	3.9527	0.2017	0.997	0.8456	-0.129	0.2419	-1.1046	-0.5754	0.9142	-0.1901	0.7309	-0.0361	0.1272	0.5856	0.041	0.3796	57.3045	5.0775	60.6187
16	3.4157	3.1147	-0.129	8.1024	-1.5018	0.3099	0.8116	-1.1523	-0.1491	0.4394	-0.8941	0.7298	0.2957	0.6498	-0.1855	0.8607	-0.1336	-0.1008	1.2805	0.0985	0.6095	55.9384	-0.922	75.2968
17	5.8494	-2.6691	1.4786	3.7195	1.5548	8.6294	-0.47	0.0031	0.8518	1.577	0.1764	-1.1239	-1.045	0.3159	0.1639	0.4333	0.0646	-0.0984	0.5497	-0.2489	0.5521	57.0139	6.8354	67.9878
18	7.7606	-0.0703	-1.6708	4.6205	-0.4624	3.9457	0.3672	0.4071	0.2198	-0.8053	-0.1237	-1.2262	-0.031	0.698	-0.3652	0.4588	0.0628	-0.1571	0.7063	-0.1644	0.5939	54.3571	6.8747	64.6995
19	4.1211	-1.6099	-1.6869	5.5814	-0.4115	3.5913	0.3947	0.8055	-0.2718	0.7482	-0.9739	0.6069	-0.8328	-0.4073	0.4219	0.4726	0.0014	-0.1429	0.4087	-0.0399	0.3342	47.3712	4.1932	64.3625
20	8.5338	5.7133	-3.1059	4.7727	-3.2807	7.0801	0.8042	0.0931	1.1083	2.6355	-0.6449	1.6022	-0.1668	-0.5273	-0.0806	0.6656	-0.0623	0.1503	0.7112	0.0202	0.4081	40.4493	8.7106	72.2601
21	5.2026	-0.5345	-2.0899	3.9335	4	3.7467	-0.1676	0.1337	-0.0501	0.8294	0.1374	0.4008	-0.1849	0.1118	0.0507	0.5858	-0.0514	-0.0657	0.4126	0.0693	0.3872	41.7952	2.5929	71.757
22	3.1958	3.0217	-1.3149	6.9612	0.1374	1.3411	0.3196	-0.6251	0.2972	1.0242	0.0519	-0.4754	0.1532	0.4703	-0.2905	0.4639	0.0492	-0.1073	0.5637	-0.0563	0.4729	14.8262	2.9638	5.5721
23	1.8526	2.2596	-1.0301	2.8038	-1.306	1.0857	-0.1013	0.4575	0.1161	0.1891	-0.0479	-0.3255	0.2023	-0.0737	-0.0614	0.3275	0.0048	-0.0888	0.3673	-0.0124	0.4339	11.24	-5.9244	4.9376
24	7.3594	6.9607	0.9894	7.8699	2.7396	4.4587	0.1044	0.8259	1.079	2.9517	-0.1687	-0.8573	0.0175	0.7257	-0.2948	1.0708	0.0433	-0.3762	0.6239	0.009	0.8238	18.5913	-8.1739	16.7395
25	1.1131	-0.0168	-2.1078	4.1637	-3.9198	7.0726	-0.9351	-0.6706	-0.2104	1.5912	-1.9438	-0.4598	1.2598	1.364	0.7944	0.8574	-0.0131	-0.4025	0.7925	0.0028	0.8841	23.7531	1.7547	15.5294
26	3.7014	3.3165	-1.5519	3.432	0.2557	4.4027	-0.1107	-0.6585	-0.0109	1.694	-0.0679	0.0321	-0.3878	0.1605	0.558	0.6999	0.0791	-0.1367	0.5397	-0.0235	0.4892	11.0693	-2.1824	15.0639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 20 )	A	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 42 )	A	21 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 52 )	A	43 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 84 )	A	53 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 85 through 100 )	A	85 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 143 )	A	101 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 42 )	B	4 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 43 through 52 )	B	43 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 66 )	B	53 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 67 through 84 )	B	67 - 84
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 85 through 100 )	B	85 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 101 through 110 )	B	101 - 110
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 111 through 141 )	B	111 - 141
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 20 )	C	2 - 20
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 21 through 31 )	C	21 - 31
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 32 through 42 )	C	32 - 42
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 43 through 52 )	C	43 - 52
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 53 through 66 )	C	53 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 67 through 84 )	C	67 - 84
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 85 through 99 )	C	85 - 99
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 100 through 143 )	C	100 - 143
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 4 through 42 )	D	4 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 43 through 84 )	D	43 - 84
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 85 through 100 )	D	85 - 100
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 101 through 122 )	D	101 - 122
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 123 through 141 )	D	123 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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