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- PDB-6jys: GII.13/21 noroviruses recognize glycans with a terminal beta-gala... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jys
タイトルGII.13/21 noroviruses recognize glycans with a terminal beta-galactose via an unconventional glycan binding site
要素human norovirus P protein
キーワードVIRAL PROTEIN / human noroviruses / histo-blood group antigens / glycan / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / THREONINE / human norovirus P protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human norovirus - Alphatron (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.697 Å
データ登録者Duan, Z. / Xin, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)no.2018ZA10711-001 and no.2017ZX10104001 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: GII.13/21 Noroviruses Recognize Glycans with a Terminal beta-Galactose via an Unconventional Glycan Binding Site.
著者: Cong, X. / Sun, X.M. / Qi, J.X. / Li, H.B. / Chai, W.G. / Zhang, Q. / Wang, H. / Kong, X.Y. / Song, J. / Pang, L.L. / Jin, M. / Li, D.D. / Tan, M. / Duan, Z.J.
履歴
登録2019年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / Item: _struct_conn.pdbx_role

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human norovirus P protein
B: human norovirus P protein
C: human norovirus P protein
D: human norovirus P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4799
ポリマ－135,6234
非ポリマー1,8565
水29,4371634
1
A: human norovirus P protein
D: human norovirus P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5784
ポリマ－67,8122
非ポリマー7672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
2
B: human norovirus P protein
ヘテロ分子

C: human norovirus P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9015
ポリマ－67,8122
非ポリマー1,0893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
Buried area5790 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.728, 99.695, 221.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
human norovirus P protein


分子量: 33905.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human norovirus - Alphatron (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: A0A509GV48*PLUS
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DGlcpNAcb1-6]DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.697→50 Å / Num. obs: 144550 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 14.16 Å2 / Net I/σ(I): 19.652
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.697→48.635 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 7153 4.97 %
Rwork0.1649 --
obs0.166 143826 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.92 Å2 / Biso mean: 18.9656 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.697→48.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9584 0 114 1634 11332
Biso mean--25.65 27.49 -
残基数----1233
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6966-1.71590.29031990.22773853405283
1.7159-1.73610.26142330.21754284451791
1.7361-1.75720.27571980.21714328452693
1.7572-1.77950.2342230.20444420464393
1.7795-1.80290.23922340.18614356459093
1.8029-1.82760.23172320.18174427465994
1.8276-1.85370.2222320.17954409464194
1.8537-1.88140.20362340.18894415464995
1.8814-1.91080.2122280.18934452468094
1.9108-1.94210.20872280.18984435466395
1.9421-1.97560.20812080.18354542475096
1.9756-2.01150.21112460.17794458470495
2.0115-2.05020.20142160.1684474469095
2.0502-2.0920.222340.17024526476095
2.092-2.13750.19112640.17044451471596
2.1375-2.18730.1842620.16784533479596
2.1873-2.2420.19412440.1654586483097
2.242-2.30260.192620.17184551481397
2.3026-2.37030.20822130.16914633484697
2.3703-2.44680.19592620.16874636489898
2.4468-2.53430.20282390.17114694493399
2.5343-2.63570.16682160.17084722493899
2.6357-2.75570.18612570.16764714497199
2.7557-2.9010.17012710.16934694496599
2.901-3.08270.20382490.16584723497299
3.0827-3.32060.17762680.156547605028100
3.3206-3.65470.16882550.149647935048100
3.6547-4.18330.1412440.139148495093100
4.1833-5.26950.1542380.126748885126100
5.2695-48.65460.172640.16015067533199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2972-0.1518-0.02830.24280.12650.4445-0.0229-0.01170.01860.00040.02190.0059-0.0226-0.0297-0.0070.0488-0.00420.00690.0617-0.00260.0607-34.01371.17866.4819
20.31430.12220.12050.0602-0.06310.75730.02040.01110.01250.0204-0.0238-0.0087-0.1210.01-0.0060.1028-0.0011-0.00130.03470.01170.0671-44.4097-32.054548.7912
30.3439-0.0478-0.13250.18560.21010.67020.01160.0085-0.0050.0041-0.00520.00630.11450.06240.01830.09740.00840.00810.04820.0030.0692-5.4543-3.456657.6426
40.3374-0.0099-0.00460.4321-0.17470.2996-0.008-0.02050.04810.01590.0264-0.0540.00510.05850.07040.0332-00.01290.0692-0.01290.0716-12.4499-9.73279.6999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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