PDB-6jyo: GII.13/21 noroviruses recognize glycans with a terminal beta-gala...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jyo

タイトル

GII.13/21 noroviruses recognize glycans with a terminal beta-galactose via an unconventional glycan binding site

要素

norovirus P domain protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / human noroviruses / histo-blood group antigens / glycan / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human norovirus - Alphatron (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Duan, Z. / Xin, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: GII.13/21 Noroviruses Recognize Glycans with a Terminal beta-Galactose via an Unconventional Glycan Binding Site.
著者: Cong, X. / Sun, X.M. / Qi, J.X. / Li, H.B. / Chai, W.G. / Zhang, Q. / Wang, H. / Kong, X.Y. / Song, J. / Pang, L.L. / Jin, M. / Li, D.D. / Tan, M. / Duan, Z.J.

履歴

登録	2019年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jyo.cif.gz	502 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jyo.ent.gz	411.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jyo_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jyo_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	6jyo_validation.xml.gz	61.6 KB	表示
CIF形式データ	6jyo_validation.cif.gz	93.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jynC 6jyrC 6jysC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jyn-1 6gw1-d 6jyr-1 5hza-d 5iyr-d 5f4m-d 1uvn-1 5kon-d 4rm0-d 4z4z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: norovirus P domain protein

B: norovirus P domain protein

C: norovirus P domain protein

D: norovirus P domain protein

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: norovirus P domain protein

C: norovirus P domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: norovirus P domain protein

D: norovirus P domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.642, 105.667, 138.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-448- HOH
2	1	B-510- HOH
3	1	C-511- HOH
4	1	C-757- HOH
5	1	D-735- HOH

#1: タンパク質	norovirus P domain protein 分子量: 33907.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human norovirus - Alphatron (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: A0A509GV46*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8 percent Tacsimate pH 8, 20% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 203722 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.15 Å² / Net I/σ(I): 22.114
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.502→49.35 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	10095	5 %
R_work	0.1881	191784	-
obs	0.1887	201879	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.49 Å² / B_iso mean: 19.7829 Å² / B_iso min: 5.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.502→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9569	0	0	1632	11201
B_iso mean	-	-	-	27.73	-
残基数	-	-	-	-	1234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	13482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.756	3522

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5017-1.5187	0.2945	301	0.2693	5217	5518	82
1.5187-1.5366	0.3092	301	0.268	5942	6243	93
1.5366-1.5554	0.2623	322	0.2446	6268	6590	98
1.5554-1.575	0.2504	295	0.2362	6376	6671	99
1.575-1.5958	0.2596	344	0.2288	6403	6747	100
1.5958-1.6176	0.2583	345	0.2371	6365	6710	100
1.6176-1.6407	0.2493	348	0.2263	6373	6721	100
1.6407-1.6652	0.2476	310	0.2196	6448	6758	100
1.6652-1.6913	0.2387	310	0.2156	6473	6783	100
1.6913-1.719	0.228	310	0.2107	6395	6705	100
1.719-1.7486	0.2352	333	0.2109	6378	6711	100
1.7486-1.7804	0.231	351	0.2091	6404	6755	100
1.7804-1.8147	0.2161	340	0.197	6424	6764	100
1.8147-1.8517	0.2086	333	0.1945	6417	6750	100
1.8517-1.892	0.2163	326	0.1996	6470	6796	100
1.892-1.936	0.2375	363	0.2036	6378	6741	100
1.936-1.9844	0.213	375	0.1965	6420	6795	100
1.9844-2.0381	0.2077	327	0.185	6459	6786	100
2.0381-2.098	0.2128	326	0.1872	6471	6797	100
2.098-2.1658	0.2046	330	0.1901	6428	6758	100
2.1658-2.2432	0.2008	346	0.1856	6474	6820	100
2.2432-2.333	0.194	352	0.1861	6419	6771	100
2.333-2.4391	0.198	334	0.1928	6478	6812	100
2.4391-2.5677	0.1959	372	0.1922	6443	6815	100
2.5677-2.7286	0.2038	331	0.1901	6494	6825	100
2.7286-2.9393	0.1803	375	0.186	6502	6877	100
2.9393-3.235	0.18	341	0.1781	6527	6868	100
3.235-3.703	0.1735	350	0.166	6559	6909	100
3.703-4.6648	0.1535	351	0.1476	6566	6917	99
4.6648-49.3766	0.1715	353	0.1729	6813	7166	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2042	-0.0323	0.1216	0.2745	-0.242	0.6281	-0.008	-0.0372	0.0179	0.0551	0.0194	0.0556	0.0423	-0.0245	0.0044	0.0981	-0.0149	0.0249	0.0998	-0.0075	0.0783	1.7824	24.7336	60.1441
2	0.2627	0.0278	-0.0649	0.3682	-0.1847	0.3904	0.0101	0.0182	-0.0477	-0.0281	-0.0074	0.0378	0.0068	0.0054	-0.0028	0.0566	0.0014	-0.0036	0.0632	-0.0032	0.0807	45.3303	27.8227	9.292
3	0.1426	-0.0902	-0.0473	0.5787	0.2772	0.3656	0.006	0.0046	0.0427	-0.0566	0.0149	-0.0479	-0.0319	0.0422	0.007	0.0696	-0.0187	0.0114	0.0874	0.0013	0.0787	11.978	27.5489	38.2568
4	0.0666	0.0099	0.0957	0.4583	0.3386	1.0118	-0.0126	-0.0246	-0.0547	-0.0082	-0.0142	-0.0181	-0.0527	0.1047	-0.0316	0.0561	-0.0018	0.0006	0.0794	0.0148	0.0884	57.0253	25.4934	30.5413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	3 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	3 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	3 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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