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- PDB-6jx6: Tetrameric form of Smac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jx6
タイトルTetrameric form of Smac
要素Diablo homolog, mitochondrial
キーワードAPOPTOSIS / Smac
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway ...activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Diablo IAP-binding mitochondrial protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.805 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Singh, S. / Ng, J. / Nayak, D.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)R-154-000-B03-112 シンガポール
Ministry of Education (Singapore)R154-000-A72-114 シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into a HECT-type E3 ligase AREL1 and its ubiquitination activitiesin vitro.
著者: Singh, S. / Ng, J. / Nayak, D. / Sivaraman, J.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diablo homolog, mitochondrial
B: Diablo homolog, mitochondrial
C: Diablo homolog, mitochondrial
D: Diablo homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1484
ポリマ－83,1484
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area31820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.195, 85.403, 114.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Diablo homolog, mitochondrial / Direct IAP-binding protein with low pI / Second mitochondria-derived activator of caspase / Smac


分子量: 20787.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIABLO, SMAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR28

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200mM Potassium Phosphate Monobasic, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.6 Å / Num. obs: 19689 / % possible obs: 96.63 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 65.57 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.805→2.905 Å / Num. unique obs: 1880 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.202

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G73

1g73


解像度: 2.805→47.6 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 1014 5.15 %
Rwork0.2162 --
obs0.2186 19688 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.805→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4638 0 0 0 4638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8876414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1252876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.805-2.95290.3181460.25342570X-RAY DIFFRACTION95
2.9529-3.13790.30481540.22722651X-RAY DIFFRACTION99
3.1379-3.38010.28241370.21622724X-RAY DIFFRACTION99
3.3801-3.72010.30371430.22042694X-RAY DIFFRACTION98
3.7201-4.25810.24171560.20992712X-RAY DIFFRACTION99
4.2581-5.36360.26421470.20562707X-RAY DIFFRACTION97
5.3636-47.60680.23241310.21662616X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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