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万見
- EMDB-22286: Cryo-EM structure of human ZnT8 WT, in the presence of zinc, dete... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22286
タイトルCryo-EM structure of human ZnT8 WT, in the presence of zinc, determined in outward-facing conformation
マップデータCryo-EM structure of human ZnT8 WT, in the presence of zinc, determined in outward-facing conformation
試料
  • 複合体: Human Znt8 WT in the presence of zinc
    • タンパク質・ペプチド: Zinc transporter 8
  • リガンド: ZINC ION
キーワードZnT8 / zinc transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion import across plasma membrane / insulin processing / zinc ion import into organelle / zinc:proton antiporter activity / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / zinc ion transport / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / intracellular zinc ion homeostasis ...zinc ion import across plasma membrane / insulin processing / zinc ion import into organelle / zinc:proton antiporter activity / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / zinc ion transport / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / intracellular zinc ion homeostasis / insulin secretion / response to zinc ion / transport vesicle membrane / Insulin processing / response to type II interferon / response to glucose / response to interleukin-1 / secretory granule membrane / secretory granule / positive regulation of insulin secretion / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-coupled zinc antiporter SLC30A8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Bai XC / Xue J
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of human ZnT8 in both outward- and inward-facing conformations.
著者: Jing Xue / Tian Xie / Weizhong Zeng / Youxing Jiang / Xiao-Chen Bai /
要旨: ZnT8 is a Zn/H antiporter that belongs to SLC30 family and plays an essential role in regulating Zn accumulation in the insulin secretory granules of pancreatic β cells. However, the Zn/H exchange ...ZnT8 is a Zn/H antiporter that belongs to SLC30 family and plays an essential role in regulating Zn accumulation in the insulin secretory granules of pancreatic β cells. However, the Zn/H exchange mechanism of ZnT8 remains unclear due to the lack of high-resolution structures. Here, we report the cryo-EM structures of human ZnT8 (HsZnT8) in both outward- and inward-facing conformations. HsZnT8 forms a dimeric structure with four Zn binding sites within each subunit: a highly conserved primary site in transmembrane domain (TMD) housing the Zn substrate; an interfacial site between TMD and C-terminal domain (CTD) that modulates the Zn transport activity of HsZnT8; and two adjacent sites buried in the cytosolic domain and chelated by conserved residues from CTD and the His-Cys-His (HCH) motif from the N-terminal segment of the neighboring subunit. A comparison of the outward- and inward-facing structures reveals that the TMD of each HsZnT8 subunit undergoes a large structural rearrangement, allowing for alternating access to the primary Zn site during the transport cycle. Collectively, our studies provide the structural insights into the Zn/H exchange mechanism of HsZnT8.
履歴
登録2020年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xpe
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of human ZnT8 WT, in the presence of zinc, determined in outward-facing conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 200 pix.
= 166. Å		0.83 Å/pix.
x 200 pix.
= 166. Å		0.83 Å/pix.
x 200 pix.
= 166. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.019755958 - 0.046138734
平均 (標準偏差)0.0007205462 (±0.0028168308)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 166.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z166.000166.000166.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ440440440
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0200.0460.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Znt8 WT in the presence of zinc

全体名称: Human Znt8 WT in the presence of zinc
要素
  • 複合体: Human Znt8 WT in the presence of zinc
    • タンパク質・ペプチド: Zinc transporter 8
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human Znt8 WT in the presence of zinc

超分子名称: Human Znt8 WT in the presence of zinc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Insulin secretory granule
分子量理論値: 35 KDa

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分子 #1: Zinc transporter 8

分子名称: Zinc transporter 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.088129 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYHCHSGSKP TEKGANEYAY AKWKLCSASA ICFIFMIAEV VGGHIAGSLA VVTDAAHLLI DLTSFLLSLF SLWLSSKPPS KRLTFGWHR AEILGALLSI LCIWVVTGVL VYLACERLLY PDYQIQATVM IIVSSCAVAA NIVLTVVLHQ RCLGHNHKEV Q ANASVRAA ...文字列:
MYHCHSGSKP TEKGANEYAY AKWKLCSASA ICFIFMIAEV VGGHIAGSLA VVTDAAHLLI DLTSFLLSLF SLWLSSKPPS KRLTFGWHR AEILGALLSI LCIWVVTGVL VYLACERLLY PDYQIQATVM IIVSSCAVAA NIVLTVVLHQ RCLGHNHKEV Q ANASVRAA FVHALGDLFQ SISVLISALI IYFKPEYKIA DPICTFIFSI LVLASTITIL KDFSILLMEG VPKSLNYSGV KE LILAVDG VLSVHSLHIW SLTMNQVILS AHVATAASRD SQVVRREIAK ALSKSFTMHS LTIQMESPVD QDPDCLFCED PCD

UniProtKB: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A8

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 419917
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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