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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6juq | ||||||
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タイトル | mutant PolIV-DNA incoming nucleotide complex 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / DNA polymerase / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding ...DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
データ登録者 | Nair, D.T. / Johnson, M.K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: A polar filter in DNA polymerases prevents ribonucleotide incorporation. 著者: Johnson, M.K. / Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6juq.cif.gz | 360.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6juq.ent.gz | 288.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6juq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6juq_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6juq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6juq_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6juq_validation.cif.gz | 42.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6juq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6juq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA polymerase ... , 2種, 2分子 FA
#1: タンパク質 | 分子量: 38346.426 Da / 分子数: 1 / 変異: F13A, T43C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: dinB, dbh, dinB_1, dinB_2, A8C65_11955, A9R57_12995, ACU57_05495, AML35_26730, AUQ13_19210, BANRA_02184, BANRA_03427, BET08_31995, BHS87_01175, BJJ90_21040, BMT91_15875, BUE81_28425, C5N07_ ...遺伝子: dinB, dbh, dinB_1, dinB_2, A8C65_11955, A9R57_12995, ACU57_05495, AML35_26730, AUQ13_19210, BANRA_02184, BANRA_03427, BET08_31995, BHS87_01175, BJJ90_21040, BMT91_15875, BUE81_28425, C5N07_13800, C9E25_22940, CA593_02435, CRM83_14635, CV83915_01335, CWS33_23695, D0X26_15110, D2185_22400, D3O91_23685, D3Y67_06560, D9D20_20085, D9D69_23735, D9E22_12045, D9F57_19765, D9H66_20200, D9H68_19465, D9I18_13635, D9J11_18290, D9J11_27145, D9J44_21795, DNQ41_05075, DTL43_23485, EAI44_14085, EAI52_15440, EC1094V2_3597, EC3234A_186c00130, EC3426_01008, EC382_20155, EC382_27145, ECTO6_03825, EEP23_17825, EFV02_01800, EFV04_12320, EFV12_23405, EFV17_17010, ERS085365_04420, ERS139211_04423, ERS150873_03537, HW43_04975, NCTC10865_04963, NCTC11022_04998, NCTC11126_03759, NCTC13148_06847, NCTC13462_02133, NCTC8985_02971, NCTC9037_04075, NCTC9045_04586, NCTC9058_02901, NCTC9062_04328, NCTC9073_03243, NCTC9117_04957, NCTC9706_01202, RK56_027425, SAMEA3472043_03017, SAMEA3472047_03125, SAMEA3472070_01946, SAMEA3484427_04943, SAMEA3484429_04916, SAMEA3752557_00095, SAMEA3752559_04620, SAMEA3753300_00345, SK85_00262, WQ89_22460, WR15_21380 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W8STT9, UniProt: Q47155*PLUS, DNA-directed DNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 38289.375 Da / 分子数: 1 / 変異: F13A, T43C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: dinB, dbh, dinB_1, dinB_2, A8C65_11955, A9R57_12995, ACU57_05495, AML35_26730, AUQ13_19210, BANRA_02184, BANRA_03427, BET08_31995, BHS87_01175, BJJ90_21040, BMT91_15875, BUE81_28425, C5N07_ ...遺伝子: dinB, dbh, dinB_1, dinB_2, A8C65_11955, A9R57_12995, ACU57_05495, AML35_26730, AUQ13_19210, BANRA_02184, BANRA_03427, BET08_31995, BHS87_01175, BJJ90_21040, BMT91_15875, BUE81_28425, C5N07_13800, C9E25_22940, CA593_02435, CRM83_14635, CV83915_01335, CWS33_23695, D0X26_15110, D2185_22400, D3O91_23685, D3Y67_06560, D9D20_20085, D9D69_23735, D9E22_12045, D9F57_19765, D9H66_20200, D9H68_19465, D9I18_13635, D9J11_18290, D9J11_27145, D9J44_21795, DNQ41_05075, DTL43_23485, EAI44_14085, EAI52_15440, EC1094V2_3597, EC3234A_186c00130, EC3426_01008, EC382_20155, EC382_27145, ECTO6_03825, EEP23_17825, EFV02_01800, EFV04_12320, EFV12_23405, EFV17_17010, ERS085365_04420, ERS139211_04423, ERS150873_03537, HW43_04975, NCTC10865_04963, NCTC11022_04998, NCTC11126_03759, NCTC13148_06847, NCTC13462_02133, NCTC8985_02971, NCTC9037_04075, NCTC9045_04586, NCTC9058_02901, NCTC9062_04328, NCTC9073_03243, NCTC9117_04957, NCTC9706_01202, RK56_027425, SAMEA3472043_03017, SAMEA3472047_03125, SAMEA3472070_01946, SAMEA3484427_04943, SAMEA3484429_04916, SAMEA3752557_00095, SAMEA3752559_04620, SAMEA3753300_00345, SK85_00262, WQ89_22460, WR15_21380 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W8STT9, UniProt: Q47155*PLUS, DNA-directed DNA polymerase |
-DNA鎖 , 3種, 4分子 GBHC
#2: DNA鎖 | 分子量: 5204.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: DNA鎖 | | 分子量: 4281.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #5: DNA鎖 | | 分子量: 4610.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 3種, 20分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MN / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: MDP 1%, Phosphate buffer ph 4.7 / PH範囲: 4.4-5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→86.01 Å / Num. obs: 28806 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.89 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 4105 / CC1/2: 0.475 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IRC 解像度: 2.74→86.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU ML: 0.482 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.384
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.74→86.01 Å
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拘束条件 |
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