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- PDB-6jum: MsDpo4-DNA complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jum
タイトルMsDpo4-DNA complex 2
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードREPLICATION/DNA / DNA polymerase / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...: / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KX / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Nair, D.T. / Johnson, M.J.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)intramural インド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: A polar filter in DNA polymerases prevents ribonucleotide incorporation.
著者: Johnson, M.K. / Kottur, J. / Nair, D.T.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
F: DNA polymerase IV
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,42712
ポリマ－97,3986
非ポリマー1,0306
水12,502694
1
A: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2146
ポリマ－48,6993
非ポリマー5153
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
2
F: DNA polymerase IV
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2146
ポリマ－48,6993
非ポリマー5153
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.020, 80.960, 211.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 37681.809 Da / 分子数: 2 / 変異: C47T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: dinB, MSMEG_1014, MSMEG_2294 / Variant: ATCC 700084 / mc(2)155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: A0QR77, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5508.553 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer / 由来: (合成) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-0KX / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine


分子量: 466.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H17N4O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2KMME 12%, NaCl 0.2 mM, Bis Tris Propane pH 6.0.
PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→105.81 Å / Num. obs: 89850 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 10 % / Num. unique obs: 12978 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JUL

6jul


解像度: 1.78→80.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.245 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23377 4626 5.2 %RANDOM
Rwork0.19524 ---
obs0.19724 85085 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0 Å20 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→80.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5292 882 60 694 6928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0186430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2451.8518947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.26313192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2345692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36122.811217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05215875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9671554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5721.4062774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5721.4042773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5492.0963464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5492.0993465
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4722.1443656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4712.1443655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8023.1325484
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.16821.4467596
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.02820.317373
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 352 -
Rwork0.281 6180 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54890.69640.32821.04850.22290.6943-0.02270.0223-0.0501-0.0037-0.02090.0214-0.04580.0560.04360.12820.01-0.01450.162-0.02280.1672-14.0297-61.481723.0297
21.4335-0.066-0.40120.04620.12080.37390.01060.0782-0.2865-0.0181-0.0118-0.0261-0.0914-0.02420.00110.1260.0116-0.01720.1744-0.01150.2161-38.8312-61.602128.429
30.23660.1206-0.12060.48320.11810.14120.0037-0.0097-0.0349-0.0325-0.0001-0.0096-0.0250.0125-0.00360.188-0.00850.00220.17830.00660.1384-37.1837-38.997830.5408
40.89440.21470.61230.7059-0.73251.6587-0.04190.12820.01750.0623-0.0801-0.026-0.12980.18860.1220.1805-0.0442-0.03230.23040.01960.1152-23.0539-44.7869-0.3429
51.05541.3762-0.50961.8034-0.66390.24820.1354-0.02690.0650.2246-0.07570.1088-0.08420.0327-0.05970.29340.0645-0.06330.2483-0.0350.1008-28.2293-39.924213.0504
60.87670.57660.5720.39240.32530.8262-0.0726-0.07780.0636-0.0815-0.00330.01580.0925-0.09970.07590.1419-0.0220.00940.2123-0.06760.1289-24.5148-18.705146.7115
70.6164-0.4635-0.22410.42810.12430.3246-0.0358-0.16410.0291-0.06150.0605-0.04680.00510.0893-0.02460.14250.01220.00910.235-0.04370.13650.2963-23.633150.9433
80.225-0.05290.07280.29310.21420.21970.0083-0.0087-0.0733-0.0677-0.01660.0729-0.0580.01570.00830.16780.011-0.0140.1843-0.02150.1684-1.8602-36.535532.6874
91.18460.38540.32450.5326-0.45550.9948-0.02570.03690.0198-0.0790.01570.01320.06740.01160.00990.1853-0.00680.00540.1376-0.00470.1125-13.5262-8.040920.2971
100.6216-0.1451-0.03710.0360.01210.01760.0624-0.02320.0866-0.00130.003-0.02730.02030.0036-0.06540.20780.0012-0.0280.13350.00510.1728-9.7964-22.38726.3061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2A80 - 170
4X-RAY DIFFRACTION3A171 - 244
5X-RAY DIFFRACTION4A245 - 347
6X-RAY DIFFRACTION5B838 - 850
7X-RAY DIFFRACTION5C864 - 873
8X-RAY DIFFRACTION6F11 - 79
9X-RAY DIFFRACTION7F1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION7F80 - 170
11X-RAY DIFFRACTION8F171 - 244
12X-RAY DIFFRACTION9F245 - 347
13X-RAY DIFFRACTION10G838 - 849
14X-RAY DIFFRACTION10H866 - 873

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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