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- PDB-6jt6: Crystal structure of cytochrome b domain of Pyranose Dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jt6
タイトルCrystal structure of cytochrome b domain of Pyranose Dehydrogenase from Coprinopsis cinerea
要素Extracellular PQQ-dependent sugar dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sugar dehydrogenase / AA family 8 / quinohemoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の電子受容体を用いる / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / TrAA12-like / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily ...Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / TrAA12-like / DOMON domain / Possible catecholamine-binding domain present in a variety of eukaryotic proteins. / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Pyrroloquinoline quinone-dependent pyranose dehydrogenase / Pyrroloquinoline quinone-dependent pyranose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Takeda, K. / Ishida, T. / Yoshida, M. / Samejima, M. / Ohno, H. / Igarashi, K. / Nakamura, N.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K17703 日本
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic and CytochromebDomains in a Eukaryotic Pyrroloquinoline Quinone-Dependent Dehydrogenase.
著者: Takeda, K. / Ishida, T. / Yoshida, M. / Samejima, M. / Ohno, H. / Igarashi, K. / Nakamura, N.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32020年4月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation_author / Item: _chem_comp.type / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular PQQ-dependent sugar dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2646
ポリマ－21,1311
非ポリマー1,1335
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.138, 59.741, 40.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Extracellular PQQ-dependent sugar dehydrogenase


分子量: 21131.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: CcSDH / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: A0A0A8IDB7, UniProt: A8P0V4*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 159分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 40% MPD, 5mM Tris-HCl pH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12797 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 1999 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D7D

1d7d


解像度: 2→39.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.945 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.157
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 638 5 %RANDOM
Rwork0.1543 ---
obs0.1569 12122 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.59 Å2 / Biso mean: 23.524 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 0 77 155 1716
Biso mean--30.44 41.38 -
残基数----195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9872230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2285194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69322.68767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14915198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7861510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211294
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 45 -
Rwork0.195 864 -
obs--93.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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