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- PDB-6jrp: Crystal structure of CIC-HMG-ETV5-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jrp
タイトルCrystal structure of CIC-HMG-ETV5-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')
  • Protein capicua homolog
キーワードTRANSCRIPTION / repressor / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lung alveolus development / social behavior / learning / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / memory / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle ...lung alveolus development / social behavior / learning / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / memory / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4819 / Domain of unknown function (DUF4819) / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily ...Domain of unknown function DUF4819 / Domain of unknown function (DUF4819) / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein capicua homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Song, J.J. / Lee, H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016K1A1A2912057 韓国
National Research Foundation (Korea)2016R1A2B3006293 韓国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of Capicua HMG-box domain complexed with the ETV5-DNA and its implications for Capicua-mediated cancers.
著者: Lee, H. / Song, J.J.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein capicua homolog
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')
D: Protein capicua homolog
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')
G: Protein capicua homolog
H: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')
J: Protein capicua homolog
K: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,33412
ポリマ－66,33412
非ポリマー00
水00
1
A: Protein capicua homolog
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5843
ポリマ－16,5843
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
2
D: Protein capicua homolog
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5843
ポリマ－16,5843
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
3
G: Protein capicua homolog
H: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5843
ポリマ－16,5843
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8060 Å2
手法PISA
4
J: Protein capicua homolog
K: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5843
ポリマ－16,5843
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.082, 66.082, 158.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Protein capicua homolog


分子量: 9880.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIC, KIAA0306
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q96RK0
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3414.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量: 3289.169 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate, PEG3350, Bis-tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.9778, 0.9785
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97781
20.97851
反射

Entry-ID: 6JRP / Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 10.5 % / % possible obs: 100 % / 解像度: 3→50 Å

Num. obsRmerge(I) obsNet I/σ(I)
154740.10926.56
155420.10325.48
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.704 / Num. unique obs: 727

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→38.791 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 38.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3343 1521 9.93 %
Rwork0.2968 --
obs0.3006 15323 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 1784 0 0 4360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0676656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.0481844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0004-3.09720.45931390.36441193X-RAY DIFFRACTION97
3.0972-3.20790.39611320.32861213X-RAY DIFFRACTION98
3.2079-3.33620.3671420.28071268X-RAY DIFFRACTION99
3.3362-3.4880.3561350.29661299X-RAY DIFFRACTION100
3.488-3.67170.32041390.29731260X-RAY DIFFRACTION100
3.6717-3.90160.35541460.27931240X-RAY DIFFRACTION100
3.9016-4.20250.32661360.31421255X-RAY DIFFRACTION100
4.2025-4.62480.30361420.29251272X-RAY DIFFRACTION100
4.6248-5.29260.28991380.27951261X-RAY DIFFRACTION100
5.2926-6.66260.31410.28081270X-RAY DIFFRACTION100
6.6626-38.79460.30891310.29381271X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4356 Å / Origin y: -72.1185 Å / Origin z: -9.1999 Å
111213212223313233
T0.0766 Å20.2409 Å20.1348 Å2-0.2558 Å2-0.085 Å2--0.0484 Å2
L0.0923 °2-0.025 °2-0.0762 °2-0.2377 °20.0697 °2--0.0471 °2
S0.0538 Å °-0.0914 Å °0.0535 Å °-0.185 Å °-0.0608 Å °-0.095 Å °0.056 Å °0.0385 Å °0.1101 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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