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万見
- PDB-6jqx: Crystal structure of a hydrogenase from Trichosporon moniliiforme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jqx
タイトルCrystal structure of a hydrogenase from Trichosporon moniliiforme
要素Salicylate decarboxylase
キーワードHYDROLASE / Structure function / Salicylate / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate decarboxylase / secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYBENZOIC ACID / Salicylate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.672 Å
データ登録者Qin, H.M. / Chen, X.T.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Salicylic Acid Decarboxylase Reveals a Unique Substrate Recognition Mode and Access Channel.
著者: Gao, X. / Wu, M. / Zhang, W. / Li, C. / Guo, R.T. / Dai, Y. / Liu, W. / Mao, S. / Lu, F. / Qin, H.M.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate decarboxylase
B: Salicylate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7216
ポリマ－80,3142
非ポリマー4074
水15,241846
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.113, 93.863, 128.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))
21(chain B and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))AA-1 - 2401 - 242
12HISHISGLUGLU(chain A and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))AA242 - 349244 - 351
13SALSALSALSAL(chain A and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))AC401
21GLYGLYPHEPHE(chain B and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))BB-1 - 2401 - 242
22HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))BB242 - 349244 - 351
23SALSALSALSAL(chain B and (resid -1 through 240 or resid 242 through 349 or resid 401))BE401

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要素

#1: タンパク質 Salicylate decarboxylase / Salicylic acid decarboxylase


分子量: 40157.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類)
遺伝子: sdc / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CT50, salicylate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400, NaCl / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→25 Å / Num. obs: 81338 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.721 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.67-1.7360.60580130.8480.2620.6620.51699.9
1.73-1.87.30.51880330.9140.2030.5570.554100
1.8-1.887.70.37480500.9590.1430.40.608100
1.88-1.987.80.26580500.9780.10.2840.707100
1.98-2.17.90.18580680.9870.0690.1980.841100
2.1-2.2780.14580890.9920.0540.1550.97100
2.27-2.4980.11181000.9940.0410.1190.802100
2.49-2.858.10.0981610.9960.0330.0960.752100
2.85-3.598.20.07382460.9970.0270.0770.834100
3.59-257.90.05785280.9980.0210.0610.54399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dvt

2dvt


解像度: 1.672→24.775 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1735 2000 2.46 %
Rwork0.1545 --
obs0.155 81249 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.75 Å2 / Biso mean: 19.3099 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.672→24.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5664 0 22 846 6532
Biso mean--28.25 31.65 -
残基数----703
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2119X-RAY DIFFRACTION6.545TORSIONAL
12B2119X-RAY DIFFRACTION6.545TORSIONAL
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.6 Å / Origin y: 1.652 Å / Origin z: 3.261 Å
111213212223313233
T0.2697 Å20.0043 Å2-0.0074 Å2-0.067 Å20.01 Å2--0.0343 Å2
L0.1906 °2-0.0174 °2-0.0373 °2-0.6079 °20.2319 °2--0.6192 °2
S0.0048 Å °-0.0083 Å °0.0074 Å °0.0293 Å °-0.0164 Å °0.0104 Å °-0.0287 Å °-0.0071 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 350
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION1B-1 - 349
4X-RAY DIFFRACTION1B401
5X-RAY DIFFRACTION1A402
6X-RAY DIFFRACTION1B402
7X-RAY DIFFRACTION1A501 - 951
8X-RAY DIFFRACTION1B501 - 895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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