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Yorodumi- PDB-4ni8: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ni8 | ||||||
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Title | Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from Sphingomonas paucimobilis complexed with Mn and 5-methoxyisophtalic acid | ||||||
Components | 5-carboxyvanillate decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / amidohydrolase fold / 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW / 5-methoxyisophtalic acid | ||||||
Function / homology | Function and homology information secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sphingomonas paucimobilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64 Å | ||||||
Authors | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from Sphingomonas paucimobilis complexed with Mn and 5-methoxyisophtalic acid Authors: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ni8.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ni8.ent.gz | 932.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ni8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ni8_validation.pdf.gz | 510 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ni8_full_validation.pdf.gz | 518.8 KB | Display | |
Data in XML | 4ni8_validation.xml.gz | 116.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ni8_validation.cif.gz | 175.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4ni8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4ni8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4icmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 37071.203 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphingomonas paucimobilis (bacteria) / Gene: ligW / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8RJ47 |
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-Non-polymers , 5 types, 2732 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-1WB / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20% PEG 10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 4, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.64→39.974 Å / Num. all: 308155 / Num. obs: 308155 / % possible obs: 95.75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4ICM Resolution: 1.64→39.97 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / Phase error: 17.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→39.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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