PDB-6jox: triosephosphate isomerase-scylla paramamosain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jox

タイトル

triosephosphate isomerase-scylla paramamosain

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / triosephosphate isomerase / allergen / blue crab / food allergy

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / IgE binding / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Scylla paramamosain (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Xia, F. / Jin, T.

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure Analysis and Conformational Epitope Mutation of Triosephosphate Isomerase, a Mud Crab Allergen.
著者: Xia, F. / Li, M.S. / Liu, Q.M. / Liu, M. / Yang, Y. / Cao, M.J. / Chen, G.X. / Jin, T. / Liu, G.M.

履歴

登録	2019年3月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jox.cif.gz	207.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jox.ent.gz	166.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jox_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jox_full_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示
XML形式データ	6jox_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	6jox_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/6jox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/6jox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eywS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wje-d 1amk-d 2y62-d 4o53-d 4o54-d 1kdp-1 1n55-d 3pee-2 6nxr-d 4o52-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

B: Triosephosphate isomerase

A: Triosephosphate isomerase

58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Triosephosphate isomerase

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Triosephosphate isomerase

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.712, 154.712, 52.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 29307.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scylla paramamosain (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L5YRA2, triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 22% PEG6000, 0.1M Citric Acid pH 4.6 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K / Ambient temp details: Nitrogen steam / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 66802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 20.01
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 8.8 % / Num. unique obs: 3313 / CC_1/2: 0.827 / R_pim(I) all: 0.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	5eyw	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EYW

5eyw

解像度: 1.803→44.662 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1791	3334	4.99 %
R_work	0.155	-	-
obs	0.1562	66755	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→44.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3730	0	0	328	4058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.773	5179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.564	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8029-1.8287	0.2161	136	0.2078	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8287-1.856	0.2335	137	0.1983	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.856-1.885	0.2301	141	0.179	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.9159	0.2207	140	0.1769	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9159-1.9489	0.1862	137	0.1606	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9489-1.9844	0.1903	136	0.1574	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9844-2.0225	0.153	141	0.1529	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0225-2.0638	0.177	133	0.1514	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0638-2.1087	0.1646	139	0.1449	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1087-2.1578	0.1944	134	0.1446	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1578-2.2117	0.1749	143	0.1398	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2117-2.2715	0.1919	138	0.1446	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2715-2.3383	0.1593	135	0.1418	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3383-2.4138	0.185	141	0.1472	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4138-2.5001	0.1892	135	0.1532	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5001-2.6002	0.1947	140	0.1518	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6002-2.7185	0.1828	134	0.1457	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7185-2.8618	0.1639	141	0.1444	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-3.0411	0.1587	138	0.1443	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0411-3.2758	0.1828	141	0.1411	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2758-3.6053	0.1485	139	0.1353	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-4.1267	0.1836	145	0.1443	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1267-5.198	0.1685	142	0.1622	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
5.198-44.6752	0.1963	148	0.205	2736	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 53.8413 Å / Origin y: 51.7024 Å / Origin z: 32.3125 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1049 Å²	0.0305 Å²	0.0126 Å²	-	0.1748 Å²	0.0078 Å²	-	-	0.1364 Å²
L	0.4392 °²	0.0193 °²	0.1719 °²	-	0.5181 °²	0.3495 °²	-	-	0.9259 °²
S	0.0258 Å °	-0.0269 Å °	-0.0037 Å °	-0.0208 Å °	-0.0276 Å °	0.0047 Å °	-0.0287 Å °	-0.0883 Å °	0.0059 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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