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- PDB-6joo: Crystal structure of Corynebacterium diphtheriae Cas9 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6joo
タイトルCrystal structure of Corynebacterium diphtheriae Cas9 in complex with sgRNA and target DNA
要素
  • CRISPR-associated protein,CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • Guide RNA
  • Non-Target DNA
  • Target DNA
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / CRISPR-Cas / Cas9 / PAM / DNA endonuclease / Ribonucleoprotein / HYDROLASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, beta-hairpin domain / Cas9 C-terminal domain / Cas9, topo homolgy domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 beta-hairpin domain / Topo homolgy domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 C-terminal domain / : / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / HNH endonuclease ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, beta-hairpin domain / Cas9 C-terminal domain / Cas9, topo homolgy domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 beta-hairpin domain / Topo homolgy domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 C-terminal domain / : / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / HNH nucleases / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR-associated protein / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hirano, S. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the promiscuous PAM recognition by Corynebacterium diphtheriae Cas9.
著者: Hirano, S. / Abudayyeh, O.O. / Gootenberg, J.S. / Horii, T. / Ishitani, R. / Hatada, I. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein,CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: Guide RNA
D: Non-Target DNA
C: Target DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4147
ポリマ－151,2254
非ポリマー1903
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16890 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area54530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.015, 118.999, 116.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DC

#3: DNA鎖 Non-Target DNA


分子量: 2506.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis
由来: (合成) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
#4: DNA鎖 Target DNA


分子量: 8430.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis
由来: (合成) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein,CRISPR-associated endonuclease Cas9 / SaCas9


分子量: 103966.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌), (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
遺伝子: Cas9 / プラスミド: pE-SUMO / 株: NCTC 13129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): B834
参照: UniProt: A0A2T1BQ76, UniProt: Q6NKI3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 Guide RNA


分子量: 36321.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription
由来: (合成) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

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非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24% PEG 3350, 0.3 M potassium fluoride, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→106.56 Å / Num. obs: 38524 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 515857 / Scaling rejects: 322
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.9-3.0313.53.02447040.8020.8443.142100
10.05-106.5612.70.0719620.9990.0210.07499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→67.945 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.64
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 3928 5.21 %
Rwork0.2206 --
obs0.2223 38462 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 392.74 Å2 / Biso mean: 114.8302 Å2 / Biso min: 28.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→67.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6292 2755 9 3 9059
Biso mean--89.05 40.08 -
残基数----966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.93540.46691510.42372524267598
2.9354-2.97260.47181540.40532531268599
2.9726-3.01170.44291410.36182482262399
3.0117-3.05290.43441280.33612605273399
3.0529-3.09660.38051680.33122460262899
3.0966-3.14280.40531700.32112564273499
3.1428-3.19190.33721190.3092521264099
3.1919-3.24420.32691190.295425742693100
3.2442-3.30020.30121340.27472567270199
3.3002-3.36020.33171460.262125692715100
3.3602-3.42480.30721240.271425592683100
3.4248-3.49470.27811340.261625562690100
3.4947-3.57070.26871610.25492491265299
3.5707-3.65370.27331430.235226182761100
3.6537-3.74510.28591510.231225052656100
3.7451-3.84640.18471590.216625342693100
3.8464-3.95950.2111320.21926072739100
3.9595-4.08730.25571300.20425172647100
4.0873-4.23340.25231100.201825742684100
4.2334-4.40280.24571570.192825722729100
4.4028-4.60320.17821450.179825682713100
4.6032-4.84580.22761320.182925832715100
4.8458-5.14930.21471310.177625402671100
5.1493-5.54670.2161410.192725572698100
5.5467-6.10460.26721410.200925932734100
6.1046-6.98720.25841210.215725782699100
6.9872-8.80010.19421210.194925652686100
8.8001-67.96350.23651650.19982527269299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50880.25820.26990.07520.1089-0.1313-0.13440.2965-0.4079-0.43890.3646-0.49710.13950.01280.00690.84060.09390.01610.575-0.14110.80988.7298-27.062628.1817
20.36940.32990.11390.2419-0.05730.27290.16070.20610.4157-0.2423-0.0502-0.1803-0.06120.16110.1260.65950.04960.12670.48280.33060.83593.113530.835721.5219
30.44070.0935-0.24990.25510.21720.27330.63250.27720.0164-1.0027-0.1459-0.9546-0.88330.16710.49970.83080.2551-0.01560.45580.94160.68472.94633.343315.3991
4-0.1112-0.0485-0.06560.04610.32370.1968-0.03620.33630.2529-0.3731-0.1185-0.236-0.02020.349-0.14050.84050.08180.39821.03480.26180.733428.38025.70074.4073
51.735-0.4217-0.42051.38840.54750.6148-0.0107-0.04470.0049-0.07630.0739-0.08430.09440.04320.00020.38860.0462-0.0640.33610.01710.3038-0.4208-15.485741.1286
60.82340.7651-0.03641.0787-0.81630.4920.07110.94220.6278-0.10030.01660.0270.1173-0.6239-0.00130.7880.0305-0.00181.05990.17120.70933.65168.799319.1179
70.0223-0.0176-0.0371-0.03850.01280.0117-0.37310.30870.69120.5040.3673-0.26870.1854-0.7588-0.00041.3760.49960.3351.58440.19972.1079-28.076732.048441.2195
80.11590.2671-0.39490.36890.43760.9710.15170.09990.34290.10790.06270.1811-0.2370.16460.00010.7415-0.02620.09460.7156-0.01171.07636.266319.651143.0014
9-0.01390.1408-0.04750.3268-0.04410.22820.2527-0.02970.4472-0.2206-0.0582-0.4181-0.04620.29070.00010.7875-0.14020.00970.8869-0.011.049711.697812.738646.4198
100.2624-0.13740.1864-0.0250.2340.4898-0.1513-0.22820.2457-0.1940.219-0.8463-0.14180.1929-0.00010.69690.05920.05430.8612-0.04831.109722.8783-11.137840.1116
110.0855-0.11650.04020.1537-0.0419-0.04520.0453-0.32580.4407-0.43120.20140.3950.269-0.4095-0.00030.7502-0.0137-0.06630.83820.07350.8219-17.661-5.7642.9674
120.03740.07290.03660.08220.0410.01470.0913-0.1643-0.0084-0.6669-0.20660.3704-0.22970.3315-0.00030.9189-0.0166-0.1750.9510.10361.0301-21.6664-12.551744.1581
13-0.0110.0056-0.0194-0.00910.03480.0807-0.0029-0.1369-0.0482-0.5304-0.17090.2734-0.0746-0.20700.92360.0458-0.03010.9280.16160.8536-12.78463.315232.1897
140.0386-0.04450.04530.0033-0.02840.03220.08530.30870.06850.0288-0.20980.05590.8908-0.1625-01.3281-0.00470.11361.33530.09790.91872.883510.590114.5549
15-0.00370.0012-0.00450.0169-0.01480.04340.27870.14350.3392-0.27870.05970.01410.1732-0.195-0.00021.3885-0.01670.2671.3869-0.10531.154215.7069-2.686712.5074
160.0040.01530.00560.01470.01580.00280.13590.091-0.0418-0.15080.0004-0.15880.19470.08402.232-0.00270.03941.9347-0.48241.46814.0981-13.6335-2.583
170.0022-0.00510.00530.0146-0.0110.0138-0.07420.2240.03470.0586-0.0344-0.16130.13810.0927-02.83420.35130.4182.0318-0.27562.092128.2145-18.3378-4.5362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 52 )A-1 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 181 )A53 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 231 )A182 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 232 through 466 )A232 - 466
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 467 through 1084 )A467 - 1084
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 30 )B1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 40 )B31 - 40
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 41 through 60 )B41 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 61 through 75 )B61 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 113 )B76 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 5 through 12 )D5 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 6 through 10 )C6 - 10
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 11 through 15 )C11 - 15
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 16 through 20 )C16 - 20
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 21 through 25 )C21 - 25
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 26 through 28 )C26 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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