PDB-6jom: Crystal structure of lipoate protein ligase from Mycoplasma hyopn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jom

タイトル

Crystal structure of lipoate protein ligase from Mycoplasma hyopneumoniae

要素

Lipoate--protein ligase

キーワード

LIGASE / Mycoplasma hyopneumoniae / lipoate protein ligase / lpl / LIPOYL-AMP

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoate-protein ligase activity / lipoate-protein ligase / protein lipoylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycoplasma hyopneumoniae J (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Zhang, H. / Chen, H. / Ma, G.

引用

ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2020
タイトル: Functional Identification and Structural Analysis of a New Lipoate Protein Ligase inMycoplasma hyopneumoniae.
著者: Zhu, K. / Chen, H. / Jin, J. / Wang, N. / Ma, G. / Huang, J. / Feng, Y. / Xin, J. / Zhang, H. / Liu, H.

履歴

登録	2019年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jom.cif.gz	291.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jom.ent.gz	237.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/6jom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/6jom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pu3-2 6csj-8 6l3f-d 5zw3-d 6l8k-d 3kva-d 7kho-4 2bb0-1 3pu8-1 1tks-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipoate--protein ligase

B: Lipoate--protein ligase

ヘテロ分子

82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipoate--protein ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipoate--protein ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.322, 100.322, 155.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-638- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 344 / Label seq-ID: 1 - 344

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Lipoate--protein ligase 分子量: 40837.891 Da / 分子数: 2 / 断片: lipoate protein ligase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycoplasma hyopneumoniae J (バクテリア) 株: J / 遺伝子: lplA-1 / プラスミド: pET32a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4AA29, lipoate-protein ligase
#2: 化合物	ChemComp-LAQ / 5'-O-[(R)-({5-[(3R)-1,2-DITHIOLAN-3-YL]PENTANOYL}OXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / LIPOYL-AMP / (3R)-1,2-ジチオラン-3α-ペンタン酸5′-アデニリル分子量: 535.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₆N₅O₈PS₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.4	48.68
2

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 20% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	2	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRF	BL17U1	1	0.97894
シンクロトロン	SSRF	BL19U1	2	0.97891

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS EIGER X 16M	1	PIXEL	2018年11月12日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2018年5月22日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID	モノクロメーター
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2	double crystal

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97894	1
2	0.97891	1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 31325 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.54	14.9	0.758	3049	0.903	0.193	0.785	0.823	99.1
2.54-2.64	14.7	0.547	3051	0.937	0.141	0.566	0.82	99.3
2.64-2.76	14.5	0.366	3091	0.974	0.095	0.379	0.845	99.6
2.76-2.9	14.1	0.241	3089	0.985	0.064	0.25	0.87	99.8
2.9-3.09	12.6	0.16	3072	0.99	0.045	0.167	0.964	99.6
3.09-3.32	15.3	0.107	3118	0.994	0.027	0.11	1.057	99.8
3.32-3.66	15.8	0.077	3121	0.997	0.02	0.08	1.261	99.9
3.66-4.19	16.1	0.063	3159	0.998	0.016	0.065	1.358	99.9
4.19-5.28	16	0.051	3200	0.999	0.013	0.053	1.238	100
5.28-50	15.1	0.034	3375	0.999	0.009	0.036	0.761	99.3

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→43.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / WR_factor R_free: 0.2644 / WR_factor R_work: 0.1997 / FOM work R set: 0.8053 / SU B: 18.838 / SU ML: 0.216 / SU R Cruickshank DPI: 0.5289 / SU R_free: 0.3032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2683	1473	5 %	RANDOM
R_work	0.2007	-	-	-
obs	0.204	28111	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.75 Å² / B_iso mean: 67.06 Å² / B_iso min: 36.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5425	0	68	237	5730
B_iso mean	-	-	73.73	59.92	-
残基数	-	-	-	-	661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.646	7579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.843	5	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.598	24.483	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.444	15	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.118	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4180

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11042 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	83	-
R_work	0.254	1907	-
all	-	1990	-
obs	-	-	91.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3841	-0.5355	0.1343	1.2493	1.4416	2.6381	-0.1081	0.0022	0.1396	0.1517	0.1514	-0.0307	-0.0574	0.0798	-0.0433	0.5068	0.0083	0.0037	0.5283	0.0063	0.4072	10.214	38.023	21.78
2	1.1032	-0.7376	-0.567	1.1041	0.329	1.9851	-0.3046	-0.0921	-0.1992	0.1918	0.1044	0.2256	0.2427	0.1727	0.2002	0.5322	0.0403	0.0503	0.513	0.0541	0.4175	10.204	22.951	24.184
3	1.3511	-0.5438	-0.3526	0.7468	0.3803	1.5284	-0.4965	-0.2792	-0.2335	0.2487	0.285	0.2009	0.3949	0.2096	0.2115	0.5715	0.061	0.1249	0.4497	0.1025	0.4259	8.581	19.108	25.469
4	0.5044	-0.5468	0.0531	1.6537	0.0214	1.3106	-0.2023	-0.2398	0.0322	0.2432	0.1762	0.2034	-0.0763	-0.0098	0.0261	0.5009	0.0707	0.0809	0.5825	0.0359	0.3546	2.715	31.381	29.752
5	2.2596	-2.3039	-0.3274	2.3506	0.3288	0.2164	-0.0554	-0.0362	-0.0402	0.0288	0.0379	0.045	0.0207	0.0451	0.0175	0.5191	0.0184	0.007	0.5583	-0.0203	0.4068	22.466	16.147	9.598
6	1.4096	-1.7374	1.0379	5.1813	0.5305	3.0625	-0.1221	-0.0774	0.1537	0.157	-0.0029	-0.1717	0.0276	0.006	0.125	0.4732	0.0193	-0.0111	0.4627	0.0554	0.4082	34.806	10.384	15.405
7	2.9441	-0.7108	-0.7599	1.0223	0.0277	1.5193	-0.0903	0.2211	-0.1938	-0.0669	0.0583	-0.1006	-0.1079	-0.3074	0.032	0.5119	0.0197	0.0609	0.5129	0.0506	0.3829	27.656	10.64	60.148
8	3.4137	-0.7872	3.133	0.3468	-0.5975	3.0088	0.178	0.2022	-0.2514	-0.1884	-0.1251	0.2148	-0.0856	-0.1484	-0.0529	0.3587	0.4241	-0.0918	1.8331	-0.3062	0.244	18.982	6.19	51.633
9	0.1314	0.3772	0.2397	2.021	-0.1509	1.5816	-0.0143	0.0223	-0.1259	-0.4159	0.035	-0.1478	0.024	-0.2348	-0.0207	0.4805	-0.0748	-0.0094	0.724	-0.2328	0.5504	24.1	-3.965	50.413
10	2.8587	-0.0282	-0.9232	0.164	0.3782	1.724	-0.16	-0.2014	-0.1223	-0.0881	0.0411	-0.1346	-0.1726	-0.0426	0.119	0.527	0.0372	0.0716	0.4547	0.0607	0.4614	35.634	12.484	64.218
11	3.3824	-2.2547	-0.1095	2.1204	0.6857	1.9801	-0.4896	0.1962	0.2592	0.2933	-0.0698	0.0876	0.2923	0.4275	0.5594	0.4432	0.096	-0.0382	0.5908	0.1001	0.4053	11.477	28.639	65.719
12	5.3117	-2.5523	-1.6469	1.4395	0.3836	1.7539	-0.1237	-0.1654	0.0506	-0.0787	-0.0575	0.0219	-0.11	0.2927	0.1812	0.5214	-0.0116	-0.1624	0.4874	0.0648	0.5085	7.847	36.453	60.479

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	173 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	240 - 294
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	295 - 344
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	108 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	173 - 220
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	221 - 255
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	256 - 301
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	302 - 344

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)