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万見
- PDB-6joj: Crystal structure of PDGFRA T674I in complex with crenolanib by s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6joj
タイトルCrystal structure of PDGFRA T674I in complex with crenolanib by soaking
要素Platelet-derived growth factor receptor alpha
キーワードONCOPROTEIN / PDGFRA / Inhibitor / crenolanib
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization ...platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / embryonic skeletal system morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / cardiac myofibril assembly / embryonic digestive tract morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor activity / Leydig cell differentiation / cell activation / male genitalia development / positive regulation of chemotaxis / Signaling by PDGF / signal transduction involved in regulation of gene expression / embryonic cranial skeleton morphogenesis / platelet-derived growth factor receptor binding / face morphogenesis / estrogen metabolic process / adrenal gland development / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / microvillus / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of platelet activation / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / positive regulation of calcium-mediated signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Downstream signal transduction / extracellular matrix organization / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / cellular response to amino acid stimulus / lung development / wound healing / receptor protein-tyrosine kinase / cilium / platelet aggregation / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of fibroblast proliferation / cell junction / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor receptor alpha / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Platelet-derived growth factor receptor alpha / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6T2 / Platelet-derived growth factor receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liang, L. / Yan, X.E. / Yun, C.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PDGFRA in complex with crenolanib by soaking
著者: Liang, L. / Yan, X.E.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-derived growth factor receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,47311
ポリマ－40,5891
非ポリマー88410
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.556, 100.556, 110.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Platelet-derived growth factor receptor alpha / PDGFR-alpha / Alpha platelet-derived growth factor receptor / Alpha-type platelet-derived growth ...PDGFR-alpha / Alpha platelet-derived growth factor receptor / Alpha-type platelet-derived growth factor receptor / CD140 antigen-like family member A / CD140a antigen / Platelet-derived growth factor alpha receptor / Platelet-derived growth factor receptor 2 / PDGFR-2


分子量: 40588.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGFRA, PDGFR2, RHEPDGFRA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16234, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6T2 / 1-(2-{5-[(3-Methyloxetan-3-yl)methoxy]-1H-benzimidazol-1-yl}quinolin-8-yl)piperidin-4-amine / Crenolanib / クレノラニブ


分子量: 443.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N5O2 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH6.9, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19958 / % possible obs: 97.67 % / 冗長度: 13.5 % / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2400: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K5X

5k5x


解像度: 2.6→46.799 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 1011 5.07 %
Rwork0.2235 --
obs0.2241 19958 97.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 50 35 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.493815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6171052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5998-2.73690.331320.33252304X-RAY DIFFRACTION85
2.7369-2.90830.29211350.29612750X-RAY DIFFRACTION100
2.9083-3.13280.26431710.27282703X-RAY DIFFRACTION100
3.1328-3.4480.27631520.24022727X-RAY DIFFRACTION100
3.448-3.94670.23921410.20832779X-RAY DIFFRACTION100
3.9467-4.97150.16891410.17922793X-RAY DIFFRACTION100
4.9715-46.80670.21771390.20642891X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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