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万見
- PDB-6jo3: Crystal structure of (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jo3
タイトルCrystal structure of (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase from Thermoplasma acidophilum in complex with substrate sn-glycerol-1-phosphate
要素Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / ARCHAEA / ETHER LIPID / THERMOPLASMA / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / : / glycerophospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase group I / FMN-linked oxidoreductases / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase/Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase superfamily / PcrB family / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Nemoto, N. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Yamagishi, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase from Thermoplasma acidophilum in complex with the substrate sn-glycerol 1-phosphate.
著者: Nemoto, N. / Miyazono, K.I. / Tanokura, M. / Yamagishi, A.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年4月3日ID: 5B69
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4562
ポリマ－27,2841
非ポリマー1721
水72140
1
A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子

A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9124
ポリマ－54,5682
非ポリマー3442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area3260 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.595, 105.595, 142.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase


分子量: 27283.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
株: DSM 1728 / 遺伝子: Ta0995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HJH3, phosphoglycerol geranylgeranyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.8 10% (w/v) polyethylene glycol 4000 10 mM rac-G1P 100 mM cesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.5 Å / Num. obs: 20203 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1945 / CC1/2: 0.942 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mm1

4mm1


解像度: 2.35→43.538 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 982 4.87 %
Rwork0.1985 --
obs0.1997 20163 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1863 0 10 40 1913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5222573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.4971166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3503-2.47420.30121170.27652691X-RAY DIFFRACTION100
2.4742-2.62920.3231520.26282659X-RAY DIFFRACTION100
2.6292-2.83220.25561400.23362686X-RAY DIFFRACTION100
2.8322-3.11710.30541440.23412709X-RAY DIFFRACTION100
3.1171-3.5680.24151390.22912734X-RAY DIFFRACTION100
3.568-4.49450.2021420.18262755X-RAY DIFFRACTION100
4.4945-43.5450.18331480.16472947X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41790.524-0.24421.9313-0.10161.6063-0.00580.2558-0.1922-0.5564-0.2985-0.17320.61420.0388-0.00770.58360.18050.07360.6875-0.02340.5833-30.6759-40.7584-11.0198
20.8809-0.149-0.79440.9518-0.65883.66410.0020.0389-0.03390.0223-0.263-0.1957-0.3870.09820.00060.5160.1015-0.03830.55450.01650.549-31.0014-30.49550.3459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 247 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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