[日本語] English
万見
- PDB-6jnu: Catalase structure determined by eEFD (dataset 2) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jnu
タイトルCatalase structure determined by eEFD (dataset 2)
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Electron 3D crystallography / eEFD / energy filter / ParallEM / CRYO ARM
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / peroxisomal matrix / hydrogen peroxide catabolic process ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / peroxisomal matrix / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Catalase, clade 3 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Catalase, clade 3 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yonekura, K. / Maki-Yonekura, S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16H04757 日本
Japan Society for the Promotion of Science24657111 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)CiCLE 日本
Japan Science and TechnologySENTAN program 日本
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019
タイトル: A new cryo-EM system for electron 3D crystallography by eEFD.
著者: Koji Yonekura / Tetsuya Ishikawa / Saori Maki-Yonekura /
要旨: A new cryo-EM system has been developed and investigated for use in protein electron 3D crystallography. The system provides parallel illumination of a coherent 300 kV electron beam to a sample, ...A new cryo-EM system has been developed and investigated for use in protein electron 3D crystallography. The system provides parallel illumination of a coherent 300 kV electron beam to a sample, filters out energy-loss electrons through the sample with an in-column energy filter, and allows rotational data collection on a fast camera. It also possesses motorized cryo-sample loading and automated liquid-nitrogen filling for cooling of multiple samples. To facilitate its use, we developed GUI programs for efficient operation and accurate structure analysis. Here we report on the performance of the system and first results for thin 3D crystals of the protein complexes, catalase and membrane protein complex ExbBD. Data quality is remarkably improved with this approach, which we name eEFD (electron energy-filtered diffraction of 3D crystals), compared with those collected at 200 kV without energy filtration. Key advances include precise control of the microscope and recordings of lens fluctuations, which the programs process and respond to. We also discuss the merits of higher-energy electrons and filtration of energy-loss electrons in electron 3D crystallography.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.pdbx_diffrn_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,44412
ポリマ－239,9974
非ポリマー5,4488
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53250 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area61330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.939, 172.142, 201.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 59999.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CAT / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00432, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

-
試料調製

構成要素名称: Bovine catalase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
緩衝液pH: 5.3
緩衝液成分名称: potassium / sodium phosphate buffer / 式: K/NaPO4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

-
データ収集

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300 / 日付: 2018年9月26日
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 2.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER
EM回折カメラ長: 4705 mm
EM回折 シェル解像度: 3→43.6218 Å / フーリエ空間範囲: 72 % / 多重度: 2.8 / 構造因子数: 34200 / 位相残差: 23.87 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 72 % / 再高解像度: 3 Å / 測定した強度の数: 34200 / 構造因子数: 34200 / 位相誤差: 23.87 ° / 位相残差: 23.87 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 0.21 / Rsym: 0.21
検出器日付: 2018年9月26日

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: ???) / 分類: 精密化
画像処理詳細: Gatan OneView
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 68.9 Å / B: 172.1 Å / C: 201.4 Å / 空間群名: P212121 / 空間群番号: 19
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 3NWL

3nwl


Accession code: 3NWL / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.001→43.617 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 23.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1986 5.81 %
Rwork0.2068 --
obs0.2094 34200 72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.00816956
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.86723124
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d12.3499912
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.052328
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0073068
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0008-3.07590.33781170.28241932ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY60
3.0759-3.1590.33251430.25722274ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY70
3.159-3.25190.27521420.2362312ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY71
3.2519-3.35680.2971430.242312ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY71
3.3568-3.47680.30571440.23522318ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY71
3.4768-3.61590.27851450.22062323ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY71
3.6159-3.78040.24451440.20592330ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY72
3.7804-3.97960.26351440.19942334ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY72
3.9796-4.22870.2491420.19012349ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY72
4.2287-4.55490.21121460.17642358ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY72
4.5549-5.01270.19711430.16932346ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY71
5.0127-5.73660.19861460.17482368ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY71
5.7366-7.22230.20951450.19382348ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY70
7.2223-43.62180.22361420.20682310ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY65
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.919 Å / Origin y: 70.2949 Å / Origin z: 140.0535 Å
111213212223313233
T0.0495 Å2-0.0034 Å20.0025 Å2-0.0504 Å2-0.0076 Å2--0.0578 Å2
L-0.0106 °2-0.0156 °20.0342 °2--0.0277 °20.0179 °2--0.0553 °2
S0.015 Å °0.0087 Å °0.0048 Å °0.0078 Å °-0.0112 Å °0.0026 Å °-0.0006 Å °-0.0185 Å °0.0123 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る