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- PDB-6jnk: Crystal structure of Azospirillum brasilense L-arabinose 1-dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jnk
タイトルCrystal structure of Azospirillum brasilense L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP-bound form)
要素L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-arabinose metabolism / NADP-dependent dehydrogenase / Gfo/Idh/MocA protein family
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding ...L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能
: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Azospirillum brasilense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Watanabe, Y. / Iga, C. / Watanabe, S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the catalytic and substrate recognition mechanisms of bacterial l-arabinose 1-dehydrogenase.
著者: Watanabe, Y. / Iga, C. / Watanabe, Y. / Watanabe, S.
履歴
登録2019年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
B: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
C: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
D: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,4208
ポリマ－135,4464
非ポリマー2,9744
水8,953497
1
A: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
B: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2104
ポリマ－67,7232
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
2
C: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
D: L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2104
ポリマ－67,7232
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.745, 97.526, 104.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+)) / D-galactose 1-dehydrogenase


分子量: 33861.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア)
遺伝子: araA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q53TZ2, L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+], galactose 1-dehydrogenase (NADP+), D-galactose 1-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 68572 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.53 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.155 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 6.26
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.62 % / Num. unique obs: 22054 / Rrim(I) all: 1.015 / Rsym value: 0.865 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.636 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.71
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 3409 4.97 %
Rwork0.2089 --
obs0.2117 68572 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.89 Å2 / Biso mean: 39.0114 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9388 0 192 497 10077
Biso mean--39.63 38.69 -
残基数----1224
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.23140.62341030.57622167227078
2.2314-2.26480.48981480.48152732288099
2.2648-2.30010.56731050.47452167227279
2.3001-2.33790.30861440.2452766291099
2.3379-2.37820.25831550.22122728288399
2.3782-2.42140.28881370.219927392876100
2.4214-2.4680.29471550.215127572912100
2.468-2.51830.30471370.204727522889100
2.5183-2.57310.30211520.217127312883100
2.5731-2.6330.29311430.228627662909100
2.633-2.69880.33221490.232527592908100
2.6988-2.77180.27411410.226527362877100
2.7718-2.85330.32251510.21227942945100
2.8533-2.94540.26691530.211427412894100
2.9454-3.05060.25871410.211627572898100
3.0506-3.17280.27241530.221327672920100
3.1728-3.31710.28111460.226527402886100
3.3171-3.49190.2851390.205428162955100
3.4919-3.71060.25981320.20427832915100
3.7106-3.9970.27411640.194427462910100
3.997-4.3990.21891410.160827712912100
4.399-5.03480.19011430.143727962939100
5.0348-6.34090.20341220.176828152937100
6.3409-46.64650.19821550.15862837299299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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