PDB-6jn7: Structure of H216A mutant closed form peptidoglycan peptidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jn7

タイトル

Structure of H216A mutant closed form peptidoglycan peptidase

要素

Peptidase M23

キーワード

HYDROLASE / Peptidoglycan

機能・相同性

Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / D(-)-TARTARIC ACID / Peptidase M23

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Min, K.J. / An, D.R. / Yoon, H.J. / Suh, S.W. / Lee, H.H.

資金援助

韓国,

米国, 8件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (Korea)	2015R1A5A1008958	韓国
National Research Foundation (Korea)	2015R1C1A1A01054842	韓国
National Research Foundation (Korea)	2018R1A2B2008142	韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning	2014M1A8A1049296	韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning	2013R1A2A1A05067303	韓国
National Research Foundation (Korea)	2018R1D1A1B07040808	韓国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI090348	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM61629	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Peptidoglycan reshaping by a noncanonical peptidase for helical cell shape in Campylobacter jejuni.
著者: Min, K. / An, D.R. / Yoon, H.J. / Rana, N. / Park, J.S. / Kim, J. / Lee, M. / Hesek, D. / Ryu, S. / Kim, B.M. / Mobashery, S. / Suh, S.W. / Lee, H.H.

履歴

登録	2019年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jn7.cif.gz	340.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jn7.ent.gz	276.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jn7_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jn7_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6jn7_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	6jn7_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jmxC 6jmyC 6jmzC 6jn0C 6jn1C 6jn8C 6kv1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u4b-d 5lvn-d 3qwk-d 1eai-2 4c62-2 2ybt-5 4lg4-5 4blf-d 6x8g-d 1u5c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidase M23

B: Peptidase M23

C: Peptidase M23

ヘテロ分子

88.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidase M23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidase M23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptidase M23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.304, 105.632, 86.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidase M23 分子量: 29421.736 Da / 分子数: 3 / 変異: H216A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A8118_01115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J6PWI8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.65 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.1M malonic acid, 150mM ammonium citrate tribasic, 72mM succinic acid, 180mM DL-malic acid, 240mM sodium acetate, 300mM sodium formate, 96mM ammonium tartrate dibasic at pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.033→50 Å / Num. obs: 89706 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 3.124 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.04-2.08	6.9	0.69	4409	0.861	0.282	0.746	1.862	99.1
2.08-2.11	7.5	0.613	4489	0.93	0.241	0.66	1.92	100
2.11-2.15	7.4	0.525	4497	0.952	0.207	0.564	1.999	100
2.15-2.2	7.5	0.459	4472	0.949	0.18	0.494	2.068	100
2.2-2.25	7.4	0.409	4452	0.966	0.161	0.44	2.12	100
2.25-2.3	7.4	0.355	4489	0.97	0.14	0.382	2.267	100
2.3-2.35	7.4	0.305	4494	0.975	0.12	0.328	2.306	100
2.35-2.42	7.4	0.265	4449	0.978	0.105	0.285	2.497	100
2.42-2.49	7.3	0.223	4497	0.986	0.089	0.24	2.645	100
2.49-2.57	7.3	0.204	4494	0.985	0.081	0.22	2.79	100
2.57-2.66	7.2	0.174	4489	0.99	0.07	0.188	3.05	100
2.66-2.77	7.1	0.14	4472	0.992	0.057	0.151	3.297	100
2.77-2.89	7	0.122	4492	0.993	0.05	0.132	3.57	100
2.89-3.05	6.8	0.103	4492	0.993	0.044	0.112	3.966	99.9
3.05-3.24	6.6	0.088	4507	0.994	0.038	0.096	4.249	100
3.24-3.49	6.4	0.076	4478	0.995	0.033	0.083	4.614	99.9
3.49-3.84	6.2	0.071	4524	0.995	0.031	0.078	4.768	100
3.84-4.39	6	0.066	4519	0.995	0.03	0.073	4.914	99.9
4.39-5.54	6	0.061	4517	0.996	0.027	0.067	4.717	99.8
5.54-50	6	0.059	4474	0.995	0.027	0.065	4.605	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→32.696 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1941	4453	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1672	-	-	-
obs	0.1685	89642	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.41 Å² / B_iso mean: 36.0009 Å² / B_iso min: 14.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.04→32.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6249	0	33	651	6933
B_iso mean	-	-	48.89	44.2	-
残基数	-	-	-	-	786

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.04-2.0563	0.2663	126	0.2174	2288	80
2.0563-2.0805	0.2437	164	0.217	2819	100
2.0805-2.1058	0.2776	141	0.2104	2868	100
2.1058-2.1325	0.2187	145	0.1966	2856	100
2.1325-2.1605	0.2295	147	0.1924	2841	100
2.1605-2.1901	0.2336	144	0.1849	2832	100
2.1901-2.2214	0.2293	160	0.1889	2875	100
2.2214-2.2546	0.2259	142	0.1887	2827	100
2.2546-2.2898	0.2316	155	0.1803	2864	100
2.2898-2.3273	0.2312	149	0.1803	2886	100
2.3273-2.3674	0.2056	120	0.1792	2823	100
2.3674-2.4105	0.2248	128	0.1823	2913	100
2.4105-2.4568	0.2261	153	0.1841	2849	100
2.4568-2.5069	0.2344	144	0.1867	2872	100
2.5069-2.5614	0.2504	182	0.2015	2835	100
2.5614-2.621	0.2347	151	0.1972	2839	100
2.621-2.6865	0.2233	153	0.1934	2869	100
2.6865-2.7591	0.2189	153	0.1961	2841	100
2.7591-2.8403	0.2488	134	0.2004	2894	100
2.8403-2.9319	0.2459	151	0.1994	2839	100
2.9319-3.0366	0.2162	147	0.1963	2876	100
3.0366-3.1581	0.2349	149	0.1849	2877	100
3.1581-3.3017	0.2046	165	0.1688	2829	100
3.3017-3.4756	0.1726	155	0.1499	2857	100
3.4756-3.693	0.1577	140	0.1433	2890	100
3.693-3.9777	0.1572	165	0.1422	2837	100
3.9777-4.3772	0.1494	126	0.1333	2911	100
4.3772-5.0086	0.1481	140	0.1204	2891	100
5.0086-6.3029	0.1579	165	0.1464	2880	100
6.3029-32.696	0.1668	159	0.1724	2811	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.579 Å / Origin y: -11.5415 Å / Origin z: 35.0087 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1666 Å²	0.0109 Å²	-0.0083 Å²	-	0.187 Å²	0.0257 Å²	-	-	0.1881 Å²
L	0.0309 °²	0.049 °²	-0.0393 °²	-	0.0869 °²	-0.0022 °²	-	-	0.1351 °²
S	0.0262 Å °	-0.0055 Å °	-0.0074 Å °	-0.0027 Å °	-0.0065 Å °	0.0211 Å °	-0.0145 Å °	0.043 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	20 - 281
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	300
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	20 - 281
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	300 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	20 - 281
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	300
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	302
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 673

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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