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- PDB-6jmt: Crystal structure of GIT/PIX complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jmt
タイトルCrystal structure of GIT/PIX complex
要素
  • ARF GTPase-activating protein GIT2
  • beta PIX
キーワードCELL ADHESION / GIT2 / PIX / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / RHOV GTPase cycle / Ephrin signaling / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / synaptic vesicle recycling ...negative regulation of microtubule nucleation / RHOV GTPase cycle / Ephrin signaling / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / synaptic vesicle recycling / RAC1 GTPase cycle / storage vacuole / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of growth hormone secretion / RHOA GTPase cycle / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of ARF protein signal transduction / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / mitotic spindle pole / regulation of synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to pain / positive regulation of GTPase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / GTPase activator activity / calyx of Held / guanyl-nucleotide exchange factor activity / brain development / small GTPase binding / kinase activity / nervous system development / presynapse / lamellipodium / cell cortex / postsynapse / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / synapse / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / GIT, Spa2 homology (SHD) domain / ARF GTPase-activating protein GIT1, C-terminal / Spa2 homology domain (SHD) of GIT / G protein-coupled receptor kinase-interacting protein 1 C term / Helical motif in the GIT family of ADP-ribosylation factor GTPase-activating proteins / Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain ...: / GIT, Spa2 homology (SHD) domain / ARF GTPase-activating protein GIT1, C-terminal / Spa2 homology domain (SHD) of GIT / G protein-coupled receptor kinase-interacting protein 1 C term / Helical motif in the GIT family of ADP-ribosylation factor GTPase-activating proteins / Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Arf GTPase activating protein / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Annexin V; domain 1 / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
G protein-coupled receptor kinase-interactor 2 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / ARF GTPase-activating protein GIT2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, J. / Lin, L. / Xia, Y. / Zhang, R. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: GIT/PIX Condensates Are Modular and Ideal for Distinct Compartmentalized Cell Signaling.
著者: Zhu, J. / Zhou, Q. / Xia, Y. / Lin, L. / Li, J. / Peng, M. / Zhang, R. / Zhang, M.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARF GTPase-activating protein GIT2
D: ARF GTPase-activating protein GIT2
B: ARF GTPase-activating protein GIT2
C: ARF GTPase-activating protein GIT2
E: ARF GTPase-activating protein GIT2
F: ARF GTPase-activating protein GIT2
I: beta PIX
J: beta PIX
K: beta PIX
L: beta PIX
M: beta PIX
N: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,11918
ポリマ－257,72712
非ポリマー3926
水00
1
A: ARF GTPase-activating protein GIT2
L: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0203
ポリマ－42,9542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
D: ARF GTPase-activating protein GIT2
N: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0203
ポリマ－42,9542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
3
B: ARF GTPase-activating protein GIT2
M: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0203
ポリマ－42,9542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
4
C: ARF GTPase-activating protein GIT2
I: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0203
ポリマ－42,9542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
5
E: ARF GTPase-activating protein GIT2
J: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0203
ポリマ－42,9542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
6
F: ARF GTPase-activating protein GIT2
K: beta PIX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0203
ポリマ－42,9542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.963, 322.681, 44.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
ARF GTPase-activating protein GIT2 / G protein-coupled receptor kinase-interactor 2


分子量: 40655.852 Da / 分子数: 6 / 変異: S255A/S256A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Git2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80XR8, UniProt: Q9JLQ2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
beta PIX


分子量: 2298.608 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ES28*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaF, Bis-Tris propane/citric acid pH 6.7, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 59001 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.857.70.7629120.7870.2710.810.88997.6
2.85-2.98.20.68529310.8330.2350.7260.8997.7
2.9-2.968.20.63530390.8480.2190.6740.89397.7
2.96-3.028.10.58328730.860.2010.6180.88397.3
3.02-3.088.10.54429060.8640.190.5780.88696.9
3.08-3.158.10.43829380.8860.1530.4660.91695.1
3.15-3.238.10.38929360.9220.1350.4130.9396.7
3.23-3.327.90.32229190.9370.1140.3430.94197.4
3.32-3.427.60.26530200.9480.0960.2830.95197.4
3.42-3.537.70.23529030.9570.0850.2510.9697.2
3.53-3.658.30.229810.9660.0690.2120.98396.9
3.65-3.88.20.16829540.970.0580.1780.97196.8
3.8-3.978.20.14129600.9750.0490.150.98396.3
3.97-4.188.10.12428580.9790.0440.1320.94393.4
4.18-4.4480.10729900.9850.0380.1140.97195.1
4.44-4.798.10.128980.9870.0350.1060.9695.1
4.79-5.278.70.09829560.9830.0330.1040.89394.9
5.27-6.038.50.11129650.9830.0380.1180.86594.1
6.03-7.598.40.08829750.990.030.0930.87292.5
7.59-508.20.06430870.9940.0220.0680.84490.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JUE

3jue


解像度: 2.8→44.053 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 2987 5.1 %
Rwork0.1941 --
obs0.1971 58572 94.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.92 Å2 / Biso mean: 45.21 Å2 / Biso min: 13.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→44.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16299 0 6 0 16305
Biso mean--42.22 --
残基数----2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18422659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0775850
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8-2.84280.31431470.2599230187
2.8428-2.89180.34581350.2521264596
2.8918-2.94440.3331520.2483268196
2.9444-3.0010.32411530.2427260297
3.001-3.06220.30041430.2501263796
3.0622-3.12880.34481330.2455265995
3.1288-3.20160.30241170.2354264195
3.2016-3.28160.30391420.2205265197
3.2816-3.37030.27061420.2078271497
3.3703-3.46940.25021380.2068270397
3.4694-3.58140.31441380.2131265297
3.5814-3.70930.25281540.1899274097
3.7093-3.85770.25421560.1878259597
3.8577-4.03320.20531340.1795273696
4.0332-4.24570.20521530.16252593
4.2457-4.51140.24641330.1651270795
4.5114-4.85940.2131280.165269395
4.8594-5.34760.22121590.1684264595
5.3476-6.11970.2651390.1976267994
6.1197-7.70340.21781470.1735270293
7.7034-44.0530.2091440.1761267787
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.263-0.091-0.00390.2925-0.1020.23190.12040.05690.1076-0.21420.01920.13510.2226-0.22580.00540.3077-0.035-0.03290.2666-0.0050.2188-54.757553.3988-14.9925
20.0691-0.00150.00010.19090.00820.0362-0.0864-0.1261-0.39090.1425-0.0369-0.31920.0698-0.1168-0.0060.35980.0551-0.10940.27140.0650.47-36.097447.9132-5.4083
30.3581-0.2261-0.12140.3708-0.03910.08210.0312-0.0927-0.0147-0.05180.0089-0.03650.01580.050900.22760.0113-0.01440.25930.01610.2152-40.659572.202-4.9396
40.1274-0.1887-0.11040.30680.16260.5289-0.0107-0.07020.02080.18280.05980.12690.04550.02580.00090.2150.0419-0.080.23280.03680.2169-53.904571.12382.1445
50.30610.04130.0120.28110.02650.35050.11550.09080.205-0.0985-0.02010.0209-0.0769-0.0883-0.00010.2664-0.00920.0020.25560.01780.2524-81.1838139.583-30.0036
60.26620.1172-0.12640.1883-0.12910.1177-0.304-0.0106-0.32840.15740.18190.1508-0.1406-0.0558-0.00570.22790.02240.07830.18720.01230.3005-75.9462119.9175-21.8432
70.37060.223-0.10790.1961-0.04440.02740.01910.0313-0.03770.0673-0.11880.0409-0.00620.0888-00.23280.00060.01270.1830.03120.2181-56.3207134.468-19.2428
80.26380.11240.01750.19910.23430.33190.0801-0.12940.0680.230.01050.12860.09890.10110.04020.2282-0.0826-0.02260.1160.10260.1933-62.6906143.4598-12.6763
90.37740.134-0.13750.3740.22290.2378-0.0445-0.0081-0.12290.02220.02960.00030.0155-0.025700.2167-0.0592-0.01920.2962-0.01330.1827-87.92677.03135.7461
100.15810.11380.09790.3784-0.09450.27370.04420.01860.115-0.04190.01730.1245-0.2921-0.32610.00010.26130.02-0.00150.2718-0.00630.2302-88.6534100.48121.2375
110.4121-0.27320.03930.27680.16320.32180.0213-0.05390.0522-0.01880.08-0.03740.067-0.01320.00010.21320.0186-0.02940.2065-0.01640.1894-65.046690.3282-6.3987
120.38660.0910.11210.1286-0.09070.31840.01470.1075-0.1056-0.1365-0.0198-0.03450.0255-0.003600.1990.0046-0.04340.1725-0.00360.1565-69.219782.0427-9.8177
130.0685-0.11730.12030.2409-0.15590.25280.0229-0.00940.0139-0.0001-0.2155-0.0152-0.22370.1921-0.00020.3635-0.0085-0.09670.37410.10860.3971-71.775731.24218.3552
140.3241-0.18550.24930.2167-0.30060.6777-0.32690.09480.27580.105-0.1425-0.237-0.29010.3173-0.10550.3056-0.162-0.16060.51140.2350.6358-62.710739.11011.3872
150.03250.0402-0.03020.0890.01380.1644-0.10940.2541-0.1878-0.1022-0.3628-0.63750.18750.1234-0.00790.35780.12440.02750.49620.01720.707-60.225414.0112-0.1107
160.11010.04410.07310.02270.02430.04790.1220.0866-0.5546-0.156-0.0369-0.09180.21020.05310.220.36020.1001-0.15190.00360.01761.0488-72.92927.93083.7543
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180.0452-0.01060.0360.12810.04590.03870.0456-0.05520.1313-0.2446-0.143-0.1714-0.07180.2129-0.010.2499-0.0136-0.03360.2587-0.00030.543-82.425134.8835-9.8872
190.13470.13710.09050.15050.09970.0628-0.09080.1499-0.0986-0.2674-0.1254-0.08320.083-0.2208-0.04980.3460.09910.03110.2078-0.28220.4283-93.33817.8294-10.5052
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230.01720.00840.05460.159-0.04760.1357-0.0945-0.24920.1492-0.07960.0230.15540.06030.02170.00010.36120.0467-0.01020.3173-0.05670.3563-35.8093-2.6108-20.1591
240.0166-0.0209-0.07880.1472-0.040.42780.09960.03850.0384-0.0538-0.16230.01620.03280.11850.00010.25910.05360.03890.3226-0.05170.2589-28.6119-0.4074-18.7291
250.15010.24270.17450.32060.29230.5083-0.03110.10040.0625-0.06370.02850.02660.02150.2203-00.2374-0.0436-0.00910.3165-0.00850.1977-101.548959.8526-12.6574
260.4161-0.10640.03080.2638-0.01520.23660.02760.00130.0445-0.03090.00040.1651-0.0642-0.130600.2361-0.0014-0.0330.2498-0.06480.234-124.14854.5983-7.5332
270.1425-0.2262-0.00640.29310.06510.28770.00690.085-0.04860.1062-0.07890.01740.0278-0.050400.29580.03270.00690.3131-0.05490.278-108.260434.252-0.6632
280.1887-0.13890.29250.126-0.25940.47090.025-0.0297-0.11820.16520.0114-0.127-0.0911-0.04430.00010.24530.03860.03680.2421-0.03860.1719-102.907339.73643.7897
290.01920.0196-0.0020.0295-0.00560.0033-0.17160.129-0.0988-0.1006-0.0835-0.0891-0.18880.0528-0.00040.38090.0416-0.08480.45170.0090.5278-85.223924.8839-21.6286
300.0570.02030.04890.02730.05560.1126-0.12910.11480.06350.2571-0.11990.0803-0.2190.1233-0.0040.4911-0.00830.03970.215-0.06730.3223-31.82352.2824-7.5082
310.04750.04090.02610.0547-0.00630.05310.1736-0.29570.08430.0943-0.1778-0.18560.1488-0.08850.00110.2990.059-0.00710.2952-0.04640.2542-105.809940.462215.1397
320.02790.0150.02930.03080.03130.03620.0261-0.1392-0.0576-0.0132-0.2172-0.16740.06270.2039-0.00030.38530.1025-0.09510.3977-0.0230.2789-49.771770.720114.2691
330.01550.0251-0.02430.0598-0.06350.0543-0.02830.1404-0.3105-0.0722-0.05420.0577-0.0004-0.06910.00020.28970.0185-0.03250.27330.0140.1734-70.717486.1126-21.8524
340.0335-0.00410.01960.0276-0.02610.0337-0.1116-0.07380.01160.18970.0482-0.04740.18640.0964-0.00030.4229-0.13210.02770.18570.03050.2454-62.2284139.5378-0.8333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 111 )A6 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 169 )A112 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 170 through 301 )A170 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 302 through 358 )A302 - 358
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 6 through 111 )D6 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 112 through 202 )D112 - 202
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 203 through 301 )D203 - 301
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 302 through 359 )D302 - 359
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 6 through 126 )B6 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 127 through 223 )B127 - 223
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 224 through 301 )B224 - 301
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 302 through 358 )B302 - 358
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 7 through 81 )C7 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 82 through 127 )C82 - 127
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 128 through 169 )C128 - 169
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 170 through 223 )C170 - 223
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 224 through 301 )C224 - 301
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 302 through 338 )C302 - 338
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 339 through 358 )C339 - 358
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 6 through 101 )E6 - 101
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 102 through 169 )E102 - 169
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 170 through 244 )E170 - 244
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 245 through 301 )E245 - 301
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 302 through 357 )E302 - 357
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 5 through 126 )F5 - 126
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 127 through 223 )F127 - 223
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 224 through 301 )F224 - 301
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 302 through 358 )F302 - 358
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 528 through 543 )I528 - 543
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 528 through 543 )J528 - 543
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 528 through 543 )K528 - 543
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 528 through 543 )L528 - 543
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'M' and (resid 528 through 543 )M528 - 543
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'N' and (resid 528 through 543 )N528 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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