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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6jmt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of GIT/PIX complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / GIT2 / PIX / Complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of microtubule nucleation / RHOV GTPase cycle / Ephrin signaling / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / synaptic vesicle recycling ...negative regulation of microtubule nucleation / RHOV GTPase cycle / Ephrin signaling / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / synaptic vesicle recycling / RAC1 GTPase cycle / storage vacuole / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of growth hormone secretion / RHOA GTPase cycle / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of ARF protein signal transduction / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / mitotic spindle pole / regulation of synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to pain / positive regulation of GTPase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / GTPase activator activity / calyx of Held / guanyl-nucleotide exchange factor activity / brain development / small GTPase binding / kinase activity / nervous system development / presynapse / lamellipodium / cell cortex / postsynapse / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / synapse / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Zhu, J. / Lin, L. / Xia, Y. / Zhang, R. / Zhang, M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2020Title: GIT/PIX Condensates Are Modular and Ideal for Distinct Compartmentalized Cell Signaling. Authors: Zhu, J. / Zhou, Q. / Xia, Y. / Lin, L. / Li, J. / Peng, M. / Zhang, R. / Zhang, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6jmt.cif.gz | 802.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6jmt.ent.gz | 667.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6jmt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6jmt_validation.pdf.gz | 504.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6jmt_full_validation.pdf.gz | 521.1 KB | Display | |
| Data in XML | 6jmt_validation.xml.gz | 69.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6jmt_validation.cif.gz | 95.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmt | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6jmuC ![]() 3jueS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 6 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40655.852 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: S255A/S256A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 2298.608 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.7 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: NaF, Bis-Tris propane/citric acid pH 6.7, PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97775 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 17, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97775 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 59001 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 4.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3JUE Resolution: 2.8→44.053 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.15
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 144.92 Å2 / Biso mean: 45.21 Å2 / Biso min: 13.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→44.053 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Citation











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