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- PDB-6jmi: Crystal structure of M.tuberculosis Rv0081 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jmi
タイトルCrystal structure of M.tuberculosis Rv0081
要素Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
キーワードTRANSCRIPTION / hypoxia / ArsR/SmtB / FHL regulator / regulatory hub
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / : / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.896 Å
データ登録者Kumar, A. / Phulera, S. / Mande, C.S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)BT/PR3260/BRB/10/967/2011 インド
Department of Biotechnology (India)BT/PR15450/COE/34/46/2016 インド
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of hypoxic gene regulation by the Rv0081 transcription factor of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kumar, A. / Phulera, S. / Rizvi, A. / Sonawane, P.J. / Panwar, H.S. / Banerjee, S. / Sahu, A. / Mande, S.C.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年4月10日ID: 5XPQ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
C: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
D: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7498
ポリマ－49,3654
非ポリマー3844
水00
1
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
D: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8754
ポリマ－24,6822
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
C: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8754
ポリマ－24,6822
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.317, 63.317, 262.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0081


分子量: 12341.243 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WMI7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M CH3COONa , (0.2-0.4) M NH4(SO4)2, 25% w/VPEG 4000
PH範囲: 4.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.896→45.58 Å / Num. obs: 12678 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 78.52 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.201 / Χ2: 0.97 / Net I/av σ(I): 1.3 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 2.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1941 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.814 / Rrim(I) all: 2.226 / Χ2: 0.78 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSdata procesiingデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.896→45.575 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3013 1264 9.98 %0.1
Rwork0.261 ---
obs0.265 12660 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.896→45.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 20 0 2788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4693802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6971722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8956-3.01150.39011340.35321189X-RAY DIFFRACTION97
3.0115-3.14860.43221380.34221221X-RAY DIFFRACTION100
3.1486-3.31450.31141320.34921253X-RAY DIFFRACTION100
3.3145-3.52210.34111390.30171246X-RAY DIFFRACTION100
3.5221-3.79390.32821360.27581235X-RAY DIFFRACTION100
3.7939-4.17550.32471400.24991265X-RAY DIFFRACTION100
4.1755-4.77920.23081430.2231279X-RAY DIFFRACTION100
4.7792-6.01910.31511440.24971300X-RAY DIFFRACTION100
6.0191-45.58030.26861580.23561408X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9505-0.5298-0.37793.28-0.61145.6726-0.1662-0.0595-0.38470.06760.13970.20120.16660.2045-0.06350.35470.0150.01770.5964-0.00380.5566155.314452.5655351.0791
22.62740.11922.02191.9594-0.62522.83540.1492-0.60110.02720.379-0.270.3516-0.0497-0.33930.11430.3960.00550.08950.6417-0.18150.5216144.028358.4122388.6136
33.426-0.95750.4761.5217-0.41093.74150.22490.0905-0.46560.3474-0.0076-0.15610.24610.4589-0.13990.41790.1259-0.00140.6941-0.07080.534163.566254.7935383.2795
43.25151.5593-2.52982.8649-0.36584.9389-0.00810.05050.696-0.2067-0.08780.4211-1.0457-0.52290.11090.7640.3197-0.20510.6838-0.11270.5967146.086267.8988354.8144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:102 )A3 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 4:102 )B4 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 4:102 )C4 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 4:101 )D4 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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