PDB-6jl0: Crystal structure of VvPlpA from Vibrio vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jl0

タイトル

Crystal structure of VvPlpA from Vibrio vulnificus

要素

Thermolabile hemolysin

キーワード

HYDROLASE / Vibrio / phospholipase / SGNH hydrolase

機能・相同性

Lipase, GDSL, active site / Lipolytic enzymes "G-D-S-L" family, serine active site. / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / lipase activity / SGNH hydrolase superfamily / lipid metabolic process / BROMIDE ION / Thermolabile hemolysin

機能・相同性情報

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.073 Å

データ登録者

Ma, Q. / Wan, Y. / Liu, C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of aVibriophospholipase reveals an unusual Ser-His-chloride catalytic triad.
著者: Wan, Y. / Liu, C. / Ma, Q.

履歴

登録	2019年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jl0.cif.gz	174.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jl0.ent.gz	138.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jl0_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jl0_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	6jl0_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6jl0_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/6jl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/6jl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jkzC 6jl1C 6jl2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jl1-d 6jkz-d 2f9a-d 5g2t-4 3tjl-d 6vkk-3 5g2u-d 6jl2-3 5vmp-4 1nec-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thermolabile hemolysin

ヘテロ分子

48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.865, 53.865, 232.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Thermolabile hemolysin 分子量: 48129.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: CRN61_10355 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S3SYP4
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5 mg/ml protein in 10 mM HEPES, 150 mM NaBr, pH 7.5, was mixed with equal volume reservoir solution (200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 180 mM NDSB-201, 12% polyethylene glycol ...詳細: 5 mg/ml protein in 10 mM HEPES, 150 mM NaBr, pH 7.5, was mixed with equal volume reservoir solution (200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 180 mM NDSB-201, 12% polyethylene glycol 1500, and 10% glycerine)

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mg/ml protein in 10 mM HEPES, 150 mM NaBr, pH 7.5, was mixed with equal volume reservoir solution (200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 180 mM NDSB-201, 12% polyethylene glycol ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9163 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.073→45.736 Å / Num. obs: 24564 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 18.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.082 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2.073→2.109 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 998 / CC_1/2: 0.896 / R_pim(I) all: 0.185 / R_rim(I) all: 0.684 / R_sym value: 0.656 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: our own model

解像度: 2.073→45.735 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	2284	5.06 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.1926	24562	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.073→45.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3191	0	1	117	3309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301	4486
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.465	1895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	576

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.073-2.118	0.3209	123	0.2832	2222	X-RAY DIFFRACTION	84
2.118-2.1673	0.2968	139	0.2498	2714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1673-2.2215	0.2607	124	0.2206	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2215-2.2816	0.2519	140	0.2339	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2816-2.3487	0.3108	190	0.2295	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3487-2.4245	0.3296	122	0.2204	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4245-2.5112	0.2991	118	0.2174	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5112-2.6117	0.2351	148	0.206	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6117-2.7305	0.2309	124	0.2111	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7305-2.8745	0.2615	134	0.2152	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8745-3.0545	0.2356	136	0.212	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0545-3.2903	0.2254	168	0.198	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2903-3.6213	0.2145	163	0.1875	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6213-4.145	0.2017	160	0.1636	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.145-5.2211	0.182	148	0.1533	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2211-45.7464	0.2148	147	0.1817	2709	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0648	-0.4535	-0.784	2.2901	-0.2652	6.1271	-0.221	-0.033	-0.2591	-0.0767	0.0782	0.5373	0.0823	-0.2739	0.3434	0.4619	-0.1198	-0.0455	0.5835	0.0072	0.5245	-4.5612	-8.5606	13.2862
2	2.4286	1.0991	0.0105	1.0081	0.0253	1.6046	-0.0626	0.1024	0.1167	-0.1933	0.0587	0.0074	0.0436	-0.0751	-0.0024	0.4763	-0.1379	-0.0427	0.4307	0.0271	0.3711	16.6119	-0.8892	4.5703
3	1.2897	1.0545	-0.2749	1.2828	-0.7555	0.7182	-0	-0.1634	0.0877	-0.0059	-0.0296	0.0251	-0.0066	0.0126	0.0258	0.428	-0.1471	-0.009	0.466	-0.0255	0.3952	20.5002	-3.5901	18.0923
4	0.8961	-0.0392	-0.6837	0.066	-0.2425	1.6767	0.4604	-0.2528	0.4071	0.597	-0.1529	0.3201	0.098	-0.2998	-0.1517	0.6352	-0.0803	0.0224	0.811	0.0073	0.7856	13.0492	7.0879	29.2077
5	2.0902	-0.1129	0.7753	1.9011	-0.7314	2.1508	-0.0335	-0.3936	0.1115	0.0542	-0.0119	0.2378	-0.0964	-0.1144	0.0762	0.3489	-0.1972	0.0203	0.5403	-0.0245	0.3205	12.1808	-11.1321	27.7793
6	0.598	0.5608	0.2636	2.2125	0.1856	1.2673	0.2307	-0.4799	0.0248	0.0311	-0.3569	-0.0987	-0.0931	0.0109	0.1137	0.4662	-0.3036	-0.037	0.7828	0.0743	0.4099	27.0377	-10.2667	36.3741
7	1.291	0.9136	0.1093	1.4977	0.2569	1.1263	0.1197	-0.1883	0.0977	-0.0014	-0.0964	-0.2151	-0.1585	0.2723	-0.012	0.3706	-0.1552	-0.0038	0.512	0.0237	0.3608	34.154	-3.6183	22.6598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 42:138)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 139:206)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 207:214)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 215:281)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 282:342)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 343:421)

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