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- PDB-6jky: Crystal structure of MvcA-UBE2N-Ub complex from Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jky
タイトルCrystal structure of MvcA-UBE2N-Ub complex from Legionella pneumophila
要素
  • MvcA
  • Ub
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
キーワードSIGNALING PROTEIN / Legionella pneumophila effect factor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of intracellular signal transduction / E2 ubiquitin-conjugating enzyme ...: / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of intracellular signal transduction / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / negative regulation of TORC1 signaling / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of DNA repair / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / ubiquitin binding / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / G2/M DNA damage checkpoint / ISG15 antiviral mechanism / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / FCERI mediated NF-kB activation / Aggrephagy / Interleukin-1 signaling / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / Processing of DNA double-strand break ends / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain ...Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
Schistosoma margrebowiei (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.454 Å
データ登録者Ouyang, S.Y. / Guan, H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Legionella pneumophila regulates the activity of UBE2N by deamidase-mediated deubiquitination.
著者: Gan, N. / Guan, H. / Huang, Y. / Yu, T. / Fu, J. / Nakayasu, E.S. / Puvar, K. / Das, C. / Wang, D. / Ouyang, S. / Luo, Z.Q.
履歴
登録2019年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MvcA
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
C: Ub
D: MvcA
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
F: Ub


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9316
ポリマ－139,9316
非ポリマー00
水1,13563
1
A: MvcA
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
C: Ub


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9663
ポリマ－69,9663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
2
D: MvcA
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
F: Ub


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9663
ポリマ－69,9663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.325, 107.605, 263.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MvcA


分子量: 44041.871 Da / 分子数: 2 / 変異: C83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTL3
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme N


分子量: 17099.668 Da / 分子数: 2 / 変異: K94A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61088, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: タンパク質 Ub


分子量: 8824.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma margrebowiei (無脊椎動物)
遺伝子: SMRZ_LOCUS12712 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A3P7ZMV6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→65.14 Å / Num. obs: 52753 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 58.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.547 / Num. unique obs: 7924 / Rrim(I) all: 0.591

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
autoPROCデータ収集
autoPROCデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K11 and 1JAT

6k11

1jat


解像度: 2.454→65.135 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 2639 5.01 %
Rwork0.2087 50044 -
obs0.2111 52683 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.14 Å2 / Biso mean: 79.9412 Å2 / Biso min: 33.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.454→65.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9713 0 0 63 9776
Biso mean---61.67 -
残基数----1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70413404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4716108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4541-2.49870.35961640.29512711100
2.4987-2.54680.34751630.28652647100
2.5468-2.59880.32551620.27912671100
2.5988-2.65530.38841270.3097264598
2.6553-2.71710.4662770.3237120197
2.7171-2.7850.34761450.26452690100
2.785-2.86030.31351250.25992733100
2.8603-2.94450.30781380.2654266199
2.9445-3.03950.33571530.2643266799
3.0395-3.14820.3351300.2622270198
3.1482-3.27420.26421350.24322725100
3.2742-3.42320.33431420.2292711100
3.4232-3.60370.27851260.22732746100
3.6037-3.82940.25681420.2313268799
3.8294-4.12510.26761430.2002275799
4.1251-4.54010.22111300.16962723100
4.5401-5.19680.18861490.16562760100
5.1968-6.54650.22791610.1938269497
6.5465-65.10.20411270.1657291499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.7003 Å / Origin y: -18.1782 Å / Origin z: -32.783 Å
111213212223313233
T0.4267 Å20.1622 Å20.0237 Å2-0.4543 Å20.0216 Å2--0.4031 Å2
L0.1909 °20.1858 °20.3508 °2--0.018 °2-0.0259 °2--0.2085 °2
S0.0502 Å °-0.0338 Å °0.0169 Å °0.0143 Å °-0.029 Å °-0.028 Å °-0.0048 Å °-0.0229 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA12 - 395
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 150
3X-RAY DIFFRACTION1allC-1 - 74
4X-RAY DIFFRACTION1allD13 - 393
5X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 150
6X-RAY DIFFRACTION1allF0 - 74
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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