PDB-6jkk: Crystal structure of BubR1 kinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jkk

タイトル

Crystal structure of BubR1 kinase domain

要素

Mitotic checkpoint control protein kinase BUB1

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Mitotic checkpoint

機能・相同性

機能・相同性情報

male meiosis sister chromatid cohesion / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / regulation of mitotic sister chromatid separation / synaptonemal complex organization / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / female meiosis sister chromatid cohesion / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of exit from mitosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lin, L. / Ye, S. / Huang, Y. / Liu, X. / Zhang, R. / Yao, X.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: BubR1 phosphorylates CENP-E as a switch enabling the transition from lateral association to end-on capture of spindle microtubules.
著者: Huang, Y. / Lin, L. / Liu, X. / Ye, S. / Yao, P.Y. / Wang, W. / Yang, F. / Gao, X. / Li, J. / Zhang, Y. / Zhang, J. / Yang, Z. / Liu, X. / Yang, Z. / Zang, J. / Teng, M. / Wang, Z. / Ruan, K. ...

履歴

登録	2019年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jkk.cif.gz	161 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jkk.ent.gz	124.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jkk_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jkk_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	6jkk_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	6jkk_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jkmC 4r8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dmz-1 6f7b-d 5c8m-d 3ht5-d 5caq-d 5d7a-1 4qpm-1 5dmz-2 2w7y-2 3nf2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitotic checkpoint control protein kinase BUB1

ヘテロ分子

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.221, 61.617, 94.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitotic checkpoint control protein kinase BUB1 / Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta 分子量: 39603.859 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: BubR1, Bub1, CG7838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76755, UniProt: A1Z6I7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4% PEG 3000, 0.1M Bis-tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 29503 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.89	3.4	0.61	1336	0.989	1	82
1.89-1.92	4	0.529	1485	0.999	1	89.7
1.92-1.97	4.6	0.425	1527	0.974	1	93.8
1.97-2.01	5.6	0.351	1640	0.968	1	99.6
2.01-2.06	6.8	0.293	1646	1.002	1	100
2.06-2.12	6.9	0.254	1656	1.015	1	100
2.12-2.18	6.9	0.211	1655	1.005	1	100
2.18-2.25	7	0.188	1632	1.018	1	100
2.25-2.33	7.1	0.169	1656	1.003	1	100
2.33-2.42	7	0.145	1656	0.978	1	100
2.42-2.53	7.1	0.129	1667	0.995	1	100
2.53-2.67	7.1	0.108	1679	1.011	1	100
2.67-2.84	7.1	0.086	1675	1.023	1	100
2.84-3.05	7.1	0.071	1668	1.054	1	100
3.05-3.36	7.1	0.049	1684	1.067	1	100
3.36-3.85	7.1	0.039	1705	1.001	1	100
3.85-4.85	7	0.038	1715	1.057	1	99.9
4.85-50	6.5	0.041	1821	1.102	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R8Q

4r8q

解像度: 1.85→26.689 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	1489	5.06 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1894	29409	97.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.18 Å² / B_iso mean: 30.37 Å² / B_iso min: 8.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→26.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2725	0	13	294	3032
B_iso mean	-	-	36.19	36.88	-
残基数	-	-	-	-	334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2807
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	3795
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.431	1050

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8501-1.9098	0.3065	127	0.2712	2112	83
1.9098-1.978	0.2743	128	0.2244	2404	94
1.978-2.0572	0.2638	124	0.2072	2558	100
2.0572-2.1508	0.2141	143	0.1936	2546	100
2.1508-2.2641	0.2342	132	0.1869	2578	100
2.2641-2.4059	0.2518	141	0.1909	2571	100
2.4059-2.5915	0.2354	135	0.2033	2592	100
2.5915-2.852	0.2375	151	0.2009	2558	100
2.852-3.2641	0.2339	143	0.1897	2596	100
3.2641-4.11	0.1869	137	0.1596	2638	100
4.11-26.689	0.1911	128	0.1808	2767	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6982	-0.8335	0.5582	2.5834	-0.3353	2.0113	-0.2348	-0.6459	0.0235	0.5491	0.3368	0.5196	-0.1117	-0.3356	0.0279	0.2285	0.0756	0.0896	0.2557	0.0017	0.2591	-3.2422	37.8794	38.0721
2	3.8516	-1.1881	-0.4697	3.3502	1.032	1.3487	0.1948	0.384	-0.689	-0.5158	-0.2102	1.1651	0.0645	-0.1942	0.0803	0.1843	0.0295	-0.0594	0.1902	-0.0224	0.387	-7.3796	25.5276	19.2921
3	3.3633	-1.006	0.5142	2.6933	0.5671	1.496	-0.0328	0.0405	0.0052	-0.0511	0.0017	0.1638	-0.1017	0.0118	0.0613	0.1008	0.0177	0.0052	0.0882	0.007	0.1174	2.6466	33.9611	26.6413
4	4.2703	-2.7381	-0.436	3.3135	0.7544	0.4349	-0.059	0.1646	-0.3568	-0.1316	0.0474	0.0245	0.0797	0.0808	0.0292	0.1009	-0.0122	0.0354	0.1443	-0.025	0.205	13.4557	17.4684	19.9892
5	2.6837	-1.3453	-0.313	2.9226	0.7165	1.3672	-0.0885	-0.0034	-0.0141	0.1109	0.0472	-0.1615	-0.0194	0.009	0.0072	0.0822	-0.0087	-0.0179	0.0999	0.0188	0.0942	18.9803	26.4068	29.7501
6	1.7903	-0.9819	-0.1922	2.5579	1.0143	3.8719	-0.0457	-0.012	-0.0417	-0.1271	0.1251	-0.1763	-0.2653	0.3841	0.033	0.1408	-0.0132	0.0006	0.1383	-0.0093	0.1645	15.251	30.4082	27.1396
7	3.5765	-1.8114	0.0626	2.8217	-1.0296	2.648	-0.4781	-0.4865	-0.6545	0.8902	0.3836	0.6505	0.0308	0.0649	0.1096	0.4238	0.1066	0.0529	0.3506	0.0743	0.2289	12.8158	23.5065	48.0819
8	2.4637	-0.8476	-0.697	3.9064	1.3426	3.9541	-0.1778	-0.231	-0.405	0.2545	0.0187	0.0634	0.0111	0.0804	0.1257	0.1274	0.0029	-0.0188	0.1461	0.041	0.1629	19.9216	20.0018	35.5799
9	3.039	-0.3593	0.5986	2.8231	-0.382	4.987	-0.1192	-0.4377	-0.8289	0.8089	-0.1323	-0.1973	0.5273	0.1427	0.0481	0.3566	0.0347	-0.0272	0.2849	0.1736	0.4028	24.1956	11.5945	43.0172
10	2.6269	-0.1202	-0.472	2.4762	-0.2193	3.4054	-0.2116	-0.316	-0.115	0.4718	0.0282	-0.563	0.1343	0.3434	0.0841	0.1964	0.0121	-0.0878	0.2638	0.0825	0.2391	29.4207	19.6942	38.8735
11	2.9852	-0.2503	-0.0086	2.6427	0.8038	3.4592	-0.0077	0.2619	-0.2335	-0.2007	0.098	-0.6469	-0.0901	0.4068	0.0592	0.0975	-0.0251	0.0341	0.159	0.034	0.2762	30.4951	22.5788	20.8442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1126 through 1155 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1156 through 1194 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1195 through 1245 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1246 through 1274 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1275 through 1309 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1310 through 1335 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1336 through 1363 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1364 through 1380 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1381 through 1397 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 1398 through 1428 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 1429 through 1459 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)