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万見
- PDB-6jkc: Crystal structure of tetrameric PepTSo2 in P4212 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jkc
タイトルCrystal structure of tetrameric PepTSo2 in P4212 space group
要素Proton:oligopeptide symporter POT family
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Peptide transporter / LCP crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide/tripeptide permease / MFS general substrate transporter like domains / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton:oligopeptide symporter POT family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nagamura, R. / Fukuda, M. / Ishitani, R. / Nureki, O.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science24227004 日本
Japan Society for the Promotion of Science25291011 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for oligomerization of the prokaryotic peptide transporter PepT.
著者: Reina Nagamura / Masahiro Fukuda / Akihiro Kawamoto / Kyoko Matoba / Naoshi Dohmae / Ryuichiro Ishitani / Junichi Takagi / Osamu Nureki /
要旨: Proton-dependent oligopeptide transporters (POTs) belong to the major facilitator superfamily (MFS) and transport dipeptides and tripeptides from the extracellular environment into the target cell. ...Proton-dependent oligopeptide transporters (POTs) belong to the major facilitator superfamily (MFS) and transport dipeptides and tripeptides from the extracellular environment into the target cell. The human POTs PepT1 and PepT2 are also involved in the absorption of various orally ingested drugs. Previously reported structures revealed that the bacterial POTs possess 14 helices, of which H1-H6 and H7-H12 constitute the typical MFS fold and the residual two helices are involved in the cytoplasmic linker. PepT from Shewanella oneidensis is a unique POT which reportedly assembles as a 200 kDa tetramer. Although the previously reported structures suggested the importance of H12 for tetramer formation, the structural basis for the PepT-specific oligomerization remains unclear owing to the lack of a high-resolution tetrameric structure. In this study, the expression and purification conditions for tetrameric PepT were optimized. A single-particle cryo-EM analysis revealed the tetrameric structure of PepT incorporated into Salipro nanoparticles at 4.1 Å resolution. Furthermore, a combination of lipidic cubic phase (LCP) crystallization and an automated data-processing system for multiple microcrystals enabled crystal structures of PepT to be determined at resolutions of 3.5 and 3.9 Å. The present structures in a lipid bilayer revealed the detailed mechanism for the tetrameric assembly of PepT, in which a characteristic extracellular loop (ECL) interacts with two asparagine residues on H12 which were reported to be important for tetramerization and plays an essential role in oligomeric assembly. This study provides valuable insights into the oligomerization mechanism of this MFS-type transporter, which will further pave the way for understanding other oligomeric membrane proteins.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton:oligopeptide symporter POT family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6271
ポリマ－57,6271
非ポリマー00
水00
1
A: Proton:oligopeptide symporter POT family

A: Proton:oligopeptide symporter POT family

A: Proton:oligopeptide symporter POT family

A: Proton:oligopeptide symporter POT family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,5064
ポリマ－230,5064
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_745-x+2,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_535-y+1/2,x-3/2,z1
crystal symmetry operation4_655y+3/2,-x+1/2,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area77890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.410, 119.410, 104.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Proton:oligopeptide symporter POT family


分子量: 57626.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UniProt ID: Q8EHE6
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8EHE6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4 / 詳細: 40% PEG 200, 100 mM NaCl, 100 mM Na acetate, pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→47.53 Å / Num. obs: 8312 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 79.72 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Rrim(I) all: 0.328 / Net I/σ(I): 5.49
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.359 / Num. unique obs: 1295 / CC1/2: 0.293 / Rrim(I) all: 1.586 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LEP

4lep


解像度: 3.5→47.53 Å / SU ML: 0.4697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.8325
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 429 5.22 %
Rwork0.2672 --
obs0.269 8223 82.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3498 0 0 0 3498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55384888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.62132028
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.630.4103360.3602733X-RAY DIFFRACTION78.71
3.63-3.770.3732390.3081749X-RAY DIFFRACTION81.24
3.77-3.940.3011390.2875784X-RAY DIFFRACTION84.93
3.94-4.150.3877350.2995795X-RAY DIFFRACTION84.18
4.15-4.410.275330.2767780X-RAY DIFFRACTION82.71
4.41-4.750.3765410.2807787X-RAY DIFFRACTION84.84
4.75-5.230.2928440.2685791X-RAY DIFFRACTION83.33
5.23-5.980.2823570.2974769X-RAY DIFFRACTION82.68
5.98-7.530.2964610.2409753X-RAY DIFFRACTION79.41
7.53-47.80.2302440.1952853X-RAY DIFFRACTION81.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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