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- PDB-6jjo: Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjo
タイトルCrystal structure of the DegP dodecamer with a modulator
要素
  • Periplasmic serine endoprotease DegP
  • TMB-CYRKL modulator
キーワードHYDROLASE / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / response to temperature stimulus / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chaperone-mediated protein folding / serine-type peptidase activity / protein folding / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / response to oxidative stress ...peptidase Do / response to temperature stimulus / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chaperone-mediated protein folding / serine-type peptidase activity / protein folding / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / response to oxidative stress / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic serine endoprotease DegP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.157 Å
データ登録者Cho, H. / Choi, Y. / Lee, H.H. / Kim, S.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Over-activation of a nonessential bacterial protease DegP as an antibiotic strategy
著者: Cho, H. / Choi, Y. / Min, K. / Son, J.B. / Park, H. / Lee, H.H. / Kim, S.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic serine endoprotease DegP
B: Periplasmic serine endoprotease DegP
C: Periplasmic serine endoprotease DegP
D: Periplasmic serine endoprotease DegP
E: Periplasmic serine endoprotease DegP
F: Periplasmic serine endoprotease DegP
G: TMB-CYRKL modulator
M: TMB-CYRKL modulator
H: TMB-CYRKL modulator
N: TMB-CYRKL modulator
I: TMB-CYRKL modulator
O: TMB-CYRKL modulator
J: TMB-CYRKL modulator
P: TMB-CYRKL modulator
K: TMB-CYRKL modulator
Q: TMB-CYRKL modulator
L: TMB-CYRKL modulator
R: TMB-CYRKL modulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,13918
ポリマ－303,13918
非ポリマー00
水00
1
A: Periplasmic serine endoprotease DegP
B: Periplasmic serine endoprotease DegP
C: Periplasmic serine endoprotease DegP
D: Periplasmic serine endoprotease DegP
E: Periplasmic serine endoprotease DegP
F: Periplasmic serine endoprotease DegP
G: TMB-CYRKL modulator
M: TMB-CYRKL modulator
H: TMB-CYRKL modulator
N: TMB-CYRKL modulator
I: TMB-CYRKL modulator
O: TMB-CYRKL modulator
J: TMB-CYRKL modulator
P: TMB-CYRKL modulator
K: TMB-CYRKL modulator
Q: TMB-CYRKL modulator
L: TMB-CYRKL modulator
R: TMB-CYRKL modulator

A: Periplasmic serine endoprotease DegP
B: Periplasmic serine endoprotease DegP
C: Periplasmic serine endoprotease DegP
D: Periplasmic serine endoprotease DegP
E: Periplasmic serine endoprotease DegP
F: Periplasmic serine endoprotease DegP
G: TMB-CYRKL modulator
M: TMB-CYRKL modulator
H: TMB-CYRKL modulator
N: TMB-CYRKL modulator
I: TMB-CYRKL modulator
O: TMB-CYRKL modulator
J: TMB-CYRKL modulator
P: TMB-CYRKL modulator
K: TMB-CYRKL modulator
Q: TMB-CYRKL modulator
L: TMB-CYRKL modulator
R: TMB-CYRKL modulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)606,27836
ポリマ－606,27836
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)217.148, 123.518, 140.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Periplasmic serine endoprotease DegP / Heat shock protein DegP / Protease Do


分子量: 49155.473 Da / 分子数: 6 / 変異: S210A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: degP, htrA, ptd, b0161, JW0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0V0, peptidase Do
#2: タンパク質・ペプチド
TMB-CYRKL modulator


分子量: 683.863 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 24531 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 151.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.944 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 176600
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.2-4.277.10.66512270.9210.2690.7181.776100
4.27-4.357.10.48412140.9530.1940.5221.908100
4.35-4.4370.4412070.920.180.4762.014100
4.43-4.527.20.4112290.9450.1640.4421.9100
4.52-4.627.20.39812210.9590.1590.4291.868100
4.62-4.737.20.36112040.9560.1450.391.77299.9
4.73-4.857.20.31312590.9760.1250.3371.742100
4.85-4.987.20.3112030.9730.1240.3341.725100
4.98-5.137.20.29212110.9820.1170.3151.662100
5.13-5.297.10.28412280.980.1140.3061.733100
5.29-5.4870.28212420.9780.1150.3041.691100
5.48-5.76.70.28312170.9690.1190.3081.771100
5.7-5.967.40.24812270.9870.0980.2671.771100
5.96-6.277.60.18412310.990.0720.1981.813100
6.27-6.667.60.14312270.9950.0560.1531.878100
6.66-7.187.50.10712280.9960.0420.1151.943100
7.18-7.97.50.08312340.9970.0330.0891.979100
7.9-9.037.50.05512430.9980.0210.0592.083100
9.03-11.367.30.04812490.9980.0190.0512.471100
11.36-506.40.05612300.9950.0240.0613.55396.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OTP

3otp


解像度: 4.157→35.61 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1262 5.16 %
Rwork0.2158 23174 -
obs0.2191 24436 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 325.25 Å2 / Biso mean: 174.9717 Å2 / Biso min: 94.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.157→35.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16906 0 0 0 16906
残基数----2370
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.157-4.32310.33131230.27842290241389
4.3231-4.51950.30891360.255826062742100
4.5195-4.75730.3661180.253626132731100
4.7573-5.05450.33521510.247325942745100
5.0545-5.44350.2891240.244826402764100
5.4435-5.9890.36761270.262326022729100
5.989-6.85030.29261830.248825792762100
6.8503-8.61040.26341490.218726162765100
8.6104-35.61170.2221510.15722634278598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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