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- PDB-6jik: Aspergillus fumigatus Rho1 GsGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jik
タイトルAspergillus fumigatus Rho1 GsGTP
要素Rho GTPase Rho1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Aspergillus fumigateurs / Rho1 GTPase / cell wall target
機能・相同性
機能・相同性情報


asexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / hyphal tip / small GTPase-mediated signal transduction / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Rho GTPase Rho1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus var. fumigatus (カビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bartual, S.G. / Van Aalten, D.M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aspergillus fumigatus Rho1 gSGTP complex
著者: Sergio, G.B. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GTPase Rho1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2653
ポリマ－21,7011
非ポリマー5642
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.250, 65.700, 75.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rho GTPase Rho1


分子量: 21701.008 Da / 分子数: 1 / 変異: F25N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus var. fumigatus (カビ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068C8U8
#2: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: crystals were obtained in Morpheus commercial crystallization screen, Imidazole and MES monohydrate (acid) at pH 6.5, 40% v/v PEG 500 MME and 20 % w/v PEG 20000, and 0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M ...詳細: crystals were obtained in Morpheus commercial crystallization screen, Imidazole and MES monohydrate (acid) at pH 6.5, 40% v/v PEG 500 MME and 20 % w/v PEG 20000, and 0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2-Propanol, 0.2M 1,4- Butanediol and 0.2M 1,3-Propanediol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30.11 Å / Num. obs: 8136 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) all: 0.182 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.115 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) all: 0.35 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 767 / CC1/2: 0.909 / Rpim(I) all: 0.246 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZVP

5zvp


解像度: 2.35→30.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 16.221 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.623 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27505 402 5 %RANDOM
Rwork0.23237 ---
obs0.23448 7699 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→30.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1414 0 33 159 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0131476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2141.6812014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0551.5883137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.03822.60373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68515244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.348159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0180.886727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0180.886726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.0341.329907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.0341.329908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.0180.915749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.0140.907737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.0261.3611088
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.51411.4511692
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.21110.8841644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.349→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 20 -
Rwork0.263 545 -
obs--99.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.7452 Å / Origin y: -11.894 Å / Origin z: -20.4729 Å
111213212223313233
T0.0041 Å2-0.003 Å2-0.0108 Å2-0.011 Å20.0154 Å2--0.0744 Å2
L1.9061 °2-0.1857 °2-0.5732 °2-2.5802 °20.3303 °2--2.0902 °2
S0.0052 Å °-0.1149 Å °0.0274 Å °0.073 Å °0.0164 Å °0.0334 Å °0.0212 Å °0.014 Å °-0.0215 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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