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- PDB-6jie: YaeO bound to Magnesium from Vibrio cholerae O395 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jie
タイトルYaeO bound to Magnesium from Vibrio cholerae O395
要素YaeO
キーワードTRANSCRIPTION / Rho specific Inhibitor of Transcription termination / RNA Binding
機能・相同性Modulator of Rho-dependent transcription termination / Rof-like superfamily / Modulator of Rho-dependent transcription termination (ROF) / Rof/RNase P-like / metal ion binding / Transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pal, K. / Yadav, M. / Sen, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Vibrio cholerae YaeO is a Structural Homologue of RNA Chaperone Hfq that Inhibits Rho-dependent Transcription Termination by Dissociating its Hexameric State.
著者: Pal, K. / Yadav, M. / Jain, S. / Ghosh, B. / Sen, R. / Sen, U.
履歴
登録2019年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: YaeO
A: YaeO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7226
ポリマ－18,6252
非ポリマー974
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)28.936, 34.356, 42.371
Angle α, β, γ (deg.)90.070, 104.480, 105.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 YaeO


分子量: 9312.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_0290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3ADN9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% (W/V) Polyethylene glycol 4,000.
PH範囲: 7.5-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40.92 Å / Num. obs: 14765 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 48453
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.783.10.2946780.912180.3
9.09-40.923.10.0451040.993196.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.14データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PNO

4pno


解像度: 1.75→19.476 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 737 5 %
Rwork0.1664 --
obs0.1686 14749 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.41 Å2 / Biso mean: 23.2107 Å2 / Biso min: 7.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→19.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1246 0 4 219 1469
Biso mean--34.3 34.87 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8071718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.631764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.8850.23061340.17782671280592
1.885-2.07450.2261320.16472832296497
2.0745-2.37430.23141490.16252832298197
2.3743-2.98960.23161630.17972823298698
2.9896-19.47680.17871590.15892854301398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00830.6684-0.75052.762-0.34543.77740.04310.0797-0.31540.0637-0.0311-0.13190.2840.2185-0.04580.10630.0114-0.0150.08980.00320.0993-24.07569.1477-8.7573
24.7552-1.0479-0.44797.54834.76255.07370.07130.4102-0.0734-0.5051-0.07420.0544-0.3213-0.109-0.00170.09180.00450.00490.11310.02350.0654-30.284511.125-16.9103
34.0436-0.31890.75732.2664-1.41944.78480.10140.4053-0.1962-0.1337-0.07090.00420.00170.3086-0.03450.1038-0.00640.00980.1325-0.02130.0797-22.601611.5894-14.2062
45.86451.04810.16385.8787-2.08515.62250.1035-0.1013-0.38550.1945-0.0702-0.26520.20220.42490.03220.11170.0003-0.03560.12450.01470.1005-17.981410.4658-2.4349
53.5422-0.5364-0.45073.3360.34453.01170.1222-0.0125-0.2285-0.0469-0.1809-0.03330.26030.02850.03360.1182-0.0064-0.00370.08260.01750.0888-36.741523.36724.752
63.4364-1.54991.97833.1809-4.92748.1082-0.0748-0.37240.10560.6177-0.0148-0.2504-0.371-0.10930.06130.163-0.0258-0.00820.13790.02420.1102-32.442128.44112.8086
74.09841.02820.22213.15151.46755.23530.0732-0.2485-0.08470.1969-0.14620.16130.1071-0.3220.06040.1064-0.01160.01050.12360.02370.1004-39.411424.671310.1966
85.5929-0.41140.39784.2112.28014.5505-0.15910.4841-0.3064-0.3660.00750.0871-0.0845-0.1830.1030.1554-0.0786-0.03180.1979-0.04160.1263-42.689921.1261-1.5669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 5 through 39 )B5 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 40 through 54 )B40 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 55 through 68 )B55 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 69 through 81 )B69 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 5 through 39 )A5 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 40 through 54 )A40 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 55 through 68 )A55 - 68
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 69 through 81 )A69 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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